blast2 - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Công cụ tìm kiếm căn chỉnh cục bộ cơ bản

SYNOPSIS

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "Bắt đầu dừng lại"] [-J "Bắt đầu dừng lại"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a tên tập tin] [-d N] [-e X] [-g F] -i tên tập tin
-j tên tập tin [-m] [-o tên tập tin] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

vụ nổ2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "Bắt đầu dừng lại"]
[-J "Bắt đầu dừng lại"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i tên tập tin]
[-j tên tập tin] [-k str] [-m N] [-n] [-o tên tập tin] -p str [-q N] [-r N] [-NS] [-NS N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

vụ nổ [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L băt đâu dưng] [-M str] [-O tên tập tin] [-P N] [-Q N] [-R tên tập tin] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i tên tập tin]
[-l str] [-m N] [-n] [-o tên tập tin] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L băt đâu dưng] [-M str] [-O tên tập tin] [-P N] [-Q N] [-R tên tập tin] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i tên tập tin] [-l str]
[-m N] [-n] [-o tên tập tin] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

nổcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L băt đâu dưng]
[-M str] [-O tên tập tin] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i tên tập tin] [-m N] [-n] [-o tên tập tin] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

nổpgp [-] [-A N] [-B tên tập tin] [-C tên tập tin] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O tên tập tin] [-P N] [-Q tên tập tin] [-R tên tập tin] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i tên tập tin] [-j N] [-k tên tập tin] [-l str] [-m N] [-o tên tập tin] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O tên tập tin] [-P tên tập tin]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i tên tập tin] [-j N] [-m N] [-o tên tập tin]
[-v N] [-y X] [-z N]

vụ nổ lớn [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L băt đâu dưng] [-M N]
[-N N] [-O tên tập tin] [-P N] [-Q tên tập tin] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i tên tập tin] [-l str] [-m N] [-n]
[-o tên tập tin] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L băt đâu dưng] [-N X] [-O tên tập tin] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d tên tập tin [-e X] [-i tên tập tin] [-l tên tập tin] [-m N]
[-o tên tập tin] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

hạt giống [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O tên tập tin]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i tên tập tin] [-k tên tập tin] [-o tên tập tin] [-p str]
[-q N] [-r N]

MÔ TẢ

Trang hướng dẫn sử dụng này tài liệu ngắn gọn các lệnh bl2seq, vụ nổ, vụ nổ, nổcl3,
nổpgp, impala, vụ nổ lớn, rpsblastvà hạt giống. Các lệnh này được ghi lại
cùng nhau bởi vì họ có rất nhiều lựa chọn chung.

bl2seq thực hiện so sánh giữa hai chuỗi bằng cách sử dụng blastn hoặc blastp
thuật toán. Cả hai trình tự phải là nucleotide hoặc protein.

vụ nổ2 so sánh một chuỗi với cơ sở dữ liệu cục bộ hoặc chuỗi thứ hai; nó
kết hợp hầu hết các chức năng của cả hai bl2seq và vụ nổ, nhưng sử dụng một bán
thử nghiệm động cơ bên trong mới.

vụ nổ và blastall_old tìm các kết quả phù hợp nhất trong cơ sở dữ liệu cục bộ cho một chuỗi.
vụ nổ sử dụng một động cơ mới hơn blastall_old theo mặc định, nhưng hỗ trợ sử dụng cũ hơn
cũng như động cơ (khi được gọi với tùy chọn -V F).

nổcl3 truy cập công cụ tìm kiếm NCBI BLAST mới nhất (phiên bản 2.0). Phần mềm đằng sau
BLAST phiên bản 2.0 được viết từ đầu để cho phép BLAST xử lý những thách thức mới
được đặt ra bởi cơ sở dữ liệu trình tự trong những năm tới. Cập nhật phần mềm này sẽ
tiếp tục trong những năm tới.

