cmtk - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

cmtk - Bộ công cụ đo hình thái tính toán

SYNOPSIS

cmtk [tùy chọn]

MÔ TẢ

Tập lệnh trợ giúp này cung cấp quyền truy cập thống nhất vào tất cả các công cụ dòng lệnh do CMTK cung cấp.
Vui lòng chỉ định lệnh của CMTK để chạy và các tùy chọn của nó. Nhìn thấy cmtk- (1) trang chủ hoặc
đầu ra của cmtk --Cứu giúp vì tùy chọn cụ thể

HÀNG

một đoạn
Đăng ký một hình ảnh đích vào tập bản đồ, sử dụng affine, theo sau là B-spline nonrigid
đăng ký, sau đó định dạng lại bản đồ nhãn của tập bản đồ thành hình ảnh đích.

phân đoạn_sri24
Đăng ký một hình ảnh mục tiêu vào một kênh đã chọn của tập bản đồ não người SRI24, sau đó
định dạng lại một trong các bản đồ nhãn của tập bản đồ thành hình ảnh đích. Lưu ý: giả sử rằng
hình ảnh mục tiêu bị tước hộp sọ, tức là chỉ chứa não.

trung bình_affine
Công cụ này tính giá trị trung bình của một chuỗi tọa độ liên kết do người dùng cung cấp
các phép biến hình.

trung bình_hình ảnh
Công cụ này tính toán mức trung bình pixelwiase, phương sai, độ lệch chuẩn, điểm z hoặc
hình ảnh entropy từ danh sách hình ảnh cường độ do người dùng cung cấp.

nhãn_trung bình
Hình ảnh nhãn được đồng đăng ký trung bình bằng cách sử dụng một phần khối lượng

trung bình_adm
Tính toán hình ảnh cường độ trung bình hình dạng trung bình và bản đồ biến dạng bằng cách sử dụng
mô hình biến dạng.

concat_affine
Công cụ này tính toán phép nối rõ ràng của nhiều tọa độ affine
các phép biến đổi, mỗi phép biến đổi có thể được đảo ngược tùy ý.

chuyển đổi_warp
Công cụ này chuyển đổi tọa độ biến dạng định dạng tự do B-spline không cứng nhắc
các phép biến đổi giữa các cách biểu diễn khác nhau (ví dụ: tuyệt đối so với tương đối
vectơ). Cũng tạo ra các phép biến đổi phân số.

chuyển đổix
Công cụ này chuyển đổi giữa các định dạng tệp hình ảnh và kiểu dữ liệu pixel. Nó cũng có thể áp dụng
các thao tác hình ảnh đơn giản, có mục đích chung trong quá trình này. Một số tùy ý
các hoạt động có thể được chỉ định trên dòng lệnh, điều này sẽ được áp dụng chính xác trong
mệnh lệnh đã cho.

dbtool
Công cụ này sửa đổi và truy vấn cơ sở dữ liệu hình ảnh và các phép biến đổi giữa
Chúng.

dcm2image
Kết hợp tập hợp các lát DICOM thành ngăn xếp hình ảnh 3D

mô tả
Công cụ này in mô tả chi tiết về các tệp đầu vào dưới dạng (các) hình ảnh hoặc
(các) sự biến đổi.

lột trần
Chương trình này sửa các thành phần sọc trong ngăn xếp hình ảnh thu được có thể do
sự khác biệt quy mô cường độ giữa các lát.

Det_adni_phantom
Công cụ này phát hiện vị trí của tất cả các điểm mốc hình cầu trong hình ảnh 3D của
Bóng ma hình ảnh cấu trúc Magphan EMR051 (hay còn gọi là ADNI Phantom).

detect_spheres_matched_filter
Công cụ này phát hiện các vật thể hình cầu trong hình ảnh ba chiều.

dof2mat
Chuyển phép biến đổi affine từ biểu diễn bậc tự do sang dạng ma trận

dwi_mask_bad_slices
Công cụ này đọc một tập hợp các hình ảnh MR có trọng số khuếch tán 3D và tìm ra các lát cắt xấu. Một điều xấu
lát cắt trong ảnh khuếch tán được phát hiện là lát cắt có cường độ trung bình nằm ngoài
khoảng được chỉ định xung quanh giá trị trung bình của tất cả các lát cắt tương ứng từ
hình ảnh khuếch tán còn lại.

