chemtool - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

chemtool - biên tập cấu trúc hóa học

SYNOPSIS

hóa chất [tên tập tin]

MÔ TẢ

hóa chất là một chương trình để vẽ các phân tử hữu cơ và xuất chúng dưới dạng bitmap X, PNG,
Tệp PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL hoặc EPS. Nó chạy trong Hệ thống cửa sổ X bằng GTK
bộ widget.

Chương trình cung cấp cơ bản hoàn tác / làm lại không giới hạn, hai phông chữ văn bản cộng với biểu tượng, bảy
màu sắc, vẽ ở một số tỷ lệ thu phóng và lưới phông nền hình vuông và hình lục giác để dễ dàng hơn
căn chỉnh.

VÍ DỤ

Trong tất cả các chế độ vẽ và chỉnh sửa, nút chuột một (thường là nút bên trái) được sử dụng để
đánh dấu hoặc vẽ các đối tượng, trong khi nút ba (nút bên phải) có thể được sử dụng để xóa các đối tượng
thuộc loại hiện tại. Nút giữa chủ yếu được sử dụng trong các chế độ vẽ trái phiếu nơi nó
cho phép thay đổi nhanh chóng các loại bondtypes. Bắt đầu với phiên bản 1.5, bộ nhớ mặc định
thư mục cho các tệp dữ liệu và phần mở rộng tên tệp để sử dụng, có thể được lưu qua
hộp thoại cấu hình.

Vẽ of trái phiếu:
Trái phiếu có thể được vẽ theo 4 cài đặt góc khác nhau (hình lục giác với các khoảng cách 30 °, hai
ngũ giác với khoảng cách 72 ° (hướng khác nhau) và hình bát giác 45 ° i). (Trung cấp
cũng có thể có các góc ở tất cả các chế độ này - chỉ cần bỏ qua các điểm đánh dấu trong
trường hợp).

Bộ chọn kiểu liên kết ở giữa thanh nút xác định loại liên kết
rút ra - ban đầu, đây là một liên kết đơn lẻ. Nếu bạn muốn thay đổi loại trái phiếu sau này,
hoặc nhấp vào nó bằng nút giữa của chuột để chuyển sang (các) loại tiếp theo hoặc
chọn loại thích hợp trong trình chọn và sau đó chuyển sang chế độ bondtype và chọn tất cả
trái phiếu mà bạn muốn chuyển sang loại mới. (Màu sắc được sử dụng cho liên kết là
được cập nhật cùng lúc nếu cần.) Nhấn nút chuột giữa vào liên kết khi ở trong
Chế độ 'Bondtype' đảo ngược hướng của trái phiếu đó.

Sử dụng nút chuột thứ ba (thường là bên phải) sẽ xóa liên kết bên cạnh con trỏ
Chức vụ.

Các loại trái phiếu có sẵn là:

· đơn trái phiếu

· Liên kết đôi

· Liên kết đôi (dòng ngắn hơn ở phía bên kia)

· Liên kết đôi trung tâm

· Liên kết ba (đường sườn ngắn hơn đường trung tâm)

· Liên kết ba (với độ dài các dòng bằng nhau)

· Liên kết bốn

· Liên kết hình nêm

· Liên kết hình nêm đứt gãy

· Đường lượn sóng

· Nửa mũi tên

· Mũi tên thông thường

· Liên kết rộng

· khoanh tròn

· đường chấm chấm

· Liên kết đơn chồng chéo (cắt bỏ một đoạn khỏi bất kỳ liên kết nào mà nó đi qua)

· Thùy quỹ đạo pi nhẹ

· Thùy quỹ đạo pi tối

Bán tự động vẽ of Nhẫn:
Các vòng từ 3 đến 12 thành viên có thể được vẽ dễ dàng bằng cách giữ phím Ctrl trong khi vẽ
hàng. Đường này sau đó sẽ trở thành đoạn đầu tiên của một vòng được vẽ tự động
theo chiều kim đồng hồ. Kích thước của chiếc nhẫn được mặc định là phù hợp với người đã chọn
chế độ vẽ (tức là 5, 6 hoặc 8 mặt), nhưng nó có thể được đặt trên cơ sở mỗi vòng bằng cách nhấn
Ctlr- trước khi vẽ vòng, trong đó số 3-9 tương ứng với 3 đến 9-membered
đổ chuông, trong khi từ 0 đến 2 lần lượt chọn các vòng có 10, 11 và 12 ghi nhớ.