nổpgp thực hiện các tìm kiếm blastp có gapped và có thể được sử dụng để thực hiện các tìm kiếm lặp đi lặp lại trong
chế độ psi-blast và phi-blast.

impala tìm kiếm cơ sở dữ liệu về ma trận điểm, được chuẩn bị bởi sao chép(1), sản xuất giống BLAST
đầu ra.

vụ nổ lớn sử dụng thuật toán tham lam của Webb Miller et al. cho trình tự nucleotide
tìm kiếm căn chỉnh và nối nhiều truy vấn để tiết kiệm thời gian quét cơ sở dữ liệu.
Chương trình này được tối ưu hóa để căn chỉnh các trình tự hơi khác nhau do
giải trình tự hoặc các "lỗi" tương tự khác. Nó nhanh hơn gấp 10 lần so với thông thường
các chương trình tương tự trình tự và do đó có thể được sử dụng để so sánh nhanh chóng hai tập hợp lớn
của các trình tự chống lại nhau.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) tìm kiếm chuỗi truy vấn dựa trên cơ sở dữ liệu cấu hình.
Điều này ngược lại với PSI-BLAST tìm kiếm một cấu hình dựa trên cơ sở dữ liệu gồm các chuỗi,
do đó là `` Đảo ngược ''. rpsblast sử dụng thuật toán giống BLAST, tìm từ đơn hoặc từ kép
lượt truy cập và sau đó thực hiện một phần mở rộng chưa được khai thác trên các kết quả phù hợp ứng viên này. Nếu một
căn chỉnh chưa được sắp xếp có điểm đủ cao được tạo ra, một phần mở rộng có đệm được thực hiện
và những căn chỉnh (có khoảng cách) đó với giá trị kỳ vọng đủ thấp sẽ được báo cáo. Cái này
thủ tục trái ngược với IMPALA thực hiện phép tính Smith-Waterman giữa
truy vấn và từng cấu hình, thay vì sử dụng phương pháp nhấn từ để xác định các kết quả phù hợp
nên được gia hạn.

hạt giống trả lời hai câu hỏi tương đối đơn giản:
1. Cho một trình tự và cơ sở dữ liệu các mẫu, các mẫu nào xảy ra trong chuỗi
và ở đâu?
2. Cho một mẫu và một cơ sở dữ liệu trình tự, những trình tự nào chứa mẫu và
Ở đâu?

Một số lệnh này hỗ trợ nhiều kiểu so sánh, được điều chỉnh bởi -p
("chương trình") cờ:

blastp so sánh trình tự truy vấn axit amin với cơ sở dữ liệu trình tự protein.

blastn so sánh trình tự truy vấn nucleotide với cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide.

blastx so sánh các sản phẩm dịch thuật khái niệm sáu khung của một truy vấn nucleotide
trình tự (cả hai sợi) dựa trên cơ sở dữ liệu trình tự protein. Vì bl2seq, Các
nucleotide nên là trình tự đầu tiên được cung cấp.

psitblastn so sánh trình tự truy vấn protein với cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide
được dịch động trong tất cả sáu khung đọc (cả hai sợi) bằng cách sử dụng
vị trí cụ thể ma trận được tạo bởi PSI-BLAST.

tblastn so sánh trình tự truy vấn protein với cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide
được dịch động trong tất cả sáu khung đọc (cả hai sợi). Vì bl2seq,
nucleotide nên là trình tự thứ hai đã cho.

tblastx so sánh các bản dịch sáu khung của một trình tự truy vấn nucleotide với
bản dịch sáu khung của cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide.

LỰA CHỌN

Dưới đây là một bản tóm tắt các tùy chọn.

- In tin nhắn sử dụng

-A (bl2seq)
Trình tự đầu vào ở dạng accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Kích thước cửa sổ nhiều lượt truy cập; thường mặc định là 0 (đối với tiện ích mở rộng lượt truy cập), nhưng
mặc định là 40 khi sử dụng các mẫu không liên tục.