phần mở rộng
Sửa biến dạng do trường B0 không đồng nhất gây ra trong Hình ảnh Echo Planar (ví dụ:
hình ảnh có trọng số khuếch tán) sử dụng hai hình ảnh thu được bằng mã hóa pha đối lập
hướng.

fib2image
Kết quả theo dõi sợi từ công cụ Theo dõi sợi UNC được đọc từ Đầu vào tiêu chuẩn
và tất cả các điểm sợi được vẽ thành hình ảnh 3D. Kết quả được viết bằng một trong những
định dạng tập tin hình ảnh được hỗ trợ.

dạng sợi
Một tệp có kết quả theo dõi sợi từ công cụ Theo dõi sợi UNC được đọc từ
Đầu vào tiêu chuẩn và một hoặc nhiều phép biến đổi tọa độ (nối) được áp dụng
đến tất cả các tọa độ điểm sợi. Kết quả được ghi vào Đầu ra Tiêu chuẩn, một lần nữa trong
Định dạng tệp sợi UNC.

phim ảnh Công cụ này chia hình ảnh đầu vào xen kẽ thành các hình ảnh truyền, đồng đăng ký chúng,
và tái tạo lại hình ảnh đã được hiệu chỉnh chuyển động

lọc
Công cụ này áp dụng các toán tử lọc không gian, bao gồm cả các toán tử nhạy cảm với ý nghĩa
các toán tử, dựa trên các hạt nhân Gaussian chọn lọc.

fit_affine_dfield
Ghép một phép biến đổi affine tuyến tính với một phép biến đổi không cứng, hoặc là B-spline
biến dạng dạng tự do hoặc trường biến dạng không tham số.

fit_affine_xform
Ghép một phép biến đổi affine tuyến tính vào một danh sách các biến đổi được nối, đảo ngược tùy ý,
các phép biến hình.

fit_affine_xform_landmarks
Điều chỉnh phép biến đổi affine tuyến tính cho một tập hợp các điểm mốc phù hợp.

fit_spline_dfield
Điều chỉnh phép biến đổi không cứng tham số (biến dạng dạng tự do B-spline) thành một
trường biến dạng

fit_spline_xform
Khớp một phép biến đổi không cứng tham số (biến dạng dạng tự do B-spline) vào một danh sách
của các phép biến đổi nối, đảo ngược tùy ý.

xem trước

khớp địa lý
Công cụ này đọc hai hoặc nhiều hình ảnh và kiểm tra xem kích thước lưới, pixel của chúng có
kích thước và sự biến đổi từ hình ảnh sang không gian phù hợp. Tùy chọn, tất cả hình ảnh đều được
định hướng lại theo hướng tiêu chuẩn trước khi thực hiện bài kiểm tra. Nếu tất cả hình ảnh khớp nhau,
công cụ trả về với mã thoát 0, nếu không nó sẽ trả về với mã thoát 2. Trong trường hợp
xảy ra lỗi (ví dụ: không thể đọc được một trong các hình ảnh), mã thoát là 1.

lém lỉnh Mô hình thống kê cường độ điểm ảnh trong nhiều hình ảnh bằng cách sử dụng Tuyến tính chung
Mô hình.

hmm Phân chia hình ảnh thành c lớp bằng thuật toán EM cho hỗn hợp Gaussian với
tùy chọn trước.

biểu mẫu Gregx
CÔNG CỤ NÀY KHÔNG ĐƯỢC SỬ DỤNG. VUI LÒNG SỬ DỤNG streamxform INSTEAD.

theo nhóm_affine
Công cụ này đăng ký một tập hợp các hình ảnh đầu vào cùng một lúc mà không cần mẫu,
sử dụng thuật toán 'ngưng tụ' hoặc phép đo độ tương tự theo nhóm dựa trên
xấp xỉ liên tục thông tin lẫn nhau ('RMI').