Các vòng mới vẽ có thể được xóa bằng cách nhấn Ctrl và nút chuột 3 cùng nhau.

Vẽ of uốn cong dòng:
Các đường cong cho các đối tượng như mũi tên hoặc thùy quỹ đạo có thể được vẽ ở chế độ đường cong spline bằng cách
chỉ định bốn điểm điều khiển tạo thành một đa giác giới hạn (điểm bắt đầu, hai điểm trên
một trong hai bên của đỉnh, điểm cuối). Trong số các kiểu bondtypes thông thường có sẵn trong menu Kiểu,
'đường đơn', 'dấu chấm phẩy', mũi tên và 'đường đứt nét' vẫn giữ chức năng thông thường của chúng, trong khi
loại 'đường rộng' được sử dụng để biểu thị một đa giác được lấp đầy. Các điểm kiểm soát chỉ
có thể nhìn thấy trong Di chuyển , nơi chúng có thể được kéo xung quanh để thay đổi hình thức của một đường cong sau
nó được vẽ.

Cài đặt trái phiếu phong cách
Trong chế độ kiểu liên kết, nhấp vào bất kỳ liên kết nào trong sơ đồ sẽ thay đổi biểu diễn của nó thành
nhập đã chọn trong menu kéo xuống bên cạnh Kiểu .

Loại trái phiếu bổ sung có sẵn trong menu kéo xuống,

mũi tên cong

chỉ có sẵn để vẽ. Nó thực sự là một phím tắt cho một trong những bản vẽ đường cong
các chức năng được mô tả ở trên, với các điểm kiểm soát thứ hai và thứ ba tự động
được tạo ra. Do đó, nó không thể được chuyển đổi sang hoặc từ bất kỳ loại trái phiếu thông thường nào.

(Tuy nhiên, người ta có thể chuyển đổi nó thành bất kỳ kiểu đường cong nào khác, ví dụ như để thay đổi kiểu
đầu mũi tên). Hình dạng của mũi tên thường sẽ cần được điều chỉnh bằng cách dịch chuyển
điểm kiểm soát xuất hiện cùng với nó trong chế độ 'Di chuyển'.

Chèn văn bản
Văn bản được viết vào hộp văn bản có thể được định vị bằng con trỏ và có thể xuất hiện bên trái,
căn giữa hoặc căn phải trong bản vẽ. Kích thước và màu văn bản có thể được lựa chọn từ một
danh sách các lựa chọn. Có hai ký tự đặc biệt được sử dụng để viết phụ và viết trên
nhân vật sau:

'^' để chuyển lên (ví dụ: N ^ +)

'_' để chuyển xuống (ví dụ: CH_3)

Ký tự điều khiển '|' được sử dụng để in nghiêng ký tự sau, như trong | t-Bu.

Một kiểu phông chữ đậm, thường được sử dụng để đánh số các hợp chất, có thể được chọn bằng cách đặt trước
ký tự có dấu '#'.

Ký tự đặc biệt '@' chuyển sang chế độ ký hiệu, sử dụng ký hiệu X11 tiêu chuẩn
nét chữ. Tất cả các phím chữ cái tạo ra các ký tự Hy Lạp tương ứng trong chế độ này và
một số ký hiệu khác có sẵn nếu các ký hiệu tương đương Latin1 tiêu chuẩn của chúng đã có
ánh xạ vào bàn phím:

yên -> vô cùng

gạch nối -> uparrow

macron -> downarrow

Các ký hiệu 'plusminus' và 'đã đăng ký' (nhãn hiệu) đã có trong phông chữ tiêu chuẩn,
mặc dù chúng thường không có sẵn trên bàn phím. Sử dụng các lệnh sau (hoặc
thêm các khai báo vào của bạn .xmodmaprc ) để cung cấp chúng qua +
( + ):

xmodmap -e 'keyym r = r R đã đăng ký' \
-e 'keyym o = o O yen' \
-e 'keyym p = p P plusminus' \
-e 'keyym u = u U gạch nối' \
-e 'keyym d = d D macron'

(điều này dẫn đến AltGr-P = plusminus, AltGr-R = được đăng ký ở chế độ bình thường và AltGr-O =
infinity, AltGr-U = uparrow, AltGr-D = downnarrow trong phông chữ ký hiệu).

