Đây là phạm vi lệnh
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
Mức độ phủ sóng - đếm mức độ bao phủ của các lần đọc được lập bản đồ tại mỗi vị trí trên toàn bộ
bộ gen tham khảo
MÔ TẢ
coverCount Phiên bản 1.5.0-p1
Chương trình này tính toán phạm vi của các lần đọc được lập bản đồ tại mỗi vị trí trên
bộ gen tham chiếu. Nó tạo ra một tệp nhị phân cho mỗi nhiễm sắc thể bằng cách nối
mức độ bao phủ dưới dạng số nguyên 4 byte.
Sử dụng
coverCount [tùy chọn] -i -o
Các đối số bắt buộc:
-i
Tên của tệp đầu vào ở định dạng SAM hoặc BAM.
-o
Tiền tố của các tệp đầu ra. Mỗi tệp đầu ra chứa các số nguyên XNUMX byte
Các đối số tùy chọn:
--maxMOp Số lượng phép toán 'M' tối đa được phép trong một chuỗi CIGAR.
10 theo mặc định. Cả 'X' và '=' được coi là 'M' và các phép toán 'M' liền kề được
hợp nhất trong chuỗi CIGAR.
coverCount Phiên bản 1.5.0-p1
Chương trình này tính toán phạm vi của các lần đọc được lập bản đồ tại mỗi vị trí trên
bộ gen tham chiếu. Nó tạo ra một tệp nhị phân cho mỗi nhiễm sắc thể bằng cách nối
mức độ bao phủ dưới dạng số nguyên 4 byte.
Sử dụng
coverCount [tùy chọn] -i -o
Các đối số bắt buộc:
-i
Tên của tệp đầu vào ở định dạng SAM hoặc BAM.
-o
Tiền tố của các tệp đầu ra. Mỗi tệp đầu ra chứa các số nguyên XNUMX byte
Các đối số tùy chọn:
--maxMOp Số lượng phép toán 'M' tối đa được phép trong một chuỗi CIGAR.
10 theo mặc định. Cả 'X' và '=' được coi là 'M' và các phép toán 'M' liền kề được
hợp nhất trong chuỗi CIGAR.
Sử dụng tài khoản trực tuyến bằng cách sử dụng các dịch vụ onworks.net
