FCluster - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

AmpliconNoise - loại bỏ nhiễu khỏi dữ liệu trình tự nucleotide thông lượng cao

PHIÊN BẢN

Tài liệu này đề cập đến phiên bản 1.22

SYNOPSIS

Xem /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz để biết chi tiết về cách chạy.

MÔ TẢ

Các công cụ sau đây được bao gồm. Ví dụ, hầu hết chúng đều có MPI tương đương
SeqNoise có SeqNoiseM tương đương có thể được sử dụng với mpirun.

FastaDuy nhất - bỏ trùng lặp tệp fasta
-tên tệp đầu vào chuỗi trong
Tùy chọn:

Fcluster
-in chuỗi khoảng cách tên tệp đầu vào
-out chuỗi đầu ra tệp sơ khai
Tùy chọn:
-r độ phân giải
-một liên kết trung bình
-w sử dụng tạ
-i đọc số nhận dạng
-s thang đo dist.

NDist - ma trận khoảng cách trình tự Needleman-Wunsch theo cặp từ một tệp fasta
-in chuỗi fata tên tệp
Tùy chọn:
-i số nhận dạng đầu ra

cá tính - giết quái vật
-sin chuỗi seq tên tệp
Tùy chọn:
-tin chuỗi tham chiếu chuỗi tệp
-a căn chỉnh đầu ra
-d sử dụng mất cân bằng
-rin string tra cứu tên tệp

PyroDist - ma trận khoảng cách theo cặp từ lưu đồ
-tên tệp dòng chảy trong chuỗi
-out sơ khai tệp sơ khai
Tùy chọn:
-ni không có chỉ mục trong tệp dữ liệu
-rin string tra cứu tên tệp

Tiếng ồn kim loại - cụm lưu đồ không có căn chỉnh
tên tệp luồng -din chuỗi
-out tên tập tin đầu vào cụm chuỗi
-lin chuỗi danh sách tệp
Tùy chọn:
-v dài dòng
-c gấp đôi lần cắt ban đầu
-ni không có chỉ mục trong tệp dữ liệu
-s độ chính xác gấp đôi
-rin tệp tra cứu tên tệp

SeqDist - ma trận khoảng cách theo cặp từ tệp fasta
-in chuỗi fasta tên tệp
Tùy chọn:
-i số nhận dạng đầu ra
-rin string tra cứu tên tệp

Thứ tự tiếng ồn - trình tự cụm
-tên tệp trình tự chuỗi trong chuỗi
-din chuỗi khoảng cách tên tệp ma trận
-out tên tập tin đầu vào cụm chuỗi
-lin chuỗi danh sách tệp
Tùy chọn:
-min bản đồ tệp
-v dài dòng
-c gấp đôi lần cắt ban đầu
-s độ chính xác gấp đôi
-rin string tra cứu tên tệp

ChiaCụmChẵn
-din chuỗi dữ liệu tên tệp
-min string map tên tệp
-tin string tree tên tệp
-s phân chia kích thước
-m kích thước tối thiểu

Sử dụng FCluster trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net