Đối với sơ đồ 'dấu chấm và dấu chéo', các ánh xạ sau tới phông chữ ký hiệu có thể là
hữu ích: dấu sắc -> dấu gạch chéo (ví dụ: dấu chấm phím x = x X dấu sắc) dấu chấm ở giữa -> dấu chấm đầy (ví dụ: bàn phím
d = d D căn giữa) (sử dụng dấu độ cho dấu chấm mở).

Các phiên bản khoanh tròn của dấu cộng và dấu trừ để biểu thị điện tích ion có sẵn dưới dạng @ +
và @- .

Khi bạn muốn sử dụng các ký hiệu làm ký hiệu con hoặc ký hiệu trên, hãy đặt ký hiệu phụ hoặc ký hiệu trên
ký tự trước ký tự '@', ví dụ: K_ @ a.

Ở chế độ văn bản, nút chuột phải sẽ xóa nhãn tại vị trí con trỏ. Thay đổi
kích thước, phông chữ hoặc màu sắc của nhãn có thể được thực hiện bằng cách nhấp chuột trái vào nhãn sau khi chọn
sự kết hợp mong muốn của các cài đặt. Khi hộp nhập văn bản phía trên vùng vẽ trống,
chỉ các cài đặt được cập nhật mà không thay đổi nội dung của nhãn, nếu không
văn bản nhãn cũng được thay thế. Nếu bạn muốn sao chép văn bản của một nhãn hiện có vào
hộp nhập văn bản, bấm vào nó bằng nút chuột giữa.

Dán nhãn các phím tắt
Trong tất cả các chế độ vẽ liên kết, một số phím tắt có sẵn để thêm các ký hiệu nguyên tử
mà không cần phải rời khỏi chế độ vẽ. Nhãn được đặt ở vị trí bản vẽ hiện tại
(điểm cuối của dòng cuối cùng được vẽ hoặc vị trí được nhấp vào lần cuối).

Các phím 'c', 'h', 'n', 'o', 's', 'p' và 'r' chèn chữ hoa tương ứng, 'l'
(chữ L viết thường) chèn 'Cl', trong khi '1', '2', '3' chèn CH, CH_2 và CH_3 tương ứng. Các
phím dấu hoa thị (*) chèn một vòng tròn đầy.

Nhấn phím cách một lần cho phép bạn nhập các nhãn tùy ý, các nhãn này sẽ được đặt tại
vị trí hiện tại khi bạn nhấn phím Quay lại.

Vẽ Điện tử cặp
Các phím của bàn phím số có thể được sử dụng để vẽ các đường 'cặp điện tử' ngắn bên cạnh một
biểu tượng phần tử - nếu người ta tưởng tượng biểu tượng phần tử nằm trên phím '5' chính giữa,
mỗi khoá rút ra cặp electron thích hợp cho vị trí của nó. Khi được sử dụng cùng với
Phím Shift, hai dấu chấm được vẽ thay vì một đường - chỉ cần xóa lại một trong các dấu chấm nếu
bạn cần một số lẻ electron.

Số nguyên tử
Để đánh số nhanh các nguyên tử trong phân tử, hãy chuyển sang một trong các chế độ văn bản, nhấn giữ
phím Control và chọn từng nguyên tử liên tiếp bằng nút chuột trái. Đánh số
bắt đầu từ 1 và trình tự có thể được đặt lại bất kỳ lúc nào bằng cách nhấp vào nút chuột phải.
Nếu bạn cần sử dụng lược đồ đánh số của riêng mình, hãy nhấp vào nút giữa (trong khi vẫn
giữ phím Control) để chọn bất kỳ số nào trong trường nhập văn bản.

