diffseqe - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

diffseq - So sánh và báo cáo các tính năng của hai chuỗi tương tự

SYNOPSIS

khác biệt -một chu kỳ trình tự -tiếp theo trình tự -Kích thước từ số nguyên
[-các khác biệt sắc tố boolean] -outfile báo cáo -aoutfeat kỳ tích -boutfeat kỳ tích

khác biệt -Cứu giúp

MÔ TẢ

khác biệt là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Alignment: Differences".

LỰA CHỌN

Đầu vào phần
-một chu kỳ trình tự

-tiếp theo trình tự

Yêu cầu phần
-Kích thước từ số nguyên
Các vùng tương tự giữa hai chuỗi được tìm thấy bằng cách tạo một bảng băm của
chuỗi con 'wordsize'd. 10 là một mặc định hợp lý. Làm cho giá trị này lớn hơn (20?)
có thể tăng tốc chương trình một chút, nhưng sẽ có nghĩa là bất kỳ sự khác biệt nào trong
'kích thước từ' của nhau sẽ được nhóm lại thành một vùng khác biệt. Giá trị này
có thể được làm nhỏ hơn (4?) để cải thiện độ phân giải của các khác biệt gần đó, nhưng
chương trình sẽ chậm hơn nhiều. Giá trị mặc định: 10

thêm vào phần
-các khác biệt sắc tố boolean
Thông thường chương trình này sẽ tìm các vùng nhận dạng có độ dài của
kích thước từ được chỉ định hoặc lớn hơn và sau đó sẽ báo cáo các khu vực khác biệt giữa
các vùng phù hợp này. Điều này hoạt động tốt và là điều mà hầu hết mọi người muốn nếu họ
làm việc với các chuỗi axit nucleic dài chồng lên nhau. Bạn thường không quan tâm
ở các đầu không chồng chéo của các chuỗi này. Nếu bạn có chuỗi protein ngắn hoặc
Tuy nhiên, trình tự RNA, bạn sẽ quan tâm đến sự khác biệt ở tận cùng. Nó
tùy chọn này được đặt thành true thì sự khác biệt ở các đầu cuối cũng sẽ được báo cáo.
Giá trị mặc định: N

Đầu ra phần
-outfile báo cáo

-aoutfeat kỳ tích
Tệp cho đầu ra các tính năng của dãy đầu tiên Giá trị mặc định: $ (asequence.name) .diffgff

-boutfeat kỳ tích
Tệp cho đầu ra các tính năng của dãy thứ hai Giá trị mặc định: $ (bsequence.name) .diffgff

Sử dụng diffseqe trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net