theo nhóm_init
Tính toán căn chỉnh affine ban đầu cho một nhóm hình ảnh đầu vào, có thể được sử dụng làm
đầu vào để đăng ký theo nhóm

theo nhóm_warp
Công cụ này đăng ký đồng thời một tập hợp các hình ảnh đầu vào mà không cần
mẫu, sử dụng thuật toán 'ngưng tụ' hoặc thước đo độ tương tự theo nhóm
dựa trên sự xấp xỉ liên tục của thông tin lẫn nhau ('RMI').

hausdorff
Công cụ này tính toán khoảng cách Hausdorff giữa hai hình ảnh nhãn.

biểu đồ
Tạo biểu đồ cường độ hình ảnh và viết dưới dạng tệp văn bản được phân tách bằng tab vào
đầu ra tiêu chuẩn

phép tưởng tượng
Thực hiện các thao tác trên hình ảnh bằng cách sử dụng ký hiệu hậu tố dựa trên ngăn xếp.

xen kẽ_bad_slices
Công cụ này đọc chuỗi hình ảnh 3D theo thời gian và phát hiện các ngoại lệ.

lặp_shape_averaging

jidb Công cụ này chia hình ảnh đầu vào xen kẽ thành các hình ảnh truyền, đồng đăng ký chúng,
và tái tạo lại hình ảnh đã được hiệu chỉnh chuyển động

mức quy định
Phân đoạn kiểu cấp độ của tiền cảnh/nền sau bằng cách sử dụng phương sai khu vực tối thiểu
năng lượng

lmsba
Công cụ này kết hợp nhiều phân đoạn nhiều lớp từ các phân đoạn được đồng đăng ký và
các tập bản đồ được định dạng lại bằng cách sử dụng tính trung bình dựa trên hình dạng có trọng số cục bộ.

lsba Công cụ này kết hợp nhiều phân đoạn nhị phân từ các phân đoạn được đồng đăng ký và định dạng lại
atlases sử dụng Trung bình dựa trên hình dạng có trọng số cục bộ.

bỏ phiếu
Công cụ này kết hợp nhiều phân đoạn từ các tập bản đồ được đồng đăng ký và định dạng lại
sử dụng bỏ phiếu theo trọng số địa phương.

make_initial_affine
Tính toán phép biến đổi affine ban đầu bằng cách căn chỉnh tâm khối lượng hoặc trục chính

mat2dof
Chuyển ma trận biến đổi sang bậc tự do

cà phê mcaffin
Đăng ký hình ảnh affine đa kênh bằng cách sử dụng dựa trên biểu đồ hoặc hiệp phương sai
các biện pháp entropy chung

mcwarp
Đăng ký hình ảnh B-spline đa kênh không cố định bằng cách sử dụng biểu đồ hoặc
các biện pháp entropy chung dựa trên hiệp phương sai

mk_adni_phantom
Tạo hình ảnh của bóng ma hiệu chuẩn hình ảnh cấu trúc ADNI (hay còn gọi là Magphan
EMR051).

mk_analyze_hdr
Tạo tệp tiêu đề theo định dạng Anazye 7.5 dựa trên các tham số do người dùng cung cấp cho
hình học, kiểu dữ liệu, hướng, v.v.

mk_nifti_hdr
Tạo tệp tiêu đề theo định dạng tệp NIFTI dựa trên các tham số do người dùng cung cấp cho
hình học, kiểu dữ liệu, hướng, v.v.

mk_phantom_3d
Tạo hình ảnh ảo kỹ thuật số 3D bằng cách sử dụng các lệnh vẽ

sinh vật biển
Chương trình này sửa các tạo tác không đồng nhất về cường độ trong ảnh MR bằng cách sử dụng độ lệch
trường được ước tính thông qua việc giảm thiểu entropy.

trùng lặp
Tính toán các biện pháp chồng chéo giữa hai hoặc nhiều hình ảnh

thăm dò
Công cụ này in các giá trị pixel hoặc nhãn tượng trưng tại danh sách hình ảnh do người dùng cung cấp
tọa độ.

pxsearch
Công cụ này đọc tệp hình ảnh cũng như danh sách tọa độ pixel từ tiêu chuẩn
đầu vào. Đối với mỗi pixel, một vùng lân cận cục bộ trong ảnh được tìm kiếm
gia trị lơn nhât. Vị trí tối đa sau đó được ghi vào đầu ra tiêu chuẩn.

