rạp xiếc - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/

tròn là tốt

Circos - tạo đồ họa thông tin tổng hợp theo vòng tròn

SYNOPSIS

# đoán vị trí file cấu hình
rạp xiếc

# sử dụng file cấu hình cụ thể
Circos -conf Circos.conf [-silent]

# chẩn đoán các mô-đun cần thiết
rạp xiếc -mô-đun

# trang nam
xiếc -man

# gỡ lỗi chi tiết cho các thành phần mã
# nhìn thấy http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
xiếc -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# gỡ lỗi đầy đủ
xiếc -debug_group _all

# kết xuất cấu hình của một khối (hoặc cây khối) của
# bất kỳ tham số nào khớp với REGEXP (tùy chọn)
tuần hoàn -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# ghi đè tham số cấu hình
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no

# cho vui - chọn ngẫu nhiên tất cả các màu trong ảnh ngoại trừ
# MÀU1 và MÀU2
xiếc -randomcolor COLOR1,[COLOR2,...]

MÔ TẢ

Circos dùng để trực quan hóa dữ liệu theo bố cục hình tròn, lý tưởng để khám phá các mối quan hệ
giữa các đối tượng hoặc vị trí. Có những lý do khác khiến bố cục hình tròn
thuận lợi, không kém phần hấp dẫn.

Circos không phải là một giải pháp. Đó là một công cụ để giải quyết các vấn đề trực quan. Để cho
vấn đề, bạn không được đảm bảo rằng nó phù hợp.

Bạn có quyền kiểm soát tốt cách hiển thị từng thành phần dữ liệu, giúp bạn khớp
sự nổi bật đến sự liên quan.

CẤU HÌNH

Các cài đặt có nghĩa là được chuyển bằng tệp cấu hình văn bản thuần túy. Tập tin này có thể được
được tạo thủ công hoặc bằng tập lệnh khác, cho phép Circos hoàn toàn tự động.

Để có tài liệu đầy đủ, hãy xem

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

cú pháp
Cấu hình là văn bản thuần túy và bao gồm các khối phân cấp. Một số khối như
" là bắt buộc, trong khi những cái khác như " là tùy chọn.

Để bắt đầu, hãy tham khảo hướng dẫn hướng dẫn nhanh.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

Một tệp cấu hình điển hình có thể trông như thế này

# kích thước và định dạng hình ảnh

hữu ích. Cảm ơn !


# vị trí và kích thước của chữ tượng hình

hữu ích. Cảm ơn !


# vị trí, loại và định dạng của rãnh dữ liệu


hữu ích. Cảm ơn !

hữu ích. Cảm ơn !


# màu sắc, phông chữ và mẫu điền
< >

# hệ thống tham số toán học
< >

Mô đun
"< > lệnh nhập một tệp cấu hình vào một tệp khác. Cái này
cơ sở giúp giữ cho các tập tin cấu hình theo mô-đun.

Các định nghĩa tham số không thường xuyên thay đổi, chẳng hạn như định nghĩa màu sắc và phông chữ,
thường được nhập từ các tập tin được tìm thấy trong Vân vân/ trong việc phân phối.

Trong phần hướng dẫn, bạn sẽ thấy rằng " Và " khối được nhập vào
tập tin cấu hình chính. Bởi vì những khối này có thể khá lớn nên mục đích chính
tệp cấu hình sẽ dễ đọc hơn nếu chúng được chuyển thành các tệp riêng biệt.

Ghi đè với *
Để ghi đè tham số đã được đưa vào tệp, hãy sử dụng hậu tố "*". Hậu tố
là bắt buộc vì không được phép có nhiều định nghĩa về một tham số, ngoại trừ trong trường hợp
trong đó một tham số có thể có nhiều hơn một giá trị.


# tệp được bao gồm xác định 'bán kính'
< >
# điều này sẽ ghi đè giá trị bán kính
bán kính* = 2500p


Hậu tố "*" có thể được lặp lại để chỉ định giá trị nào được ưu tiên trong một khối.

bán kính = 1500p
bán kính* = 2500p
bán kính** = 3000p # trường hợp bán kính này sẽ được sử dụng

Ghi đè với Lệnh Dòng
Bất kỳ tham số cấu hình nào trong tên khối duy nhất đều có thể được chỉ định trên dòng lệnh
sử dụng

-param PATH/PARAM=giá trị

Ví dụ,


hiển thị = không
hữu ích. Cảm ơn !


