Đây là trình gỡ lệnh có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi, chẳng hạn như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
disulfinder - trạng thái liên kết cysteines disulfide và công cụ dự báo kết nối
SYNOPSIS
disulfin [TÙY CHỌN]
MÔ TẢ
'disulfinder' là để dự đoán trạng thái liên kết disulfide của các cysteine và
kết nối disulfide bắt đầu từ trình tự một mình. Cầu disulfua đóng một vai trò quan trọng
trong việc ổn định quá trình gấp nếp đối với một số protein. Dự đoán disulfide
cầu từ trình tự một mình do đó rất hữu ích cho việc nghiên cứu cấu trúc và chức năng
tính chất của các loại protein cụ thể. Ngoài ra, các kiến thức về trạng thái liên kết disunfua
của cysteine có thể giúp ích cho quá trình xác định cấu trúc thí nghiệm và có thể hữu ích
trong các nhiệm vụ chú thích bộ gen khác. 'disulfinder' dự đoán các mẫu disulfide trong hai
các giai đoạn tính toán: (1) trạng thái liên kết disulfua của mỗi cysteine được dự đoán bởi
Bộ phân loại nhị phân BRNN-SVM; (2) các cysteine được biết là tham gia vào quá trình hình thành
các cầu nối được ghép nối bởi Mạng nơron đệ quy để có được một mẫu kết nối.
THAM KHẢO
A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo và P. Frasconi. DISULFIND: Trạng thái liên kết Disulfide
và Máy chủ dự đoán kết nối Cysteine, Nghiên cứu axit hạt nhân, 34 (Máy chủ web
vấn đề): W177-W181, 2006.
Đối với dự đoán kết nối đisunfua, hãy xem:
A. Vullo và P. Frasconi. Dự đoán kết nối Disulfide bằng cách sử dụng Neural Đệ quy
Mạng và Thông tin Tiến hóa, Tin sinh học, 20, 653-659, 2004.
Đối với dự đoán trạng thái liên kết cystein, hãy xem:
P. Frasconi, A. Passerini và A. Vullo. Kiến trúc SVM hai giai đoạn để dự đoán
Trạng thái liên kết disulfide của Cysteine, Proc. Hội thảo IEEE về Mạng thần kinh cho Tín hiệu
Xử lý, tr.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini và A.Vullo. Dự đoán trạng thái liên kết disulfide của
Cysteine với sự kết hợp của các máy nhân, Tạp chí xử lý tín hiệu VLSI, 35,
287-295, 2003.
LỰA CHỌN
-a, --alternatives =CON SỐ
các kiểu kết nối thay thế (mặc định = 3)
-o, --output =DIR
dir đầu ra nơi các dự đoán sẽ được lưu (mặc định = $ PWD)
-p, --psi2 =TẬP TIN | DIR
đầu vào ở định dạng psi2 (Ma trận PSI-BLAST trong ASCII), một tệp duy nhất hoặc một
danh mục(?). Tạo điều này bằng "blastpgp -j -Q FILE "trong đó N> = 2.
-r, --rootdir =DIR
thư mục công việc (mặc định =~ / disulfinder)
-k, --pkgdatadir =DIR
thư mục dữ liệu gói có chứa Mô hình (mặc định =/ usr / share / disulfinder)
-F, --format = {html | ascii}
loại định dạng đầu ra (mặc định = ascii)
-d --blastdb =DIR
tùy chọn blastpgp -d (mặc định = / data / sp + started)
-c, - chiết xuất
dọn dẹp các tệp dự đoán trung gian (mặc định = false)
-P, --usepssm
sử dụng pssm thay vì số lượng cho cấu hình (mặc định = false)
-C, --knownbondingstate
giả sử trạng thái liên kết đã biết (một tệp cho mỗi chuỗi trong thư mục
/ Dự đoán / Bondstate / Viterbi) (mặc định = sai)
-v, --version
phiên bản disulfinder
-?, --Cứu giúp
màn hình trợ giúp
VÍ DỤ
"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir "
Sử dụng disulfinder trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
