cmtk-convertx - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

convertx - Chuyển đổi giữa các định dạng tệp hình ảnh và kiểu dữ liệu.

SYNOPSIS

Convertx [tùy chọn] tập tin đầu ra

MÔ TẢ

Công cụ này chuyển đổi giữa các định dạng tệp hình ảnh và kiểu dữ liệu pixel. Nó cũng có thể áp dụng
các thao tác hình ảnh đơn giản, có mục đích chung trong quá trình này. Một số hoạt động tùy ý
có thể được chỉ định trên dòng lệnh, sẽ được áp dụng chính xác theo thứ tự đã cho.

LỰA CHỌN

Toàn cầu Toolkit Các lựa chọn (những đang chia sẻ by tất cả các CMTK công cụ)
--Cứu giúp
Viết danh sách các tùy chọn dòng lệnh cơ bản vào đầu ra tiêu chuẩn.

- trợ giúp tất cả
Viết danh sách đầy đủ các tùy chọn dòng lệnh cơ bản và nâng cao vào đầu ra tiêu chuẩn.

--wiki
Viết danh sách các tùy chọn dòng lệnh vào đầu ra tiêu chuẩn trong đánh dấu MediaWiki.

--Đàn ông
Viết nguồn trang người đàn ông trong đánh dấu 'nroff' cho đầu ra tiêu chuẩn.

--phiên bản
Viết phiên bản bộ công cụ ra đầu ra tiêu chuẩn.

--echo
Viết dòng lệnh hiện tại vào đầu ra tiêu chuẩn.

--verbose cấp
Đặt mức độ chi tiết.

--dài dòng, -v
Mức độ chi tiết tăng lên 1 (không dùng nữa; được hỗ trợ cho khả năng tương thích ngược).

--chủ đề
Đặt số lượng luồng song song tối đa (cho luồng POSIX và OpenMP).

Hình ảnh / Chuyển đổi Cơ sở dữ liệu
--db
Đường dẫn đến cơ sở dữ liệu chuyển đổi / hình ảnh cần được cập nhật với cơ sở dữ liệu mới được tạo
hình ảnh. [Vỡ nợ: KHÔNG AI]

Đầu vào Hình ảnh Điều khiển
- bộ đệm
Đặt giá trị đệm: tất cả các pixel trong hình ảnh đầu vào có giá trị này sẽ bị bỏ qua
trong tất cả các hoạt động tiếp theo.

--unset-đệm
Bỏ đặt giá trị đệm: đối với tất cả các hoạt động tiếp theo, tất cả các pixel sẽ được xử lý
theo giá trị của chúng.

- nhãn
Chỉ định rằng các giá trị hình ảnh sẽ được coi là các nhãn rời rạc. Điều này sẽ dẫn đến
trong mã ý định thích hợp được đặt trong tệp đầu ra ở định dạng NIfTI.

--xám
Chỉ định rằng các giá trị hình ảnh được coi là mức xám liên tục. Điều này sẽ
đặt lại mã ý định trong các tệp được đọc từ định dạng NIfTI.

Ngày Kiểu Chuyển đổi
--char
8 bit, số nguyên có dấu

--byte
8 bit, số nguyên không dấu

--ngắn
16 bit, số nguyên có dấu

--nguyên tắc
16 bit, số nguyên không dấu

--NS
Số nguyên có dấu 32 bit

- gợi ý
32 bit số nguyên không dấu

--trôi nổi
32 bit dấu phẩy động

--kép
64 bit dấu phẩy động

Giá trị Ánh xạ
--map-giá trị
Áp dụng chức năng ánh xạ cho các giá trị pixel. Ánh xạ được định nghĩa là
'VAL0 [, VAL1, ...] [: NEWVAL]' để ánh xạ các giá trị VAL0, VAL1, v.v. thành giá trị mới NEWVAL. Nếu như
NEWVAL không được cung cấp, các giá trị được đặt thành phần đệm.