-B N (vụ nổ2)
Sản xuất đầu ra nhanh chóng:
0 không (mặc định)
1 bảng hiệu số và giá trị chất lượng
2 thêm dữ liệu trình tự
3 văn bản ASN.1
4 ASN.1 nhị phân

-B N (vụ nổ, vụ nổ_old)
Số lượng truy vấn được nối, ở chế độ blastn hoặc tblastn

-B tên tập tin (vụ nổpgp)
Tệp căn chỉnh đầu vào để khởi động lại PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Sử dụng thống kê dựa trên thành phần cho blastp hoặc tblastn:
T, t, D hoặc d
Mặc định (tương đương với 1 cho vụ nổ2 và blastall_old và 2 cho vụ nổ
và nổcl3)
0, F hoặc f
Không có thống kê dựa trên thành phần
1 Thống kê dựa trên thành phần như trong TRÁI THẠCH LỰU 29: 2994-3005, 2001
2 Điều chỉnh điểm dựa trên thành phần như trong Tin sinh học 21: 902-911, 2005,
điều kiện dựa trên các thuộc tính trình tự
3 Điều chỉnh điểm dựa trên thành phần như trong Tin sinh học 21: 902-911, 2005,
vô điều kiện
Khi bật thống kê trong blastall, blastall_old hoặc blastcl3 (tức là, không phải vụ nổ2),
nối thêm u (phân biệt chữ hoa chữ thường) đối với chế độ cho phép sử dụng các giá trị p hợp nhất
chỉ kết hợp căn chỉnh và giá trị p thành phần trong vòng 1.

-C tên tập tin (vụ nổpgp)
Tệp đầu ra cho PSI-BLAST Checkpointing

-C N (hạt giống)
Chỉ cho điểm hoặc không (mặc định = 1)

-D N (bl2seq)
Định dạng đầu ra:
0 truyền thống (mặc định)
1 bảng

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Dịch các trình tự trong cơ sở dữ liệu theo mã di truyền N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (mặc định là 1; chỉ áp dụng cho tblast *)

-D N (siêu vụ nổ)
Loại đầu ra:
0 điểm cuối căn chỉnh và điểm số
1 tất cả các điểm cuối của phân đoạn chưa được đánh dấu
2 đầu ra BLAST truyền thống (mặc định)
3 định dạng một dòng được phân tách bằng tab
4 văn bản tăng dần ASN.1
5 ASN.1 nhị phân gia tăng

-D N (hạt giống)
Giảm chi phí để căn chỉnh (mặc định = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Mở rộng khoảng cách chi phí N (-1 gọi hành vi mặc định)

-E N (vụ nổ2, vụ nổ, vụ nổ_old)
Mở rộng khoảng cách chi phí N (-1 gọi hành vi mặc định: non-affine nếu tham lam, 2
nếu không thì)

-E N (blastpgp, impala, hạt giống)
Mở rộng khoảng cách chi phí N (mặc định là 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Tùy chọn bộ lọc cho DUST hoặc SEG; mặc định là
T cho bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 và megablast, và F cho
blastpgp, impala và rpsblast.

-F (hạt giống)
Trình tự lọc với SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Mở lỗ hổng chi phí N (-1 gọi hành vi mặc định)

-G N (vụ nổ2, vụ nổ, vụ nổ_old)
Mở lỗ hổng chi phí N (-1 gọi hành vi mặc định: non-affine nếu tham lam, 5 nếu
sử dụng lập trình động)

-G N (blastpgp, impala, hạt giống)
Mở lỗ hổng chi phí N (mặc định là 11)

-H (vụ nổ2)
Tạo đầu ra HTML

-H N (vụ nổpgp)
Kết thúc vùng bắt buộc trong truy vấn (-1 cho biết kết thúc truy vấn)

