Đây là lệnh bowtie-build có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
bowtie-build - xây dựng chỉ mục không gian màu cho bowtie
SYNOPSIS
bowtie-xây dựng [lựa chọn]*
MÔ TẢ
tham khảo_in
danh sách các tệp được phân tách bằng dấu phẩy có chuỗi tham chiếu
ebwt_outfile_base
ghi dữ liệu Ebwt vào các tệp có tên dir / basename này
LỰA CHỌN
-f tệp tham chiếu là Fasta (mặc định)
-c trình tự tham chiếu được đưa ra trên dòng cmd (như )
--chỉ số phóng to
buộc chỉ mục được tạo phải 'lớn', ngay cả khi số lượt giới thiệu có ít hơn 4 tỷ
nucleotide
-C/--màu sắc
xây dựng một chỉ mục không gian màu
-a/ - noauto
tắt tự động -p/ - bmax / - bộ nhớ dcv phù hợp
-p/ - đóng gói
sử dụng các chuỗi đóng gói trong nội bộ; chậm hơn, sử dụng ít mem hơn
--bmax
thùng tối đa sz cho trình tạo mảng hậu tố theo khối
--bmaxdivn
max bucket sz làm ước số của ref len (mặc định: 4)
--dcv
khoảng thời gian che phủ khác nhau cho blockwise (mặc định: 1024)
--gật đầu vô hiệu hóa che phủ khác biệt (thuật toán trở thành bậc hai)
-r/ - noref
không xây dựng phần .3 / .4.ebwt (tham chiếu được đóng gói)
-3/ - justref
chỉ cần xây dựng phần .3 / .4.ebwt (tham chiếu được đóng gói)
-o/ - tỷ lệ
SA được lấy mẫu cứ sau 2 ^ offRate BWT ký tự (mặc định: 5)
-t/ - ftabchars
Số ký tự được sử dụng trong lần tra cứu ban đầu (mặc định: 10)
--ntoa chuyển đổi N trong tham chiếu đến As
--hạt giống
hạt giống cho trình tạo số ngẫu nhiên
-q/--Yên lặng
đầu ra dài dòng (để gỡ lỗi)
-h/--Cứu giúp
in mô tả chi tiết về công cụ và các tùy chọn của nó
--sử dụng
in thông báo sử dụng này
--phiên bản
in thông tin phiên bản và thoát
64-bit Được xây dựng trên lgw01-11 Thứ năm 26 tháng 11 11:03:2015 UTC 5.2.1 Trình biên dịch: gcc phiên bản 20151123 XNUMX
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Tùy chọn: -O3 -L, - hash-style = cả hai -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-bảo vệ-mạnh mẽ - Định dạng - Lỗi=định dạng-bảo mật -g -O2 -fstack-bảo vệ-mạnh mẽ
- Định dạng - Lỗi=định dạng-bảo mật -L, -Bsymbolic-function -L, -z, relro Sizeof {int, long,
long long, void *, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Sử dụng bowtie-build trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net