--map-giá-only
Áp dụng chức năng ánh xạ cho các giá trị pixel và thay thế các pixel chưa được ánh xạ bằng phần đệm.
Nhiều quy tắc ánh xạ như vậy có thể được nối thành RULE0 + RULE1 [+ ...]; tất cả các
các quy tắc nối sẽ được áp dụng đồng thời. Ánh xạ được định nghĩa là
'VAL0 [, VAL1, ...] [: NEWVAL]' để ánh xạ các giá trị VAL0, VAL1, v.v. thành giá trị mới NEWVAL. Nếu như
NEWVAL không được cung cấp, các giá trị được đặt thành phần đệm. Nhiều quy tắc ánh xạ như vậy có thể
được nối thành RULE0 + RULE1 [+ ...]; tất cả các quy tắc nối sẽ được áp dụng
đồng thời.

- thay thế-padding
Thay thế dữ liệu pixel đệm bằng giá trị đã cho.

--replace-inf-nan
Thay thế tất cả các pixel vô hạn và không phải là một số bằng giá trị đã cho.

Hình ảnh Lật
--flip-x
Lật (gương) dọc theo hướng x

--flip-y
Lật (gương) theo hướng y

--flip-z
Lật (gương) dọc theo hướng z

Hình ảnh Làm mặt nạ và Ngưỡng
--mặt nạ
Tên tệp mặt nạ nhị phân: loại bỏ tất cả các pixel hình ảnh trong đó mặt nạ bằng 0. pixel bị che
sẽ KHÔNG được đặt thành XNUMX, mà thay vào đó sẽ được thay thế bằng phần đệm hiện được đặt
giá trị. Sử dụng '--set-padding 0' trước '--mask' để buộc cài đặt về XNUMX.

- mặt nạ-nghịch đảo
Tên tệp mặt nạ nhị phân nghịch đảo loại bỏ tất cả các pixel hình ảnh mà mặt nạ KHÔNG phải là 0. Xem
cũng ghi chú về phần đệm trong '--mask' ở trên.

--thresh-dưới
Đặt tất cả các giá trị dưới ngưỡng thành giá trị ngưỡng.

--thresh-trên
Đặt tất cả các giá trị trên ngưỡng thành giá trị ngưỡng.

--thresh-under-to-padding
Đặt tất cả các giá trị dưới ngưỡng thành giá trị đệm.

--thresh-trên-to-padding
Đặt tất cả các giá trị trên ngưỡng thành giá trị đệm.

--binarize-thresh
Đặt tất cả các giá trị dưới ngưỡng thành 0, tất cả các giá trị bằng hoặc cao hơn thành 1.

--otsu-thresh
Binarize hình ảnh thành 0/1 bằng cách sử dụng ngưỡng được tính bằng phương pháp của Otsu. Đối số là số
của thùng biểu đồ để tính toán ngưỡng.

--otsu-thresh-nbins
Binarization sử dụng phương pháp của Otsu với số lượng thùng biểu đồ do người dùng xác định cho
tính toán ngưỡng.

--prune-biểu đồ
Hình ảnh ngưỡng bằng 'cắt bớt biểu đồ cường độ', tức là, đối với đối số n
[thùng biểu đồ] xác định các ngưỡng sao cho phần thứ 1 của giá trị cao nhất và
voxels thấp nhất được ngưỡng.

--prune-biểu đồ-cao
Giống như '--prune-histograms', nhưng chỉ loại bỏ cường độ cao.

--prune-biểu đồ-thấp
Giống như '--prune-biểu đồ', nhưng chỉ loại bỏ các cường độ thấp.

cường độ Chuyển đổi
--cale-to-range
Chia tỷ lệ cường độ hình ảnh thành phạm vi 'từ: đến', ví dụ: '0: 255' trước khi chuyển đổi thành byte
dữ liệu.

--biểu đồ cân bằng
Áp dụng cân bằng biểu đồ.

- histogram-cân bằng-nbins
Áp dụng cân bằng biểu đồ với số lượng thùng.