-H (impala)
Trợ giúp in (khác với tin nhắn sử dụng)

-H N (siêu vụ nổ)
Số lượng HSP tối đa để lưu trên mỗi chuỗi cơ sở dữ liệu (mặc định là 0, không giới hạn)

-I "Bắt đầu dừng lại"(bl2seq, blast2)
Vị trí trên chuỗi (truy vấn) đầu tiên (chỉ áp dụng nếu tệp được chỉ định với -i chứa
một chuỗi duy nhất)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Hiển thị GI ở định dạng

-J "Bắt đầu dừng lại"(bl2seq, blast2)
Vị trí trên trình tự thứ hai (chủ đề) (chỉ áp dụng nếu tệp được chỉ định với -j
chứa một chuỗi duy nhất)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Tin rằng truy vấn làm lệch hướng

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Số lượt truy cập tốt nhất từ ​​một khu vực cần lưu giữ. Tắt theo mặc định. Nếu được sử dụng giá trị 100
được khuyến khích. Giá trị rất cao của -v or -b cũng được đề xuất.

-K N (hạt giống)
Hệ số kích thước bộ đệm lần truy cập nội bộ (độ dài truy vấn wrt; mặc định = 2)

-L (vụ nổ2)
Sử dụng bảng tra cứu (Mega BLAST cổ điển) với chiều rộng 12

-L băt đâu dưng (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Vị trí trên chuỗi truy vấn (đối với rpsblast, chỉ hợp lệ trong chế độ blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Sử dụng ma trận str (mặc định = BLOSUM62)

-M N (siêu vụ nổ)
Tổng thời lượng truy vấn tối đa cho một lần tìm kiếm (mặc định = 5000000)

-N (vụ nổ2)
Chỉ hiển thị các quyền truy cập cho ID trình tự trong đầu ra dạng bảng

-N X (vụ nổpgp, rpsblast)
Số bit để kích hoạt gapping (mặc định = 22.0)

-N N (siêu vụ nổ)
Loại mẫu từ không liên tục:
0 mã hóa (mặc định)
1 tối ưu
2 hai đồng thời

-O tên tập tin (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Căn chỉnh trình tự Viết (ASN.1)
đến tên tập tin; chỉ hợp lệ cho blastpgp, impala, rpsblast và seedtop với -Jvà
chỉ hợp lệ cho megablast với -2.

-P X (vụ nổ2)
Giới hạn phần trăm nhận dạng

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Đặt thành 1 cho chế độ đánh một lần hoặc 0 cho chế độ nhiều lần (mặc định). Không áp dụng
nổ tung.

-P tên tập tin (impala)
Đọc hồ sơ ma trận từ cơ sở dữ liệu tên tập tin

-P N (siêu vụ nổ)
Số lượng vị trí tối đa cho một giá trị băm (được đặt thành 0 [mặc định] để bỏ qua)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Dịch truy vấn theo mã di truyền N trong /usr/share/ncbi/data/gc.prt (mặc định
là 1)

-Q tên tập tin (vụ nổpgp)
Tệp đầu ra cho Ma trận PSI-BLAST trong ASCII

-Q tên tập tin (siêu vụ nổ)
Đầu ra truy vấn có mặt nạ; đòi hỏi -D 2

-R (vụ nổ2)
Tính toán các căn chỉnh Smith-Waterman tối ưu cục bộ. (Tùy chọn này chỉ có sẵn
cho tblastn gapped.)

