Đây là lệnh correct_abundances có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
true_abundances - chạy bước sửa độ tương đồng về mức độ phong phú của bộ gen
SYNOPSIS
chính xác TÊN
MÔ TẢ
Chạy bước sửa độ tương tự.
Lưu ý: Mặc dù có thể chạy trình ánh xạ đã đọc bằng tay hoặc để tạo ra sự giống nhau
ma trận theo cách thủ công, chúng tôi thực sự khuyên bạn nên sử dụng các tập lệnh Python được cung cấp 'run_mappers.py'
và 'create_similarity_matrix.py'.
LỰA CHỌN
TÊN: Tên tệp của tệp tên; tệp tên văn bản thuần túy phải chứa một tên cho mỗi
hàng. Tên được sử dụng làm định danh trong toàn bộ thuật toán.
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát
-m SMAT, --similarity-ma trận=SMAT
Đường dẫn đến tệp ma trận tương tự. Ma trận tương tự phải được tạo với
Tệp NAMES. [mặc định: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --samfiles=SAM
Mẫu trỏ tới các tệp SAM được tạo bởi trình ánh xạ. Trình giữ chỗ cho tên
là "% s". [mặc định: ./SAM/%s.sam]
-b BỐP, --bootstrap-mẫu=KHỞI ĐỘNG
Đặt số lượng mẫu bootstrap. Sử dụng 1 để tắt bootstrapping [mặc định: 100]
-o NGOÀI, - đầu ra=OUT
Tệp đầu ra văn bản thuần túy chứa các kết quả. [mặc định: ./results.txt]
Sử dụng true_abundances trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
