Đây là lệnh fuzznuce có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi, chẳng hạn như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
fuzznuc - Tìm kiếm các mẫu trong trình tự nucleotide
SYNOPSIS
lông tơ -sự nối tiếp tiếp theo -mẫu Belt Hold - sự hoàn thành boolean -outfile báo cáo
lông tơ -Cứu giúp
MÔ TẢ
lông tơ là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Nucleic: Motifs".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-sự nối tiếp tiếp theo
-mẫu Belt Hold
Các mã một chữ cái IUPAC tiêu chuẩn cho các nucleotide được sử dụng. Ký hiệu 'n' là
được sử dụng cho một vị trí mà bất kỳ nucleotide nào được chấp nhận. Sự mơ hồ được chỉ ra bởi
liệt kê các nucleotide được chấp nhận cho một vị trí nhất định, giữa các dấu ngoặc vuông '[
] '. Ví dụ: [ACG] là viết tắt của A hoặc C hoặc G. Các mơ hồ cũng được biểu thị bằng
liệt kê giữa một cặp dấu ngoặc nhọn '{}' các nucleotide không được chấp nhận
tại một vị trí nhất định. Ví dụ: {AG} là viết tắt của bất kỳ nucleotide nào ngoại trừ A và G. Mỗi nucleotide
phần tử trong một mẫu được phân tách với phần tử lân cận của nó bằng dấu '-'. (Tùy chọn tại fuzznuc).
Sự lặp lại của một phần tử của mẫu có thể được chỉ ra bằng cách theo sau phần tử đó
với một giá trị số hoặc một phạm vi số giữa dấu ngoặc đơn. Ví dụ: N(3)
tương ứng với NNN, N (2,4) tương ứng với NN hoặc NNN hoặc NNNN. Khi một mẫu là
bị hạn chế ở phần cuối 5 'hoặc 3' của chuỗi, mẫu đó bắt đầu bằng
Ký hiệu '<' hoặc tương ứng kết thúc bằng ký hiệu '>'. Một khoảng thời gian kết thúc mô hình.
(Tùy chọn tại fuzznuc). Ví dụ: [CG] (5) TG {A} N (1,5) C
Nâng cao phần
- sự hoàn thành boolean
Giá trị mặc định: N
Đầu ra phần
-outfile báo cáo
Sử dụng fuzznuce trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