-R tên tập tin (vụ nổ, vụ nổ_old)
Đọc tệp điểm kiểm tra PSI-TBLASTN tên tập tin

-R (vụ nổ3)
RPS Blast tìm kiếm

-R tên tập tin (vụ nổpgp)
Tệp đầu vào để khởi động lại PSI-BLAST

-R (siêu vụ nổ)
Báo cáo thông tin nhật ký ở cuối đầu ra

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Các chuỗi truy vấn để tìm kiếm dựa trên cơ sở dữ liệu cho blastn, blastx, tblastx:
1 đầu
2 đáy
3 cả hai (mặc định)

-S N (vụ nổpgp)
Bắt đầu của vùng bắt buộc trong truy vấn (mặc định = 1)

-S N (hạt giống)
Chi phí cắt giảm (mặc định = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Tạo đầu ra HTML

-T N (vụ nổ2)
Loại mẫu từ không liên tục:
0 mã hóa (mặc định)
1 tối ưu
2 hai đồng thời

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Sử dụng lọc chữ thường cho chuỗi truy vấn

-V (bl2seq, blastall, megablast)
Buộc sử dụng công cụ kế thừa

-V (vụ nổ2)
Sử dụng phương pháp tiếp cận kích thước từ thay đổi để quét cơ sở dữ liệu

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Sử dụng các từ có kích thước N (độ dài của kết hợp hoàn hảo tốt nhất;
zero gọi hành vi mặc định, ngoại trừ với megablast, mặc định là 28 và
blastpgp, mặc định là 3. Các giá trị mặc định cho các lệnh khác thay đổi theo
"program": 11 cho blastn, 28 cho megablast và 3 cho mọi thứ khác.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Giá trị droppoff X cho căn chỉnh có gapped (trong
bit) (số không gọi hành vi mặc định, ngoại trừ với megablast, mặc định là 20,
và rpsblast và seedtop, mặc định là 15. Các giá trị mặc định cho cái kia
các lệnh thay đổi theo "chương trình": 30 cho blastn, 20 cho megablast, 0 cho tblastx và
15 cho mọi thứ khác.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Độ dài hiệu dụng của không gian tìm kiếm (sử dụng số XNUMX cho
kích thước thực)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) Giá trị bỏ qua X cho cuối cùng [lập trình động?]
căn chỉnh theo bit (mặc định là 100 cho blastn và megablast, 0 cho tblastx, 25 cho
khác)

-a tên tập tin (bl2seq)
Viết văn bản đầu ra ASN.1 tới tên tập tin

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Số lượng chủ đề sẽ sử dụng (mặc định là một)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Số chuỗi cơ sở dữ liệu để hiển thị căn chỉnh cho
(B) (mặc định là 250)

-c (vụ nổ2)
Mặt nạ chữ thường

-c N (impala)
Không đổi trong số lượng giả cho phiên bản multipass; 0 (mặc định) sử dụng phương thức entropy;
nếu không, một giá trị gần 30 được khuyến nghị

-c N (impala)
Không đổi trong số lượng giả cho phiên bản multipass (mặc định là 10)

-d N (bl2seq)
Sử dụng kích thước DB lý thuyết của N (zero là viết tắt của kích thước thực)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Cơ sở dữ liệu để sử dụng (mặc định là nr cho tất cả các tệp thực thi
ngoại trừ blast2, yêu cầu trình tự FASTA thứ hai nếu điều này không được đặt)

-d tên tập tin (rpsblast)
Cơ sở dữ liệu RPS BLAST

-e X Giá trị kỳ vọng (E) (mặc định = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Ngưỡng để mở rộng lần truy cập, mặc định nếu không: 0 cho blastn và megablast, 11 cho
blastp, 12 cho blastx và 13 cho tblasn và tblastx.

