cáo - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

cáo - xác định cấu trúc ab-Initio từ dữ liệu nhiễu xạ

SYNOPSIS

fox [lựa chọn] [tệp.xml]

MÔ TẢ

Sản phẩm fox Chương trình (Free Objects for Crystallography) được tạo ra cho tinh thể ab Initio
giải pháp cấu trúc từ dữ liệu nhiễu xạ. Các tính năng thú vị nhất của nó cho ab Initio
xác định cấu trúc là:

* mô tả linh hoạt của các nội dung tinh thể;

* tự động hiệu chỉnh cho các vị trí đặc biệt và các nguyên tử được chia sẻ giữa các khối đa diện;

* khả năng sử dụng đồng thời nhiều mẫu bột;

* các thuật toán tối ưu hóa toàn cầu thông minh;

* giao diện đồ họa với chế độ xem cấu trúc tinh thể 3D và cập nhật trực tiếp trong
quá trình tối ưu hóa.

LỰA CHỌN

Chương trình này của tôi được thực thi có hoặc không có tùy chọn dòng lệnh hoặc tệp đầu vào (file.xml).
Nó tuân theo cú pháp dòng lệnh GNU thông thường, với các tùy chọn dài bắt đầu bằng hai dấu gạch ngang
(`- '). Dưới đây là một bản tóm tắt các tùy chọn. Để có mô tả đầy đủ, hãy xem con cáo
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--Cứu giúp Hiển thị tóm tắt các tùy chọn.

--loadfouriergrd bản đồ.grd
Tải và hiển thị bản đồ fourier 'map.grd' với cấu trúc tinh thể (đầu tiên)

--loadfourierdsn6 bản đồ.DN6
Tải và hiển thị bản đồ fourier DSN6 với cấu trúc tinh thể (đầu tiên)

--nogui
Chạy mà không cần GUI, tự động khởi chạy tối ưu hóa --nogui có thể đi kèm với
các tùy chọn sau:

-n 10000
Chạy tối đa 10000 lần dùng thử (mặc định: 1000000)

--nbrun 5
Thực hiện 5 lần chạy, ngẫu nhiên trước mỗi lần chạy (mặc định: 1), sử dụng -1 để chạy vô thời hạn

-o ra.xml
Đầu ra trong 'out.xml'

--ngẫu nhiên
Ngẫu nhiên hóa cấu hình ban đầu

--im lặng
Sản xuất (hầu như) không có đầu ra văn bản

- chi phí cuối cùng 0.15
Chạy tối ưu hóa cho đến khi chi phí <0.15

--cif2potype 1.5406 170 5000 .1
Mô phỏng mẫu cho tinh thể đầu vào, bước sóng = 1.5406 lên đến 170 ° với 500 điểm
và chiều rộng đỉnh 0.1 °

VÍ DỤ

Fox silicon.xml
Tải tệp 'silicon.xml' và khởi chạy GUI.

Fox Cimetidine-bột.xml --nogui --ngẫu nhiên -n 1000000 -o tốt nhất.xml
Tải tệp 'ktartrate.xml', ngẫu nhiên hóa, sau đó thực hiện 1 tối ưu hóa trong số 1 triệu lượt thử,
và lưu cấu trúc tốt nhất trong 'best.xml'.

Fox Cimetidine-bột.xml --nogui --ngẫu nhiên -n 10000000 --nbrun 10 -o tốt nhất.xml
Tải tệp 'Cimetidine-powder.xml', sau đó thực hiện 10 lần chạy (bắt đầu từ ngẫu nhiên
cấu trúc) của 10 triệu lần thử nghiệm (mỗi lần chạy lưu một tệp xml) và lưu tệp tốt nhất
cấu trúc trong 'best.xml'.

Fox Cimetidine-bột.xml --nogui --im lặng --ngẫu nhiên -n 10000000 --nbrun 10 - chi phí cuối cùng
200000 -o tốt nhất.xml
Tải tệp 'Cimetidine-powder.xml', sau đó thực hiện 10 lần chạy im lặng trong số 10 triệu lần thử nghiệm
(mỗi lần chạy lưu một tệp xml) và lưu cấu trúc tốt nhất trong 'best.xml'. Cho mỗi
chạy, việc tối ưu hóa sẽ dừng lại nếu chi phí xuống dưới 200000.

Sử dụng fox trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net