frendp - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

frend.pl - Hiển thị Tệp Tính năng Sinh học :: Đồ họa trên web

SYNOPSIS

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

MÔ TẢ

Tập lệnh frend.pl là một giao diện người dùng mỏng xung quanh mô-đun Bio :: Graphics. Nó chấp nhận một
danh sách các tệp chứa tọa độ đặc điểm trình tự (protein, nucleotide) từ
(các) tệp được liệt kê trên dòng lệnh hoặc trên đầu vào chuẩn, hiển thị chúng và tạo PNG
tập tin trên đầu ra tiêu chuẩn.

LẮP ĐẶT

Sao chép tập lệnh này vào thư mục cgi-bin của trang web của bạn. Đặt tên cho nó bất cứ điều gì bạn muốn.

Đặc tính Các tập tin Định dạng

Tập lệnh này chấp nhận và xử lý các chú thích theo trình tự ở định dạng được phân cách bằng tab đơn giản hoặc
ở định dạng GFF.

Định dạng tệp đặc trưng có phần cấu hình và phần dữ liệu. Cấu hình
phần thiết lập kích thước và thuộc tính tổng thể của hình ảnh và phần dữ liệu cung cấp
dữ liệu tính năng của chính nó.

Cấu hình Phần
Nếu không được cung cấp, tập lệnh này sẽ tạo một phần cấu hình mặc định hợp lý cho
bạn, vì vậy bạn không cần cung cấp phần cấu hình để có được hình ảnh hợp lý.
Tuy nhiên, để điều chỉnh sự xuất hiện của hình ảnh, bạn có thể sẽ muốn điều chỉnh
cấu hình. Đây là một đoạn trích từ phần cấu hình:

# tệp ví dụ
[Tổng quan]
bazơ = -1000..21000
chiều cao = 12

[EST]
glyph = phân đoạn
bgcolor = vàng
đầu nối = rắn
chiều cao = 5

[FGENES]
glyph = bảng điểm2
bgcolor = xanh lục
mô tả = 1

Phần cấu hình được chia thành một tập hợp các phần, mỗi phần được gắn nhãn
[tiêu đề phần]. Phần [chung] chỉ định các tùy chọn chung cho toàn bộ hình ảnh.
Các phần khác áp dụng cho các loại tính năng cụ thể. Trong ví dụ trên, cấu hình
trong phần [EST] áp dụng cho các tính năng được gắn nhãn là EST, trong khi cấu hình trong
Phần [FGENES] áp dụng cho các tính năng được gắn nhãn là dự đoán từ gen FGENES
chương trình dự đoán.

Bên trong mỗi phần là một loạt các cặp tên = giá trị, trong đó tên là tên của một
tùy chọn để thiết lập. Bạn có thể đặt khoảng trắng xung quanh dấu = để làm cho nó dễ đọc hơn hoặc thậm chí
sử dụng dấu hai chấm (:) nếu bạn thích. Các tên tùy chọn sau được công nhận:

Ví dụ về giá trị tùy chọn
------ ----- -------

cơ sở Tối thiểu & tối đa của dải trình tự (bp) 1200..60000
chiều rộng chiều rộng của hình ảnh (pixel) 600
chiều cao Chiều cao của mỗi phần tử đồ họa (pixel) 10
Kiểu glyph của mỗi phần tử đồ họa (xem bên dưới) bản ghi
fgcolor Màu nền trước của mỗi phần tử màu vàng
bgcolor Màu nền của mỗi phần tử là xanh lam
line width Chiều rộng của các dòng 3
nhãn In tên của đối tượng địa lý 1
mô tả Có in mô tả của đối tượng địa lý 0 không
va chạm Các phần tử không được phép va chạm 1
tích tắc In dấu tích trên các mũi tên 1
đầu nối Loại đầu nối nhóm (gạch ngang, mũ hoặc rắn) gạch ngang

Các tùy chọn "cơ sở" và "chiều rộng" chỉ có liên quan trong phần [chung]. họ đang
bị ghi đè bởi các tùy chọn dòng lệnh giống như tên.

Phần còn lại của các tùy chọn có thể nằm trong bất kỳ phần nào, nhưng nếu có trong
Phần [chung] sẽ đặt giá trị mặc định cho các phần khác.

Màu sắc là tên màu bằng tiếng Anh hoặc màu #RRGGBB kiểu web (xem sách về HTML
để được giải thích). Giá trị True / false là 1 cho true và 0 cho false. Dải số có thể
được thể hiện theo kiểu start..end với hai dấu chấm hoặc ở dạng start-end với dấu gạch ngang.