-param chữ tượng hình/show=no

và



mặc định = 0.01r

hữu ích. Cảm ơn !


-param chữ tượng hình/khoảng cách/mặc định=0.01r

Thời Gian conf() được sử dụng trong tệp cấu hình để lấy giá trị của tham số (bất kỳ
tham số, không chỉ các tham số được đặt bởi -param), bạn sẽ có được một hệ thống linh hoạt để thay đổi
cấu hình tại dòng lệnh.

loài = con người
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt

-param loài=chuột

Nhiều tham số có thể được xác định lại, mỗi tham số có cờ "-param" riêng

-param show_ticks=no -param hình ảnh/bán kính=2000p

Sáp nhập Khối
Nhiều phiên bản của các khối sau sẽ được tự động hợp nhất: " ,
" , " , " , " , " , " Và " .

Mục đích của việc này là cho phép bạn thêm vào các định nghĩa chuẩn.

# file này định nghĩa mặc định , Và
< >

# thêm vào khối màu

mycolor = 150,25,25

LỰA CHỌN

Cấu hình
-tập tin cấu hình
Tên của tập tin cấu hình. Điều này là bắt buộc.

Circos sẽ cố gắng đoán vị trí của tệp này, tìm kiếm "circos.conf" trong
".", "..", Và "../ ..".

Đầu ra Định dạng
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Chuyển đổi đầu ra của tệp PNG và SVG.

Hình ảnh Các yếu tố
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Ghi đè hiển thị dấu tích và nhãn của chúng. Cả hai đều thường được định nghĩa trong
khối.

Đầu ra Đường dẫn
-đầu ra TRỰC TIẾP, -dir TRỰC TIẾP
-tệp đầu ra TẬP TIN, -tệp TỆP
Thay đổi thư mục đầu ra và tên tập tin. FILE có thể chứa một đường dẫn.

Gỡ lỗi
-gỡ lỗi
Bật đầu ra gỡ lỗi cơ bản. Báo cáo thông tin từ

hình ảnh, io, lớp, tóm tắt, hẹn giờ

nhóm gỡ lỗi (xem bên dưới).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
Bật đầu ra gỡ lỗi cho các nhóm cụ thể. Để biết danh sách các nhóm, xem

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

Để thêm một nhóm vào tiền tố đầu ra bằng +. Để loại bỏ nó, với -.

# sử dụng các nhóm gỡ lỗi mặc định nhưng loại trừ lớp và io
-debug -debug_group -layer,-io

# sử dụng các nhóm gỡ lỗi mặc định và thêm khoảng cách
-debug -debug_group +khoảng cách

# chỉ định rõ ràng các nhóm
-debug_group png,io,hẹn giờ

Để liệt kê các nhóm được hỗ trợ, hãy sử dụng cờ không có đối số

-debug_group

-thời gian
Báo cáo thông tin thời gian. Tương tự như -debug_group +timer

-im lặng
Không tạo ra báo cáo.

-hoang tưởng, -noparanoid
Chạy ở chế độ hoang tưởng (mặc định) hoặc không. Giá trị mặc định cho cài đặt này được xác định bởi
'hoang tưởng' trong etc/housekeeping.conf.

-cảnh báo, -nowwarnings
Hiển thị cảnh báo hoặc không (mặc định). Giá trị mặc định cho cài đặt này được xác định bởi
'cảnh báo' trong etc/housekeeping.conf.

-fakeerror =item -fakeerror CAT =item -fakeerror ,ID =item -fakeerror CAT,ID
Giả mạo lỗi bằng cách hiển thị thông báo lỗi cho danh mục CAT và ID tên lỗi. Nếu như
một hoặc không được chỉ định, liệt kê những lỗi có sẵn.

Trừ khi bạn thực sự thích nhìn thấy các thông báo lỗi, sẽ có rất ít lý do để bạn
muốn sử dụng cái này

Sử dụng
-phiên bản
Hiển thị phiên bản.

-Cứu giúp
Hiển thị tóm tắt sử dụng ngắn gọn.

-Đàn ông
Hiển thị trang người đàn ông.

ngu ngốc Xung quanh
-màu ngẫu nhiên [màu1,màu2,...]
Chọn ngẫu nhiên màu sắc của mọi thành phần trong ảnh, ngoại trừ danh sách tùy chọn
màu sắc.

Ví dụ: để giữ nền trắng và mọi thứ có màu đen,

- Giao màu ngẫu nhiên trắng, đen

Sử dụng rạp xiếc trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net