Đây là lệnh bio-Rainbow có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
cầu vồng - trang hướng dẫn sử dụng cầu vồng 2.0.4 -[email được bảo vệ], [email được bảo vệ]>
SYNOPSIS
cầu vồng [lựa chọn]
MÔ TẢ
cầu vồng 2.0.4 -- <[email được bảo vệ], [email được bảo vệ]>
cụm
Định dạng tệp đầu vào: (các) tệp fasta / fastq được ghép nối Định dạng tệp đầu ra:
\NS \NS \NS
-1 Nhập tệp fasta / fastq, hỗ trợ nhiều '-1'
-2 Nhập tệp fasta / fastq, hỗ trợ nhiều '-2' [null]
-l
Độ dài đọc, mặc định: 0 biến
-m
Số lượng không phù hợp tối đa [4]
-e
Ngưỡng đối sánh chính xác [2000]
-L Mức độ đa hình thấp
div
Định dạng tệp đầu vào: \NS \NS \NS Đầu ra
Định dạng tập tin:
\NS \NS \NS [\NS ]
-i Tệp đầu vào [stdin]
-o Tệp đầu ra [stdout]
-k
K_allele, các biến thể min để tạo một nhóm mới [2]
-K
K_allele, chia bất kể tần suất khi số biến thể vượt quá giá trị này
[50]
-f
Tần suất, tần suất biến thể tối thiểu để tạo nhóm mới [0.2]
hợp nhất
Định dạng tệp đầu vào:
\NS \NS \NS [\NS ]
-i Nhập tệp đầu ra rbasm [stdin]
-a lắp ráp đầu ra
-o Tệp đầu ra cho các liên kết đã hợp nhất, một dòng trên mỗi cụm [stdout]
-N
Số lượng cụm được chia tối đa để hợp nhất [300]
-l
Chồng chéo tối thiểu khi tập hợp hai lần đọc (chỉ hợp lệ khi '-a' được mở) [5]
-f
Tỷ lệ tương tự tối thiểu khi lắp ráp (chỉ hợp lệ khi '-a' được mở)
[0.90]
-r
Số lần đọc tối thiểu để lắp ráp (chỉ hợp lệ khi '-a' được mở) [5]
-R
Số lần đọc tối đa để lắp ráp (chỉ hợp lệ khi '-a' được mở) [300]
Cách sử dụng: cầu vồng [tùy chọn]
cụm
Định dạng tệp đầu vào: (các) tệp fasta / fastq được ghép nối Định dạng tệp đầu ra:
\NS \NS \NS
-1 Nhập tệp fasta / fastq, hỗ trợ nhiều '-1'
-2 Nhập tệp fasta / fastq, hỗ trợ nhiều '-2' [null]
-l
Độ dài đọc, mặc định: 0 biến
-m
Số lượng không phù hợp tối đa [4]
-e
Ngưỡng đối sánh chính xác [2000]
-L Mức độ đa hình thấp
div
Định dạng tệp đầu vào: \NS \NS \NS Đầu ra
Định dạng tập tin:
\NS \NS \NS [\NS ]
-i Tệp đầu vào [stdin]
-o Tệp đầu ra [stdout]
-k
K_allele, các biến thể min để tạo một nhóm mới [2]
-K
K_allele, chia bất kể tần suất khi số biến thể vượt quá giá trị này
[50]
-f
Tần suất, tần suất biến thể tối thiểu để tạo nhóm mới [0.2]
hợp nhất
Định dạng tệp đầu vào:
\NS \NS \NS [\NS ]
-i Nhập tệp đầu ra rbasm [stdin]
-a lắp ráp đầu ra
-o Tệp đầu ra cho các liên kết đã hợp nhất, một dòng trên mỗi cụm [stdout]
-N
Số lượng cụm được chia tối đa để hợp nhất [300]
-l
Chồng chéo tối thiểu khi tập hợp hai lần đọc (chỉ hợp lệ khi '-a' được mở) [5]
-f
Tỷ lệ tương tự tối thiểu khi lắp ráp (chỉ hợp lệ khi '-a' được mở)
[0.90]
-r
Số lần đọc tối thiểu để lắp ráp (chỉ hợp lệ khi '-a' được mở) [5]
-R
Số lần đọc tối đa để lắp ráp (chỉ hợp lệ khi '-a' được mở) [300]
Sử dụng cầu vồng sinh học trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