--match-histogram
Chuyển đổi cường độ để phù hợp với phân phối trong hình ảnh được cung cấp làm đối số
cho lệnh này.

--match-mean-sdev
Chia tỷ lệ cường độ để phù hợp với phân phối trung bình và tiêu chuẩn của cường độ trong
hình ảnh được cung cấp làm đối số cho lệnh này.

Hình thái học Hoạt động
- trở lại
Hoàn nguyên mặt nạ nhị phân, tức là trao đổi tiền cảnh và hậu cảnh.

--xói mòn
Toán tử xói mòn hình thái (theo pixel)

--giãn ra
Toán tử giãn nở hình thái (theo pixel)

- khoảng cách đường đi
Toán tử xói mòn hình thái (theo khoảng cách). Thường thích hợp hơn cho dữ liệu dị hướng.

--khoảng cách-đa nhãn
Toán tử xói mòn hình thái (theo khoảng cách) cho các bản đồ nhiều nhãn. Kết quả sẽ là
hoặc là dữ liệu byte, dữ liệu int ngắn không dấu hoặc không dấu, tùy thuộc vào chỉ mục của
nhãn được sử dụng lớn nhất trong đầu vào.

--dilate-khoảng cách
Toán tử giãn nở hình thái (theo khoảng cách). Oftern thích hợp hơn cho dị hướng
dữ liệu.

- các thành phần được kết nối
Tạo bản đồ các thành phần được kết nối với các vùng được đánh số bằng cách giảm kích thước thành phần

--bản đồ ranh giới
Tạo bản đồ ranh giới

- bản đồ đa ranh giới
Tạo bản đồ ranh giới nhiều giá trị

--khoảng cách-bản đồ
Tính toán bản đồ khoảng cách Euclid không dấu. Hình ảnh đầu vào được hiểu là mặt nạ nhị phân.

--sign-distance-map
Máy tính có dấu (bên trong = tiêu cực, bên ngoài = dương) Bản đồ khoảng cách Euclidean

Lọc Hoạt động
--Bộ lọc trung vị
Bộ lọc trung vị. Thao tác này lấy bán kính bộ lọc tính bằng pixel làm tham số. MỘT
số nguyên đơn xác định bán kính hạt nhân theo cả ba chiều. Ba dấu phẩy-
các số nguyên riêng biệt xác định các bán kính riêng biệt cho ba kích thước.

--mean-filter
Bộ lọc trung bình khu vực. Thao tác này lấy bán kính bộ lọc tính bằng pixel làm
tham số. Một số nguyên xác định bán kính hạt nhân theo cả ba chiều. Số ba
các số nguyên được phân tách bằng dấu phẩy xác định các bán kính riêng biệt cho ba kích thước.

- bộ lọc nhanh-trung bình
Bộ lọc trung bình khu vực (triển khai thời gian tuyến tính, nhanh chóng). Hoạt động này có
bán kính lọc tính bằng pixel làm tham số. Một số nguyên xác định bán kính hạt nhân
trong cả ba chiều. Ba số nguyên được phân tách bằng dấu phẩy xác định các bán kính riêng biệt cho
ba chiều.

--bộ lọc phương sai
Bộ lọc phương sai khu vực. Thao tác này lấy bán kính bộ lọc tính bằng pixel làm
tham số. Một số nguyên xác định bán kính hạt nhân theo cả ba chiều. Số ba
các số nguyên được phân tách bằng dấu phẩy xác định các bán kính riêng biệt cho ba kích thước.

- nhanh-phương sai-bộ lọc
Bộ lọc phương sai khu vực nhanh (thời gian tuyến tính). Thao tác này lấy bán kính bộ lọc
tính bằng pixel làm tham số. Một số nguyên xác định bán kính hạt nhân trong cả ba
các kích thước. Ba số nguyên được phân tách bằng dấu phẩy xác định bán kính riêng biệt cho ba
kích thước.

