fasttreeMP - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

fasttreeMP - tạo cây phát sinh loài từ sự liên kết của trình tự nucleotide hoặc protein
(phiên bản openMP)

MÔ TẢ

fasttreeMP suy ra các cây phát sinh loài có khả năng xảy ra gần như tối đa từ các vị trí của
trình tự nucleotide hoặc protein. Nó xử lý các căn chỉnh với tối đa một triệu chuỗi
trong một khoảng thời gian và bộ nhớ hợp lý.

fasttreeMP chính xác hơn PhyML 3 với cài đặt mặc định và chính xác hơn nhiều
so với các phương pháp ma trận khoảng cách được sử dụng truyền thống cho các liên kết lớn.
fasttreeMP sử dụng mô hình Jukes-Cantor hoặc mô hình đảo ngược thời gian tổng quát (GTR) của nucleotide
sự tiến hóa và mô hình JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) về sự tiến hóa axit amin. Đến
tính đến các tỷ lệ phát triển khác nhau giữa các trang web, fasttreeMP sử dụng một tỷ lệ duy nhất cho
từng trang web (ước lượng "CAT"). Để nhanh chóng ước tính độ tin cậy của từng phần trong
cây, fasttreeMP tính toán các giá trị hỗ trợ cục bộ với kiểm tra Shimodaira-Hasegawa
(những thứ này giống như "SH-like local support" của PhyML 3).

SYNOPSIS

cây nhanhMP protein_căn chỉnh > cây

cây nhanhMP -nt nucleotide_alignment> cây

cây nhanhMP -nt -gtr cây <nucleotide_alignment>

fasttreeMP chấp nhận căn chỉnh ở các định dạng xen kẽ fasta hoặc phylip

Chung lựa chọn (cần phải be trước các liên kết tập tin):
-Yên lặng để ngăn chặn thông tin báo cáo

-nốp để ngăn chặn chỉ báo tiến độ

-log tệp nhật ký -- lưu cây trung gian, cài đặt và chi tiết mô hình

-nhanh nhất -- tăng tốc giai đoạn tham gia hàng xóm và giảm mức sử dụng bộ nhớ

(được khuyến nghị cho> 50,000 chuỗi)

-n để phân tích nhiều liên kết (chỉ định dạng phylip)

(sử dụng cho bootstrap toàn cầu, với seqboot và CompareToBootstrap.pl)

-không có hỗ trợ để không tính toán các giá trị hỗ trợ

-năm newick_file để đặt (các) cây bắt đầu

-intree1 newick_file để sử dụng cây bắt đầu này cho tất cả các căn chỉnh

(để khởi động toàn cầu nhanh hơn trên các căn chỉnh lớn)

-giả để sử dụng số lượng giả (được khuyến nghị cho các trình tự có nhiều khoảng trống)

-gtr -- mô hình đảo ngược thời gian tổng quát (chỉ liên kết nucleotide)

-hay bông lơn -- Whelan-And-Goldman 2001 mô hình (chỉ liên kết axit amin)

-trích dẫn -- cho phép khoảng trắng và các ký tự bị hạn chế khác (nhưng không phải ký tự ') trong

tên trình tự và tên trích dẫn trong cây đầu ra (chỉ đầu vào fasta; fasttreeMP
sẽ không thể đọc lại những cây này trong

- danh nghĩa để tắt khả năng tối đa

-không phải tôi để tắt NNI và SPR tiến hóa tối thiểu

(được khuyến nghị nếu chạy ML NNI bổ sung với -năm)

-không phải tôi -mllen với -năm để tối ưu hóa độ dài nhánh cho một cấu trúc liên kết cố định

-con mèo # để chỉ định số loại tỷ lệ của các trang web (mặc định là 20)

or -nocat sử dụng tỷ giá cố định

-gamma -- sau khi tối ưu hóa cây theo xấp xỉ CAT,

bán lại tỷ lệ độ dài để tối ưu hóa khả năng xảy ra Gamma20

-hạn chế bindAlignment để ràng buộc tìm kiếm cấu trúc liên kết

ràng buộc phải có 1s hoặc 0s để chỉ ra sự phân chia

-thạo -- xem thêm các tùy chọn

Chi tiết sử dụng cho cây nhanhMP 2.1.4 SSE3:
fasttreeMP [-nt] [-n 100] [-quote] [-pseudo | -giả 1.0]

