Đây là lệnh bowtie2-build có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
bowtie2-build - wrapper cho bowtie2-build- *
SYNOPSIS
bowtie2-xây dựng [lựa chọn]*
MÔ TẢ
Bowtie 2 phiên bản 2.2.6 của Ben Langmead ([email được bảo vệ], www.cs.jhu.edu/~langmea)
tham khảo_in
danh sách các tệp được phân tách bằng dấu phẩy có chuỗi tham chiếu
bt2_index_base
ghi dữ liệu bt2 vào các tệp có tên dir / basename này
*** Chỉ mục Bowtie 2 chỉ hoạt động với v2 (không phải v1). Tương tự như vậy đối với các chỉ mục v1. ***
LỰA CHỌN
-f tệp tham chiếu là Fasta (mặc định)
-c trình tự tham chiếu được đưa ra trên dòng cmd (như )
--chỉ số phóng to
buộc chỉ mục được tạo phải 'lớn', ngay cả khi số lượt giới thiệu có ít hơn 4 tỷ
nucleotide
-a/ - noauto
tắt tự động -p/ - bmax / - bộ nhớ dcv phù hợp
-p/ - đóng gói
sử dụng các chuỗi đóng gói trong nội bộ; chậm hơn, ít bộ nhớ hơn
--bmax
thùng tối đa sz cho trình tạo mảng hậu tố theo khối
--bmaxdivn
max bucket sz làm ước số của ref len (mặc định: 4)
--dcv
khoảng thời gian che phủ khác nhau cho blockwise (mặc định: 1024)
--gật đầu vô hiệu hóa che phủ khác biệt (thuật toán trở thành bậc hai)
-r/ - noref
không xây dựng các tệp chỉ mục .3 / .4
-3/ - justref
chỉ cần xây dựng các tệp chỉ mục .3 / .4
-o/ - tỷ lệ
SA được lấy mẫu cứ sau 2 ^ Các ký tự BWT (mặc định: 5)
-t/ - ftabchars
Số ký tự được sử dụng trong lần tra cứu ban đầu (mặc định: 10)
--hạt giống
hạt giống cho trình tạo số ngẫu nhiên
-q/--Yên lặng
đầu ra dài dòng (để gỡ lỗi)
-h/--Cứu giúp
in mô tả chi tiết về công cụ và các tùy chọn của nó
--sử dụng
in thông báo sử dụng này
--phiên bản
in thông tin phiên bản và thoát
Sử dụng bowtie2-build trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