Định tâm
Nếu không có đủ không gian cho phân tử của bạn, bạn có thể đặt nó vào giữa tờ giấy
với nút trung tâm.

Xuất khẩu đến nước ngoài định dạng:
Bạn có thể xuất các phân tử của mình dưới dạng bitmap X, hình ảnh PNG hoặc EMF, được đóng gói
tệp tái bút, tệp đầu vào cho Brian Smith ' xfig(1) chương trình, một phiên bản MDL. 2000 molfile
để trao đổi dữ liệu với các gói thương mại, tệp SVG cho các trang web XHTML hoặc trong
Định dạng PicTeX để đưa trực tiếp vào tài liệu LaTeX. PicTeX, PNG, EMF và
Các chức năng đầu ra Postscript dựa trên sung2dev81) chương trình từ biến hình(1 gói hàng
và chỉ khả dụng khi chương trình này được phát hiện khi khởi động. Nếu Fig2sxd(1)
chương trình được cài đặt, một tùy chọn xuất bổ sung có sẵn cho định dạng OpenOffice SXD.
Tương tự như vậy, nếu chương trình babel (mở) được cài đặt, một menu Xuất bổ sung cung cấp
khả năng truy cập vào tất cả các loại tệp được hỗ trợ bởi công cụ này.

Bạn có thể tạo đầu ra ở các kích thước khác nhau tùy theo tỷ lệ thu phóng hiện tại.
Các tệp Postscript và PicTeX cũng có thể được tạo ở các tỷ lệ tùy ý có thể chọn trên
xuất menu tệp.

Một tùy chọn trong menu cấu hình có thể được đặt để gọi sung2dev bằng ngôn ngữ quốc tế
chế độ này sẽ tự động hiển thị bất kỳ văn bản nào được viết bằng phông chữ thay thế (Times) bằng cách sử dụng
phông chữ tái bút thích hợp cho ngôn ngữ hiện tại (hiện tại là tiếng Croatia, chữ Kirin,
Séc, Hungary, Nhật Bản, Hàn Quốc, Ba Lan). Xem sung2dev tài liệu để biết chi tiết.

Để đưa tệp PicTeX vào tài liệu LaTeX của bạn, bạn sẽ cần gói macro hình ảnh.
Tùy thuộc vào phiên bản bạn sử dụng, bạn cũng có thể phải tải gói 'màu' trong
phần mở đầu của tệp LaTeX của bạn. Nếu bạn gặp thông báo lỗi 'Đã vượt quá dung lượng TeX',
tăng thông số extra_mem_bot trong texmf.cnf tập tin (thường trong
/ usr / share / texmf / web2c, / usr / local / texmf or / etc / texmf). Pictex được biết đến với sự khác thường của nó
(theo tiêu chuẩn tex) yêu cầu bộ nhớ và cài đặt tiêu chuẩn không giải thích cho điều này
(mặc dù bạn có thể tìm thấy một nhận xét là 'hãy thay đổi điều này nếu bạn sử dụng hình ảnh' trong texmf.cnf
tập tin). Một cái gì đó như extra_mem_bot = 400000 sẽ không ảnh hưởng đến bất kỳ hiện đại vừa phải nào
hệ thống.

In bản vẽ
Kể từ phiên bản 1.5, in trực tiếp sơ đồ tới thiết bị in có khả năng Postscript (hoặc
thông thường hơn một hàng đợi in chạy ghostcript) là có thể. Khổ giấy,
độ phóng đại, tên máy in và lệnh in để sử dụng (hiện tại lp(1) lpr(1)
or máy in(1)) có thể được lưu trữ trong Hộp thoại cấu hình.

Chọn tất cả các or các bộ phận of a vẽ cho phép biến hình:
Sử dụng nút 'Đánh dấu', bạn có thể dễ dàng chọn các phần của bản vẽ hiện tại bằng cách bao
chúng có hình chữ nhật 'dây chun'.

Nếu bạn cần thêm các nguyên tử bên ngoài vùng hình chữ nhật vào lựa chọn của mình, chỉ cần vẽ
một dây chun khác xung quanh chúng trong khi giữ phím Ctrl.