[-khởi động 1000 | -không có hỗ trợ] [-ntree start_trees_file | -intree1
start_tree_file] [-quiet | -nopr] [-nni 10] [-spr 2] [-noml | -mllen | -mnnni
10] [-mlac 2] [-cat 20 | -nocat] [-gamma] [-chậm | -nhanh nhất] [-thứ 2 | -số 2]
[-slownni] [-seed 1253] [-top | -notop] [-topm 1.0 [-close 0.75] [-refresh 0.8]]
[Ma trận -matrix | -nomatrix] [-nj| -bionj] [-wag] [-nt] [-gtr] [-gtrrates ac at
cg ct gt] [-gtrfreq ACGT] [ -hạn chế ràng buộcAlignment [ -constraintTrọng lượng
100.0]] [-log logfile]

[alignment_file]

> newick_tree

or

fasttreeMP [-nt] [Ma trận -matrix | -nomatrix] [-rawdist] -makematrix [căn chỉnh]

[-n 100]> phylip_distance_matrix

fasttreeMP hỗ trợ căn chỉnh xen kẽ fasta hoặc phylip Theo mặc định fasttreeMP
mong đợi sự liên kết protein, sử dụng -nt đối với nucleotide fasttreeMP đọc tiêu chuẩn
đầu vào nếu không có tệp căn chỉnh nào được cung cấp

Đầu ra đầu vào lựa chọn:
-n -- đọc nhiều căn chỉnh trong. Chỉ này

hoạt động với định dạng xen kẽ phylip. Ví dụ, bạn có thể sử dụng nó với đầu ra
từ seqboot của phylip. Nếu bạn dùng -n, fasttreeMP sẽ ghi 1 cây trên mỗi dòng vào
đầu ra tiêu chuẩn.

-năm tập tin mới -- đọc cây bắt đầu từ newickfile.

Bất kỳ độ dài nhánh nào trong các cây bắt đầu đều bị bỏ qua.

-năm với -n sẽ đọc một cây bắt đầu riêng biệt cho mỗi căn chỉnh.

-intree1 tập tin mới -- đọc cùng một cây bắt đầu cho mỗi căn chỉnh

-Yên lặng -- không ghi vào lỗi tiêu chuẩn trong quá trình hoạt động bình thường (không có tiến trình

chỉ báo, không có tóm tắt tùy chọn, không có giá trị khả năng xảy ra, v.v.)

-nốp -- không viết chỉ báo tiến trình vào stderr

-log tệp nhật ký -- lưu cây trung gian để bạn có thể trích xuất

cây cối và bắt đầu lại các công việc lâu dài nếu chúng bị hỏng -log cũng báo cáo
tỷ lệ trên mỗi trang web (1 có nghĩa là danh mục chậm nhất)

-trích dẫn -- trích dẫn tên trình tự trong đầu ra và cho phép dấu cách, dấu phẩy,

dấu ngoặc đơn và dấu hai chấm trong chúng chứ không phải 'ký tự (chỉ tệp fasta)

Khoảng cách:
Mặc định: Đối với trình tự protein, khoảng cách được hiệu chỉnh bằng nhật ký và một

ma trận khác biệt axit amin có nguồn gốc từ BLOSUM45

hoặc đối với trình tự nucleotide, khoảng cách Jukes-Cantor Để chỉ định một ma trận khác,
sử dụng -ma trận FilePrefix hoặc -nomatrix Sử dụng -nhà dâm ô để tắt chỉnh sửa nhật ký hoặc
để sử dụng% khác nhau thay vì Jukes-Cantor

-giả [cân nặng] -- Sử dụng số lượng giả để ước tính khoảng cách giữa các

trình tự có ít hoặc không có chồng chéo. (Tắt theo mặc định.) Được đề xuất nếu phân tích
sự liên kết có các trình tự có ít hoặc không có sự chồng chéo. Nếu trọng lượng không được chỉ định,
nó là 1.0

topology sàng lọc:
Theo mặc định, fasttreeMP cố gắng cải thiện cây với tối đa 4 * log2 (N) vòng
các nút giao hàng xóm gần nhất tiến hóa tối thiểu (NNI), trong đó N là số
trình tự độc đáo, 2 vòng di chuyển giữa cây con-sơ-ri (SPR) (cũng tối thiểu. evo.),
và tối đa 2 * log (N) vòng NNI có khả năng xảy ra tối đa. Sử dụng -nni để đặt số
trong tổng số các vòng min. evo. NNI và -spr để đặt các vòng SPR. Sử dụng - danh nghĩa biến
tắt cả NNI min-evo và SPR (hữu ích nếu tinh chỉnh

một cây khả năng xảy ra gần như tối đa với các NNI khác)