định dạng lạix
Công cụ định dạng lại khối lượng mở rộng để tính toán các hình ảnh được định dạng lại và bản đồ Jacobian từ
chuỗi tùy ý của các phép biến đổi nối

đăng ký
Chương trình này thực hiện đăng ký hình ảnh cứng nhắc và liên kết bằng cách sử dụng đa độ phân giải
tối ưu hóa các biện pháp tương tự hình ảnh dựa trên voxel.

đăng kýx
Chương trình này thực hiện đăng ký hình ảnh cứng nhắc và liên kết bằng cách sử dụng đa độ phân giải
tối ưu hóa các biện pháp tương tự hình ảnh dựa trên voxel.

thoái lui
Hồi quy tuyến tính (và đa thức bậc cao hơn) của trường biến dạng và hình ảnh.

định hướng lại
Chuyển đổi giữa các hướng hình ảnh, tức là sắp xếp lại mảng pixel về mặt vật lý và điều chỉnh
thông tin định hướng giải phẫu được lưu trữ

sba Phân đoạn trung bình (trường nhãn) sử dụng Chuyển đổi khoảng cách Euclide. Tất cả
hình ảnh đầu vào phải ở trong cùng một không gian. EDT cũng được tính toán trong không gian này. Nhìn thấy
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 để biết chi tiết về thuật toán cơ bản.

sbai Phân đoạn trung bình (trường nhãn) sử dụng Chuyển đổi khoảng cách Euclide. Cái này
công cụ thực hiện phép nội suy chung và lấy trung bình bằng cách nội suy từ EDT. Cái này
yêu cầu các đầu vào là các phép biến đổi từ cùng một cố định sang (không nhất thiết)
hình ảnh chuyển động khác nhau. Tính toán EDT được thực hiện trong không gian của mỗi hình ảnh chuyển động.
Xem http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 để biết chi tiết về cơ sở
thuật toán.

trình tự
Phân tích chuỗi các giá trị số được đọc từ đầu vào tiêu chuẩn

sự giống nhau
Tính toán các thước đo tương tự như chênh lệch cường độ hoặc sự trùng lặp nhãn giữa
hai hình ảnh.

chia
Chia khối lượng hình ảnh thành các hình ảnh phụ, nghĩa là, để tách các hình ảnh xen kẽ thành các đường chuyền

số liệu thống kê
Tính toán thống kê về cường độ pixel hình ảnh, tức là phương tiện và tiêu chuẩn
độ lệch

luồng_pixel
Công cụ này đọc một hoặc nhiều hình ảnh và ghi tất cả các pixel của chúng vào đầu ra tiêu chuẩn ở dạng
dạng nhị phân. Tùy chọn, mỗi hình ảnh có thể được định hướng lại theo một vị trí giải phẫu cụ thể
định hướng và/hoặc được chuyển đổi sang một kiểu dữ liệu khác. Điều này rất hữu ích cho đường ống
dữ liệu hình ảnh thông qua một đường dẫn, ví dụ: bộ công cụ Camino DTI.

dòngxform
Danh sách tọa độ điểm ở định dạng ASCII được đọc từ đầu vào tiêu chuẩn và người dùng-
áp dụng chuỗi các phép biến đổi tọa độ đã cung cấp (mỗi phép biến đổi tùy chọn đảo ngược)
đối với họ. Các điểm được chuyển đổi sau đó được ghi vào đầu ra tiêu chuẩn.

giao hưởng
Tính toán mặt phẳng đối xứng gần đúng của một hình ảnh để xác định, ví dụ:
mặt phẳng dọc giữa trong hình ảnh não người. Các hình thức đầu ra khác nhau được hỗ trợ,
ví dụ: viết hình ảnh đầu vào với mặt phẳng đối xứng được vẽ vào trong đó hoặc đầu vào
ảnh được sắp xếp lại dọc theo mặt phẳng đối xứng.