Tùy chọn "glyph" kiểm soát cách các tính năng được hiển thị. Các glyph sau đây là
đã thực hiện:

Tên Mô tả
---- ----------

hộp Một hình chữ nhật được tô đầy, không có hướng.
hình elip Một hình bầu dục.
arrow Một mũi tên; có thể là một chiều hoặc
hai chiều. Nó cũng có khả năng hiển thị
một thang điểm với các dấu tích lớn và nhỏ, và có thể
được định hướng theo chiều ngang hoặc chiều dọc.
phân đoạn Một tập hợp các hình chữ nhật đầy được kết nối bằng
các dòng. Được sử dụng cho các tính năng bị gián đoạn, chẳng hạn như
căn chỉnh có gapped và nhóm exon.
transcript Tương tự như các phân đoạn, nhưng đường nối là
hình dạng "cái mũ" và hướng của
phiên âm được biểu thị bằng một mũi tên nhỏ.
transcript2 Tương tự như transcript, nhưng hướng của
phiên âm được biểu thị bằng một đoạn đầu cuối
trong hình dạng của một mũi tên.
mồi Hai mũi tên hướng vào trong được nối với nhau bằng một đường thẳng. Được sử dụng cho các STS.

Tùy chọn vết sưng là tùy chọn quan trọng nhất để kiểm soát giao diện của hình ảnh. Nếu đặt
thành false (số 0), thì các đối tượng địa lý được phép trùng lặp. Nếu được đặt thành true (
số 1), sau đó các tính năng sẽ di chuyển theo chiều dọc để tránh va chạm. Nếu không được chỉ định,
vết sưng được bật nếu số lượng của bất kỳ loại tính năng trình tự nhất định nào lớn hơn 50.

Ngày Phần
Phần dữ liệu có thể theo sau hoặc tiến hành phần cấu hình. Hai phần có thể
cũng được trộn lẫn. Phần dữ liệu là một tab hoặc tệp được phân tách bằng khoảng trắng mà bạn có thể
xuất từ ​​ứng dụng bảng tính hoặc tệp trình xử lý văn bản (hãy nhớ lưu dưới dạng văn bản
chỉ một!)

Đây là phần dữ liệu ví dụ:

Cosmid B0511. 516-619 Cosmid B0511. 3185-3294 Cosmid
B0511. Chương 10946-11208 Cosmid B0511. 13126-13511 Cosmid
B0511. 66-208 Cosmid B0511. 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 trở lên
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Cá Thụy Điển FGENESH "Gene
1 "- 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Miền xuyên màng
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 Miền Kinase và sushi

Mỗi dòng của tệp chứa năm cột. Các cột là:

Cột # Mô tả
-------------------

1 loại tính năng
2 tên tính năng
Sợi 3
4 tọa độ
5 mô tả

Loại tính năng
Loại tính năng phải tương ứng với một trong các tiêu đề [loại tính năng] trong
phần cấu hình. Nếu không, các tùy chọn [chung] sẽ được áp dụng cho
tính năng khi kết xuất nó. Tên đối tượng là tên cho đối tượng địa lý. Sử dụng một "." hoặc
"-" nếu điều này không liên quan. Nếu tên chứa khoảng trắng, hãy đặt đơn hoặc kép
dấu ngoặc kép ("") xung quanh tên.

Strand
Sợi cho biết sợi nào đang bật tính năng. Nó là một trong "+" cho phía trước
strand, "-" cho chuỗi ngược, hoặc "." cho các tính năng không bị mắc kẹt.

Tọa độ
Cột tọa độ là một tập hợp của một hoặc nhiều phạm vi mà đối tượng địa lý chiếm giữ.
Dải ô được viết bằng cách sử dụng ".." khi bắt đầu..stop hoặc bằng dấu gạch nối, như trong start-stop.
Đối với các đối tượng địa lý bao gồm nhiều phạm vi & em; ví dụ bảng điểm
có nhiều exon & em; bạn có thể đặt các phạm vi trên cùng một dòng cách nhau bằng
dấu phẩy hoặc dấu cách hoặc đặt các phạm vi trên các dòng riêng lẻ và chỉ sử dụng cùng một tính năng
đặt tên và nhập để nhóm chúng. Trong ví dụ trên, các tính năng của Cosmid B0511 sử dụng
kiểu đường riêng lẻ, trong khi các tính năng FGENESH sử dụng tất cả các phạm vi trên một dòng
phong cách.

Mô tả
Cột cuối cùng chứa một số văn bản mô tả. Nếu tùy chọn mô tả được đặt thành
true, văn bản này sẽ được in bên dưới đối tượng địa lý trong kết xuất.

Cuối cùng, có thể nhóm các tính năng liên quan lại với nhau. Một ví dụ là ESTs
yk53c10.5 và yk53c10.3, có liên quan với nhau bằng cách đọc từ hai đầu của bản sao
yk53c10. Để chỉ ra mối quan hệ này, hãy tạo một phần giống như sau:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Nhóm được biểu thị bằng một dòng chỉ chứa hai cột chứa đối tượng địa lý
nhập và một tên duy nhất cho nhóm. Thực hiện theo dòng này với tất cả các tính năng tạo thành
nhóm, nhưng để trống cột đầu tiên (loại đối tượng địa lý). Nhóm sẽ được kết xuất bởi
vẽ một đường đứt nét giữa tất cả các thành viên của nhóm. Bạn có thể thay đổi điều này bằng cách
chỉ định một tùy chọn trình kết nối khác trong phần cấu hình cho tính năng này
kiểu.

Sử dụng frendp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net