featureCounts - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

featureCounts - một chương trình tóm tắt đọc chính xác và hiệu quả cao

SỬ DỤNG

tính năng [tùy chọn] -a -o input_file1 [input_file2]
hữu ích. Cảm ơn !

Các đối số bắt buộc:

-a
Tên của tệp chú thích. Định dạng GTF theo mặc định. Nhìn thấy -F tùy chọn cho nhiều định dạng hơn.

-o
Tên của tệp đầu ra bao gồm số lần đọc. Một tệp riêng bao gồm tóm tắt
thống kê kết quả đếm cũng được đưa vào đầu ra (` .tóm lược')

tập tin đầu vào
Danh sách các tệp đầu vào ở định dạng BAM hoặc SAM. Người dùng không cần chỉ định nó là BAM hay
ĐÃ NGỒI.

Các đối số tùy chọn:

-A
Tên của tệp được phân tách bằng dấu phẩy bao gồm tên bí danh nhiễm sắc thể được sử dụng để đối sánh
tên nhiễm sắc thể được sử dụng trong chú thích với những tên được sử dụng trong đầu vào BAM / SAM, nếu chúng
khác nhau. Xem Hướng dẫn sử dụng để biết định dạng tệp.

-F
Chỉ định định dạng của tệp chú thích được cung cấp. Các định dạng được chấp nhận bao gồm `` GTF '' và
'SAF'. `GTF 'theo mặc định. Xem Hướng dẫn sử dụng để biết mô tả về định dạng SAF.

-t
Chỉ định loại tính năng trong chú thích GTF. `exon 'theo mặc định. Các tính năng được sử dụng để đọc
đếm sẽ được trích xuất từ ​​chú thích bằng cách sử dụng giá trị được cung cấp.

-g
Chỉ định loại thuộc tính trong chú thích GTF. `gene_id 'theo mặc định. Meta-tính năng được sử dụng
để đếm số lần đọc sẽ được trích xuất từ ​​chú thích bằng cách sử dụng giá trị được cung cấp.

-f Thực hiện đếm số lần đọc ở cấp tính năng (ví dụ: đếm số lần đọc cho exon thay vì
gen).

-O Chỉ định lần đọc cho tất cả các siêu tính năng chồng chéo của chúng (hoặc các tính năng nếu -f is
được chỉ định).

-s
Thực hiện đếm số đọc cụ thể của từng sợi. Các giá trị có thể có: 0 (không liên kết), 1
(mắc cạn) và 2 (mắc lại). 0 theo mặc định.

-M Số lần đọc nhiều ánh xạ cũng sẽ được tính. Đối với đọc nhiều ánh xạ, tất cả được báo cáo
sự liên kết sẽ được tính. Thẻ `NH 'trong đầu vào BAM / SAM được sử dụng để phát hiện
đọc nhiều ánh xạ.

-Q
Điểm chất lượng ánh xạ tối thiểu mà một bài đọc phải đáp ứng để được tính. Vì
các lần đọc kết thúc được ghép nối, ít nhất một đầu phải đáp ứng tiêu chí này. 0 theo mặc định.

-T
Số lượng các chủ đề. 1 theo mặc định.

-v Phiên bản đầu ra của chương trình.

-J Đếm số lần đọc hỗ trợ mỗi điểm nối exon-exon. Các đường giao nhau là
được xác định từ các lần đọc exon-spanning đó trong đầu vào (chứa 'N' trong CIGAR
dây). Kết quả đếm được lưu vào một tệp có tên ' .jcounts '

-G
Tệp Fasta chứa bộ gen tham chiếu được sử dụng để tạo SAM đầu vào hoặc
Tệp BAM. Đối số này chỉ cần thiết khi thực hiện đếm đường giao nhau.