-f N (vụ nổpgp)
Ngưỡng để mở rộng lần truy cập (mặc định 11)

-f (siêu vụ nổ)
Hiển thị đầy đủ ID trong đầu ra (mặc định: chỉ GI hoặc quyền truy cập)

-f (hạt giống)
Buộc tìm kiếm các mẫu ngay cả khi chúng quá khả thi

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Không thực hiện căn chỉnh có gapped (N / A đối với tblastx)

-g (vụ nổ2)
Sử dụng thuật toán tham lam cho các tiện ích mở rộng có lỗ hổng

-g F (siêu vụ nổ)
Làm cho megablast tạo ra các từ không liên tục cho mọi cơ sở của cơ sở dữ liệu
(bắt buộc với công cụ BLAST hiện tại)

-h N (vụ nổ2)
Hình phạt dịch chuyển khung hình đối với lỗi vượt ngoài khung hình (chỉ dành cho blastx, tblastn; mặc định là
số không)

-h X (blastpgp, impala)
ngưỡng giá trị điện tử để đưa vào mô hình đa kênh (mặc định = 0.002 cho blastpgp,
0.005 cho Impala)

-i tên tập tin
Đọc (đầu tiên, truy vấn) trình tự hoặc đặt từ tên tập tin (mặc định là stdin; không cần thiết cho
blastpgp nếu khởi động lại từ Scoremat)

-j tên tập tin (bl2seq, vụ nổ2)
Đọc chuỗi (chủ đề) thứ hai hoặc đặt từ tên tập tin

-j N (vụ nổpgp)
Số lần vượt qua tối đa để sử dụng trong phiên bản multipass (mặc định = 1)

-k str (vụ nổ2)
Mẫu cho PHI-BLAST

-k tên tập tin (blastpgp, hạt giống)
Nhập tệp lần truy cập cho PHI-BLAST (mặc định = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Hạn chế tìm kiếm cơ sở dữ liệu trong danh sách [Chuỗi] của GI

-l tên tập tin (rpsblast)
Ghi nhật ký tin nhắn vào tên tập tin hơn là lỗi tiêu chuẩn.

-m (bl2seq)
Sử dụng Mega Blast để tìm kiếm

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
các tùy chọn xem căn chỉnh impala, megablast, rpsblast):
0 theo cặp (mặc định)
1 truy vấn cố định hiển thị danh tính
2 truy vấn cố định, không có danh tính
3 truy vấn phẳng được neo, hiển thị danh tính
4 truy vấn cố định phẳng, không có danh tính
5 truy vấn cố định, không có danh tính và kết thúc thẳng thừng
6 truy vấn cố định bằng phẳng, không có danh tính và kết thúc cùn
7 Đầu ra XML Blast (không có sẵn cho Impala)
8 bảng (không có sẵn cho Impala)
9 dạng bảng với các dòng chú thích (không có sẵn cho impala)
10 văn bản ASN.1 (không có sẵn cho impala hoặc rpsblast)
11 ASN.1 nhị phân (không có sẵn cho impala hoặc rpsblast)

-n (vụ nổ2)
Hiển thị GI trong ID trình tự

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
Tìm kiếm MegaBlast

-n (siêu vụ nổ)
Sử dụng tiện ích mở rộng không tham lam (lập trình động) để có điểm số khoảng cách affine

-o tên tập tin
Viết báo cáo căn chỉnh cuối cùng cho tên tập tin chứ không phải là stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Sử dụng "chương trình" (kiểu so sánh) str. Các MÔ TẢ phần này bao gồm
tùy chọn chi tiết hơn.

-p str (vụ nổpgp)
tùy chọn chương trình cho PHI-BLAST (mặc định = blastpgp)

-p X (siêu vụ nổ)
Giới hạn phần trăm nhận dạng (mặc định = 0)

-p F (rpsblast)
Trình tự truy vấn là nucleotide, không phải protein

-p str (hạt giống)
tên chương trình:
patmatchp cho biết những mẫu nào xảy ra trong một trình tự
patternp cho biết chuỗi nào chứa một mẫu

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Hình phạt cho sự không phù hợp nucleotide (chỉ dành cho blastn) (mặc định = -10
cho seedtop, -3 cho mọi thứ khác)

-q N (vụ nổpgp)
Đầu vào bảng điểm ASN.1 của dữ liệu điểm kiểm tra:
0 không có đầu vào chấm điểm (mặc định)
1 khởi động lại từ tệp điểm kiểm tra bảng điểm ASCII
2 khởi động lại từ tệp điểm kiểm tra điểm số nhị phân