Sử dụng -sprlength đặt độ dài tối đa của một lần di chuyển SPR (mặc định là 10) -mnnni để thiết lập
số vòng sử dụng NNI có khả năng tối đa -mlacc 2 hoặc -mlacc 3 luôn
tối ưu hóa tất cả 5 nhánh ở mỗi NNI,

và để tối ưu hóa tất cả 5 nhánh trong 2 hoặc 3 vòng

Sử dụng -mllen để tối ưu hóa độ dài nhánh mà không sử dụng ML NNIs -mllen -không phải tôi với -năm
để tối ưu hóa độ dài nhánh trên một cấu trúc liên kết cố định Sử dụng -slownni để tắt heuristics
để tránh các cây con không đổi (ảnh hưởng đến cả hai

ML và ME NNI)

tối đa khả năng kiểu mẫu lựa chọn:
-hay bông lơn -- Mô hình Whelan-And-Goldman 2001 thay vì (mặc định) mô hình Jones-Taylor-Thorton 1992
(aa only)

-gtr -- có thể đảo ngược thời gian tổng quát thay vì (mặc định) Jukes-Cantor (chỉ nt)

-con mèo # -- chỉ định số loại tỷ lệ của các trang web (mặc định là 20)

-nocat -- không có mô hình CAT (chỉ 1 loại)

-gamma -- sau vòng cuối cùng của việc tối ưu hóa độ dài nhánh với mô hình CAT,

báo cáo khả năng xảy ra theo mô hình gamma rời rạc với cùng một số
Thể loại. fasttreeMP sử dụng cùng độ dài nhánh nhưng tối ưu hóa hình dạng gamma
tham số và tỷ lệ độ dài. Cây cuối cùng sẽ có độ dài được thay đổi tỷ lệ.
Được sử dụng với -log, điều này cũng tạo ra khả năng sử dụng trên mỗi trang web với CONSEL, hãy xem
GammaLogToPaup.pl và tài liệu trên trang web fasttreeMP.

cá nhân hóa giá trị lựa chọn:
Theo mặc định, fasttreeMP tính toán các giá trị hỗ trợ cục bộ bằng cách lấy mẫu lại trang web
khả năng xảy ra 1,000 lần và thử nghiệm Shimodaira Hasegawa. Nếu bạn chỉ định -không phải tôi, Nó
thay vào đó sẽ tính toán các hỗ trợ bootstrap tiến hóa tối thiểu Trong cả hai trường hợp,
giá trị hỗ trợ là tỷ lệ khác nhau, từ 0 đến 1

Sử dụng -không có hỗ trợ để tắt các giá trị hỗ trợ hoặc -khởi động 100 để chỉ sử dụng 100 mẫu
Sử dụng -hạt giống để khởi tạo trình tạo số ngẫu nhiên

Tìm kiếm cho các tốt tham gia:
Theo mặc định, fasttreeMP kết hợp 'tập hợp hiển thị' của việc tham gia hàng xóm nhanh chóng với

leo đồi địa phương như trong gia nhập hàng xóm thoải mái

-chậm -- tìm kiếm toàn diện (như NJ hoặc BIONJ, nhưng xử lý khoảng cách khác nhau)

-chậm mất nửa giờ thay vì 8 giây cho 1,250 protein

-nhanh nhất -- chỉ tìm kiếm tập hợp hiển thị (lượt truy cập hàng đầu cho mỗi nút)

Không giống như cách gia nhập hàng xóm nhanh chóng ban đầu, -nhanh nhất cập nhật hiển thị (C) sau
tham gia A và B nếu tham gia (AB, C) tốt hơn tham gia (C, hiển thị (C)) -nhanh nhất Ngoài ra
cập nhật khoảng cách xa một cách rất lười biếng, -nhanh nhất bộ -lần 2 trên nữa, sử dụng
-nhanh nhất -không thứ 2 để tránh điều này

Hit hàng đầu kinh nghiệm:
Theo mặc định, fasttreeMP sử dụng danh sách phổ biến nhất để tăng tốc độ tìm kiếm Sử dụng -notop (Hoặc -chậm)
để tắt tính năng này

và so sánh tất cả các lá với nhau và tất cả các nút mới tham gia với nhau

-topm 1.0 -- đặt kích thước danh sách lượt truy cập hàng đầu thành tham số * sqrt (N)

fasttreeMP ước tính m lượt truy cập hàng đầu của một lá từ 2 * m lượt truy cập hàng đầu của một 'chốt'
láng giềng, trong đó đóng được định nghĩa là d (hạt giống, đóng) <0.75 * d (hạt giống, lượt truy cập của thứ hạng
2 * m), và cập nhật các bản hit hàng đầu khi quá trình tham gia tiếp tục