Các phần đã chọn sẽ xuất hiện được đánh dấu bằng màu xanh lam và có sẵn ngay lập tức cho

di chuyển chỉ cần kéo phân mảnh đến vị trí mong muốn bằng chuột trong khi giữ
xuống nút chuột trái. (Nếu bạn chỉ cần di chuyển các nguyên tử riêng lẻ hoặc
trái phiếu, bạn có thể chỉ cần chọn và kéo chúng ở chế độ 'Di chuyển' mà không cần phải đánh dấu
họ đầu tiên).

quay chuyển động ngang của chuột chuyển sang xoay mượt mà xung quanh
điểm xoay được chọn khi nhấn nút chuột

lật (phản chiếu) mảnh vỡ về một mặt phẳng gương nằm ngang hoặc thẳng đứng qua
trung tâm của nó: điều này được thực hiện bằng cách nhấp vào nút menu thích hợp

sao chép nhấp vào nút menu 'Sao chép' sẽ tạo ra một bản sao chính xác của phần đã chọn
phân mảnh hơi lệch so với ban đầu. Dấu tự động
được chuyển sang bản sao mới.

thay đổi quy mô di chuyển chuột ngang được chuyển thành tăng hoặc giảm mượt mà
kích thước của mảnh được đánh dấu

xóa để xóa phân đoạn đã đánh dấu, chỉ cần nhấp vào phần thứ ba (thường là bên phải)
nút chuột sau khi nó được đánh dấu.

rập khuôn chọn một trong các biểu tượng từ danh sách thả xuống của các kiểu khung và khung
vẽ đối tượng tương ứng, ví dụ như một cặp dấu ngoặc tròn, xung quanh
đoạn được đánh dấu.

tối ưu hóa nhấp vào biểu tượng 'xô và chổi' sẽ gọi hàm loại bỏ
chồng chéo (sao chép) các liên kết và nhãn từ bản vẽ và làm thẳng
các đường gần như nằm ngang hoặc dọc.

Thêm trước đây lưu số liệu:
Để thêm một phân tử khác từ một bản vẽ chemtool đã lưu trước đó, hãy chọn nó trong tệp
cửa sổ lựa chọn xuất hiện khi bạn nhấn nút 'Thêm'. Một cú nhấp chuột vào bất kỳ
tên tệp trong danh sách hiển thị một bản xem trước nhỏ của phân tử để hỗ trợ việc lựa chọn. Các
phân tử mới được thêm vào sẽ tự động hoạt động để nó có thể được định vị lại như
mong muốn.

Nếu bạn muốn thêm nó vào một vị trí xác định trước trên một phân tử khác, bạn có thể đánh dấu rằng
trang đính kèm bằng cách nhấp chuột trái vào nó thay vì kéo hình chữ nhật đánh dấu. Nhỏ
chấm màu xanh lá cây sẽ xuất hiện tại vị trí bây giờ là vị trí tham chiếu cho phần mới. Nếu bạn tiết kiệm
các phân tử có tập hợp điểm đánh dấu như vậy, nó sẽ lần lượt xác định vị trí đính kèm của chúng khi chúng
được thêm vào một bản vẽ khác.

Thêm một of các xác định trước mẫu:
Chọn 'Mẫu' từ menu 'Công cụ' sẽ mở ra cửa sổ thứ hai với một bộ sưu tập nhỏ
cấu trúc xác định trước. Chỉ cần nhấp vào hình ảnh của phân tử mong muốn để thêm nó vào
bản vẽ của bạn. Cửa sổ Mẫu có thể được mở trong suốt phiên chemtool - nếu nó
bị ẩn bởi một cửa sổ khác, bạn có thể di chuyển nó lên phía trước bằng cách chọn menu 'Mẫu'
trong chemtool một lần nữa.