-R Đưa ra kết quả phân công chi tiết cho mỗi lần đọc. Một tệp văn bản sẽ được tạo cho
mỗi tệp đầu vào, bao gồm tên của lần đọc và siêu tính năng / tính năng được đọc là
phân công. Xem Hướng dẫn sử dụng để biết thêm chi tiết.

--lớn nhấtChồng chéo
Gán các lần đọc cho một siêu tính năng / tính năng có số lượng chồng chéo lớn nhất
các căn cứ.

--minChồng chéo
Chỉ định số lượng cơ sở chồng chéo tối thiểu cần thiết giữa một lần đọc và một
meta-feature / feature mà bài đọc được gán cho. 1 theo mặc định.

--read2pos <5: 3>
Giảm số lần đọc xuống còn 5 'cơ bản nhất hoặc 3' cơ bản nhất. Đọc đếm sau đó được thực hiện
dựa trên cơ sở duy nhất, số đọc được giảm xuống.

--readExtension5 Số lần đọc được mở rộng ngược dòng bởi cơ sở từ họ
5 'kết thúc.

--readExtension3 Số lần đọc được mở rộng ngược dòng bởi cơ sở từ họ
3 'kết thúc.

- phân số
Sử dụng số phân số 1 / n, thay vì số 1 (một), cho mỗi căn chỉnh được báo cáo
của một đa ánh xạ đọc trong số lần đọc. n là tổng số căn chỉnh được báo cáo
để đọc nhiều ánh xạ. Tùy chọn này phải được sử dụng cùng với tùy chọn '-M'.

--sơ cấp
Chỉ đếm các căn chỉnh chính. Căn chỉnh chính được xác định bằng cách sử dụng bit 0x100 trong
Lĩnh vực CỜ SAM / BAM.

--bỏ quaDup
Bỏ qua các lần đọc trùng lặp trong số lần đọc. Các lần đọc trùng lặp được xác định bằng cách sử dụng bit
Ox400 trong lĩnh vực CỜ BAM / SAM. Toàn bộ cặp đã đọc bị bỏ qua nếu một trong các lần đọc là
một lần đọc trùng lặp cho dữ liệu cuối được ghép nối.

--countSplitAlignmentsOnly Chỉ đếm các căn chỉnh đã tách (tức là căn chỉnh với
Chuỗi CIGAR chứa `N '). Một ví dụ về căn chỉnh phân chia là các lần đọc ngoài thời gian kéo dài
trong dữ liệu RNA-seq.

-p Đếm các đoạn (đọc các cặp) thay vì các lần đọc riêng lẻ. Đối với mỗi cặp đọc,
hai lần đọc phải liền kề nhau trong đầu vào BAM / SAM.

-P Kiểm tra tính hợp lệ của khoảng cách đầu cuối được ghép nối khi đếm các cặp đã đọc. Sử dụng -d và -D đến
đặt ngưỡng.

-d
Độ dài phân mảnh / mẫu tối thiểu, 50 theo mặc định.

-D
Độ dài phân mảnh / mẫu tối đa, 600 theo mặc định.

-B Đếm các cặp đã đọc chỉ được căn chỉnh thành công.

-S
Chỉ định hướng của hai lần đọc từ cùng một cặp, 'fr' theo mặc định
(tiến / lùi).

-C Không đếm các cặp đọc có hai đầu của chúng ánh xạ đến các nhiễm sắc thể khác nhau
hoặc ánh xạ vào cùng một nhiễm sắc thể nhưng trên các sợi khác nhau.

--donotsort
Không sắp xếp các lần đọc trong đầu vào BAM / SAM. Lưu ý rằng bắt buộc phải đọc từ cùng một cặp
được đặt cạnh nhau trong đầu vào.

--maxMOp
Số lượng phép toán 'M' tối đa được phép trong một chuỗi CIGAR. 10 theo mặc định. Cả hai
'X' và '=' được coi là 'M' và các phép toán 'M' liền kề được hợp nhất trong CIGAR
chuỗi.

Sử dụng tính năng Tài khoản trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net