giao hưởng
Tính toán mặt phẳng đối xứng gần đúng của một hình ảnh để xác định, ví dụ:
mặt phẳng dọc giữa trong hình ảnh não người. Các hình thức đầu ra khác nhau được hỗ trợ,
ví dụ: viết hình ảnh đầu vào với mặt phẳng đối xứng được vẽ vào trong đó hoặc đầu vào
ảnh được sắp xếp lại dọc theo mặt phẳng đối xứng.

kiểm tra
Kiểm tra pixelwise có ý nghĩa thống kê. Cũng tính toán các mối tương quan và điểm số z

tách ra
Kết hợp các ngăn xếp hình ảnh riêng biệt thành một khối lượng hình ảnh xen kẽ duy nhất

unwarp_image_phantom
Công cụ này tính toán phép biến đổi đa thức hoặc dạng tự do B-spline
biến dạng để làm cong hình ảnh. Việc chuyển đổi dựa trên dự kiến ​​và được phát hiện
các điểm mốc trong hình ảnh của một bóng ma cấu trúc thu được trên cùng một máy quét. Sử dụng
Công cụ ' detect_adni_phantom' để phát hiện các điểm mốc của ADNI Phantom trong hình ảnh và
tạo một tệp mô tả ảo phù hợp để sử dụng với công cụ này.

vol2csv
Công cụ này tính toán thể tích các vùng trong hình ảnh nhãn. Nó tùy ý chấp nhận
bản đồ mật độ (ví dụ: đối với các mô khác nhau) và tính toán và in từng vùng
nội dung cho từng nội dung. Ngoài ra, công cụ có thể chấp nhận bản đồ 'khối lượng pixel' tùy chọn vào tài khoản
đối với các biến thể khối lượng pixel cục bộ, ví dụ: do biến dạng không gian.

khối lượng_injection
Tái tạo khối lượng có độ phân giải cao từ nhiều ổ đĩa được đồng đăng ký (độ phân giải thấp)
hình ảnh sử dụng tính năng tiêm âm lượng chuyển tiếp

tập_tái xây dựng
Tái tạo khối lặp lại từ các hình ảnh được đồng đăng ký bằng cách sử dụng phép nội suy nghịch đảo
hoặc làm mờ khớp

vtkxform
Tệp VTK định dạng ASCII được đọc từ đầu vào chuẩn và tọa độ do người dùng cung cấp
phép biến đổi (đảo ngược tùy ý) được áp dụng cho tọa độ đỉnh. VTK
tập tin với các điểm được chuyển đổi sau đó được ghi vào đầu ra tiêu chuẩn.

làm cong Chương trình này thực hiện đăng ký hình ảnh không cố định bằng cách sử dụng tối ưu hóa đa độ phân giải
các biện pháp đo độ tương tự hình ảnh dựa trên voxel và B-spline đa độ phân giải
mô hình chuyển đổi.

warp2ps
Viết trường biến dạng dưới dạng lưới biến dạng ở định dạng PostScript để trực quan hóa và
minh họa

cong vênh
Chương trình này thực hiện đăng ký hình ảnh không cố định bằng cách sử dụng tối ưu hóa đa độ phân giải
các biện pháp đo độ tương tự hình ảnh dựa trên voxel và B-spline đa độ phân giải
mô hình chuyển đổi.

xform2dfield
Chuyển đổi phép biến đổi tham số cứng hoặc không cứng thành trường biến dạng, lấy mẫu tại
vị trí pixel của một hình ảnh tham chiếu nhất định

xform2itk
Công cụ này chuyển đổi các phép biến đổi tọa độ từ định dạng CMTK sang định dạng ITK và, trong
quá trình này, đồng thời sửa những khác biệt trong quy ước tọa độ hình ảnh

xform2scalar
Công cụ này trích xuất các số đo vô hướng từ các trường biến đổi và biến dạng,
lấy mẫu tại các vị trí lưới và ghi kết quả vào hình ảnh. Ví dụ về hỗ trợ
số đo vô hướng là: x,y,z thành phần của phép biến đổi, độ lớn của
phép biến đổi và định thức Jacobian.

TÁC GIẢ

Torsten Rohlfing, với sự đóng góp của Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B.Russakoff và Yaroslav Halchenko

Sử dụng cmtk trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net