Dữ liệu trong hệ thống khuôn mẫu khác với các bản vẽ chemtool bình thường chỉ bởi thực tế là
chúng được lưu trữ trong chương trình và ở định dạng hơi khó xử (tọa độ x và y
được liệt kê riêng trong tệp nguồn tệp tin template.h). Những điều này nhằm cung cấp một
bộ cơ sở thuận tiện có sẵn cho tất cả người dùng, nhưng không thể mở rộng riêng lẻ (bạn có thể sử dụng
chức năng 'Thêm' cho cấu trúc của riêng bạn). Vui lòng cho chúng tôi biết nếu bạn muốn cụ thể
các phân tử được thêm vào các mẫu - tên của chúng hoặc lý tưởng là một tệp bản vẽ chemtool thông thường
là tất cả những gì chúng ta cần. (gửi email đến [email được bảo vệ])

Nhập khẩu nước ngoài hồ sơ định dạng:
Chemtool cung cấp các chức năng để nhập tệp ở cả định dạng PDB được sử dụng bởi Protein
Cơ sở dữ liệu (và bởi hầu hết các gói mô hình phân tử) và định dạng molfile MDL độc quyền
được sử dụng bởi ISISdraw và được hiểu bởi các gói bản vẽ cấu trúc và cơ sở dữ liệu khác
mặt trước.

Vì cả hai đều là định dạng tệp 3D, trong khi chemtool chỉ xử lý các phép chiếu 2D, được nhập
lúc đầu các phân tử được đọc vào một kho lưu trữ tạm thời và hiển thị bằng màu xanh lam trên canvas.
Biểu diễn 3D này sau đó có thể được xoay bằng chuột. Chỉ sau khi nhấn Return
trên bàn phím là nó được chuyển đổi thành hình chiếu 2D cuối cùng có thể được chỉnh sửa. Trong khi
quá trình nhập 3d như vậy đang diễn ra, tất cả các chức năng vẽ và chỉnh sửa thông thường đều bị tắt.

Với tính năng nhập MDL molfile, các nhãn nguyên tử cacbon sẽ tự động bị loại bỏ. Đối với PDB
nhập, số lượng nhãn có thể được chọn trong hộp thoại chọn tệp, cung cấp
giữ lại tất cả các nhãn, chỉ nhãn của các nguyên tử không phải hydro hoặc chỉ nhãn không phải là số
một phần của các nhãn.

Nếu chương trình babel được cài đặt - phiên bản gốc do Pat Walters viết hoặc
nỗ lực OpenBabel gần đây hơn - chemtool sẽ tự động cung cấp một tùy chọn menu cho
nhập từ bất kỳ định dạng tệp nào mà nó hỗ trợ.

Xác định tổng hợp công thức và phân tử trọng lượng:
Bản phân phối chứa một chương trình trợ giúp, cht(1), của Radek Liboska (Prague) để tính toán
tổng công thức và (chính xác) trọng lượng phân tử từ tệp bản vẽ chemtool. Nó cũng là
có sẵn từ bên trong chemtool để tính toán những dữ liệu này cho cấu trúc hiện tại hoặc
đánh dấu đoạn của nó. cht có thể bị đánh lừa bởi các liên kết trùng lặp (chemtool không loại bỏ
các liên kết chồng chéo, chẳng hạn như chúng có thể là kết quả của hệ thống vòng nung chảy, tự động) và
bởi biểu tượng 'vòng thơm', vì vậy bạn nên tránh những điều này và kiểm tra tính hợp lý của
công thức tổng được tạo nếu có thể.

Vẽ chức năng không có sẵn ở trong Hóa chất:
Đối với các tính năng hiện không được chemtool hỗ trợ, chẳng hạn như các chức năng vẽ đường chung,
nhận gói bản vẽ XFig của Brian Smith xfig rất khuyến khích. Về duy nhất
thứ mà nó không cung cấp là hỗ trợ cho các loại đường kẻ và góc vẽ 'hóa học' - đó là
tại sao chemtool được viết như một loại chương trình đồng hành. (Có thể sẽ có nhiều
các tùy chọn vẽ cực kỳ cần thiết được thêm vào chemtool theo thời gian, nhưng sao chép
các tính năng đa mục đích chung hơn của xfig có vẻ khá vô nghĩa.)

Sử dụng chemtool trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net