-close 0.75 -- sửa đổi heuristic gần, thấp hơn là bảo thủ hơn

-Làm tươi 0.8 -- so sánh một nút đã tham gia với tất cả các nút khác nếu

danh sách lượt truy cập ít hơn 80% độ dài mong muốn hoặc nếu tuổi của lượt truy cập hàng đầu
danh sách là nhật ký2(m) trở lên

-lần 2 or -không thứ 2 để bật hoặc tắt các lượt truy cập hàng đầu cấp 2

Điều này làm giảm việc sử dụng bộ nhớ và thời gian chạy nhưng có thể dẫn đến giảm nhẹ
chất lượng cây. (Theo mặc định, -nhanh nhất bật lên -lần 2.)

Tham gia lựa chọn:
-nj: tham gia hàng xóm thông thường (không trọng số) (mặc định)

-bionj: tham gia có trọng số như trong BIONJ

fasttreeMP cũng sẽ tham gia trọng số trong NNIs

Bị ràng buộc cấu trúc liên kết Tìm kiếm lựa chọn:
-hạn chế căn chỉnh -- căn chỉnh với các giá trị 0, 1 và -

Không phải tất cả các trình tự đều cần có mặt. Một cột 0 và 1 xác định một giới hạn
tách ra. Một số ràng buộc có thể bị vi phạm (xem 'vi phạm các ràng buộc:' trong tiêu chuẩn
lỗi).

-constraintTrọng lượng -- sức nặng của các ràng buộc như thế nào. Giá trị 1

nghĩa là một hình phạt bằng 1 chiều dài cây vì vi phạm một ràng buộc Mặc định: 100.0

Để biết thêm thông tin, xem http://www.microbesonline.org/fasttree/

hoặc các nhận xét trong mã nguồn

fasttreeMP protein_alignment> cây fasttreeMP -nt nucleotide_alignment> cây
cây nhanhMP -nt -gtr cây <nucleotide_alignment>

fasttreeMP chấp nhận căn chỉnh ở các định dạng xen kẽ fasta hoặc phylip

Chung lựa chọn (cần phải be trước các liên kết tập tin):
-Yên lặng để ngăn chặn thông tin báo cáo

-nốp để ngăn chặn chỉ báo tiến độ

-log tệp nhật ký -- lưu cây trung gian, cài đặt và chi tiết mô hình

-nhanh nhất -- tăng tốc giai đoạn tham gia hàng xóm và giảm mức sử dụng bộ nhớ

(được khuyến nghị cho> 50,000 chuỗi)

-n để phân tích nhiều liên kết (chỉ định dạng phylip)

(sử dụng cho bootstrap toàn cầu, với seqboot và CompareToBootstrap.pl)

-không có hỗ trợ để không tính toán các giá trị hỗ trợ

-năm newick_file để đặt (các) cây bắt đầu

-intree1 newick_file để sử dụng cây bắt đầu này cho tất cả các căn chỉnh

(để khởi động toàn cầu nhanh hơn trên các căn chỉnh lớn)

-giả để sử dụng số lượng giả (được khuyến nghị cho các trình tự có nhiều khoảng trống)

-gtr -- mô hình đảo ngược thời gian tổng quát (chỉ liên kết nucleotide)

-hay bông lơn -- Whelan-And-Goldman 2001 mô hình (chỉ liên kết axit amin)

-trích dẫn -- cho phép khoảng trắng và các ký tự bị hạn chế khác (nhưng không phải ký tự ') trong

tên trình tự và tên trích dẫn trong cây đầu ra (chỉ đầu vào fasta; fasttreeMP
sẽ không thể đọc lại những cây này trong

- danh nghĩa để tắt khả năng tối đa

-không phải tôi để tắt NNI và SPR tiến hóa tối thiểu

(được khuyến nghị nếu chạy ML NNI bổ sung với -năm)

-không phải tôi -mllen với -năm để tối ưu hóa độ dài nhánh cho một cấu trúc liên kết cố định

-con mèo # để chỉ định số loại tỷ lệ của các trang web (mặc định là 20)

or -nocat sử dụng tỷ giá cố định

-gamma -- sau khi tối ưu hóa cây theo xấp xỉ CAT,

bán lại tỷ lệ độ dài để tối ưu hóa khả năng xảy ra Gamma20

-hạn chế bindAlignment để ràng buộc tìm kiếm cấu trúc liên kết

ràng buộc phải có 1s hoặc 0s để chỉ ra sự phân chia

-thạo -- xem thêm các tùy chọn

Để biết thêm thông tin, xem http://www.microbesonline.org/fasttree/

Sử dụng fasttreeMP trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net