- bộ lọc thời điểm thứ ba
Bộ lọc thời điểm thứ ba theo khu vực. Thao tác này lấy bán kính bộ lọc tính bằng pixel làm
tham số. Một số nguyên xác định bán kính hạt nhân theo cả ba chiều. Số ba
các số nguyên được phân tách bằng dấu phẩy xác định các bán kính riêng biệt cho ba kích thước.

- tiêu chuẩn-độ lệch-bộ lọc
Bộ lọc độ lệch chuẩn khu vực. Thao tác này lấy bán kính bộ lọc tính bằng pixel
làm tham số. Một số nguyên xác định bán kính hạt nhân theo cả ba chiều.
Ba số nguyên được phân tách bằng dấu phẩy xác định bán kính riêng biệt cho ba kích thước.

--smoothness-filter
Bộ lọc 'độ mịn' theo khu vực. Thao tác này lấy bán kính bộ lọc tính bằng pixel làm
tham số. Một số nguyên xác định bán kính hạt nhân theo cả ba chiều. Số ba
các số nguyên được phân tách bằng dấu phẩy xác định các bán kính riêng biệt cho ba kích thước.

--gaussian-filter-sigma
Lọc ảnh bằng hạt nhân Gaussian. Hoạt động này có một giá trị thực duy nhất
tham số, chỉ định hệ số nhân sigma theo đơn vị thế giới [ví dụ: mm] là
thông số.

--gaussian-filter-fwhm
Lọc ảnh bằng hạt nhân Gaussian. Hoạt động này có một giá trị thực duy nhất
tham số, chỉ định chiều rộng đầy đủ của hạt nhân ở mức tối đa một nửa tính bằng đơn vị thế giới
[ví dụ: mm].

--laplace-bộ lọc
Lọc hình ảnh với hạt nhân Laplacian tăng cường cạnh.

lưới Hoạt động
--downsample-chọn
Giảm mẫu hình ảnh theo lựa chọn pixel bằng cách sử dụng các yếu tố trên mỗi trục 'Fx, Fy, Fz' hoặc sử dụng đơn
yếu tố 'Fxyz'

--downsample-Average
Giảm hình ảnh mẫu bằng cách lấy giá trị trung bình sử dụng các hệ số trên mỗi trục 'Fx, Fy, Fz' hoặc sử dụng đơn
yếu tố 'Fxyz'

- mẫu
Lấy mẫu lại hình ảnh thành pixel gần đẳng hướng trong khi vẫn giữ nguyên trường xem hình ảnh.
Lấy một đối số, độ phân giải mục tiêu theo đơn vị thế giới [ví dụ: mm]

--mẫu-chính xác
Lấy mẫu lại hình ảnh thành pixel đẳng hướng chính xác của độ phân giải đã cho trong khi khớp với
trường nhìn của hình ảnh càng gần càng tốt. Sử dụng một đối số, giải pháp mục tiêu
theo đơn vị thế giới [ví dụ: mm]

--crop-by-index
Cắt hình ảnh đến một khu vực được chỉ định bởi một tập hợp sáu tọa độ chỉ mục lưới được cung cấp dưới dạng
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--crop-by-ngưỡng
Cắt hình ảnh theo vùng được xác định thông qua một ngưỡng nhất định. Hình ảnh kết quả sẽ
chứa tất cả các pixel lớn hơn tham số đã cho.

--crop-by-ngưỡng-ghi-vùng
Cắt hình ảnh theo vùng được xác định thông qua một ngưỡng nhất định và ghi vùng cắt vào
đầu ra tiêu chuẩn.

--crop-by-ngưỡng-ghi-xform
Cắt hình ảnh theo vùng được xác định thông qua một ngưỡng nhất định và ghi cắt ảnh
chuyển đổi sang đầu ra tiêu chuẩn.

TÁC GIẢ

Torsten Rohlfing, với sự đóng góp của Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B.Russakoff và Yaroslav Halchenko

Sử dụng cmtk-convertx trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net