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Phần thưởng cho trận đấu nucleotide (chỉ blastn) (mặc định = 10 cho
hạt giống, -10 cho mọi thứ khác)

-s (vụ nổ2)
No-op (yêu cầu tạo từ trước đây cho mọi cơ sở của cơ sở dữ liệu)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Tính toán các căn chỉnh Smith-Waterman tối ưu cục bộ. Đối với blastall, blastall_old và
blastcl3, điều này chỉ khả dụng trong chế độ gapped tblastn.

-s N (siêu vụ nổ)
Điểm số lần truy cập tối thiểu cần báo cáo (0 đối với hành vi mặc định)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Độ dài của một mẫu từ không liên tục (intron lớn nhất được phép trong một bản dịch
trình tự nucleotit khi liên kết nhiều đoạn phân biệt; mặc định = 0;
các giá trị âm vô hiệu hóa liên kết cho blastall, blastall_old và blastcl3.)

-t N[u] (vụ nổpgp)
Điều chỉnh điểm dựa trên thành phần. Ký tự đầu tiên được hiểu như sau:
0, F hoặc f
không có thống kê dựa trên thành phần
1 thống kê dựa trên thành phần như trong TRÁI THẠCH LỰU 29: 2994-3005, 2001
2, T hoặc t
điều chỉnh điểm dựa trên thành phần như trong Tin sinh học 21: 902-911, 2005,
được điều kiện dựa trên các thuộc tính chuỗi trong vòng 1 (mặc định)
3 điều chỉnh điểm dựa trên thành phần như trong Tin sinh học 21: 902-911, 2005,
vô điều kiện trong vòng 1

Khi số liệu thống kê dựa trên thành phần được sử dụng, u (phân biệt chữ hoa chữ thường) với
đối số yêu cầu giá trị p hợp nhất kết hợp giá trị p liên kết và p- thành phần
giá trị trong vòng 1 chỉ.

-t N (siêu vụ nổ)
Độ dài của một mẫu từ liên tục (từ liền kề nếu 0 [mặc định])

-u (vụ nổ2)
Chỉ căn chỉnh không được sắp xếp (luôn ĐÚNG đối với tblastx)

-u str (vụ nổ3)
Hạn chế tìm kiếm cơ sở dữ liệu đối với kết quả tra cứu Entrez2

-u N (vụ nổpgp)
ASN.1 Đầu ra thang điểm của dữ liệu điểm kiểm tra:
0 không có đầu ra chấm điểm (mặc định)
1 đầu ra tệp điểm kiểm tra điểm ASCII (yêu cầu -J)
2 đầu ra tệp điểm kiểm tra điểm số nhị phân (yêu cầu -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Số lượng mô tả một dòng để hiển thị (V) (mặc định =
500)

-w N (vụ nổ2)
Kích thước cửa sổ (khoảng cách tối đa cho phép giữa một cặp lần truy cập đầu tiên; 0 gọi ra
hành vi mặc định, -1 tắt nhiều lần truy cập)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Hình phạt thay đổi khung hình (thuật toán OOF cho blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X droppoff cho các phần mở rộng chưa được đánh dấu theo bit (0.0 gọi mặc định
hành vi: 20 cho blastn, 10 cho megablast và 7 cho tất cả những người khác.)

-y N (siêu vụ nổ)
Giá trị bỏ qua X cho tiện ích mở rộng chưa được bổ sung (mặc định là 10)

-z N (vụ nổ2)
Độ dài intron dài nhất cho liên kết HSP khoảng cách không đồng đều (chỉ tblastn; mặc định là 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Độ dài hiệu dụng của cơ sở dữ liệu (sử dụng số XNUMX cho kích thước thực)

Sử dụng blast2 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net