genome-music-galaxyp - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

genome music galaxy - Chạy bộ công cụ MuSiC đầy đủ theo tuần tự.

PHIÊN BẢN

Tài liệu này mô tả thiên hà âm nhạc bộ gen phiên bản 0.04 (2016-01-01 lúc 23:10:18)

SYNOPSIS

genome music galaxy [--output-dir =?] --bam-list =? --output-pack =? --roi-file =?
--reference-sequence =? --maf-file =? --pathway-file =? [--numeric-Clinical-data-file =?]
[--categorical-Clinical-data-file =?] [--mutation-matrix-file =?] [--permutations =?]
[--normal-min-depth =?] [--tumor-min-depth =?] [--min-mapq =?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore =?] [--bmr =?] [--max-proximity =?] [--bmr-modifier-file =?]
[--numerical-data-test-method =?] [--skip-low-mr-gene] [--max-fdr =?]
[--genetic-data-type =?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups =?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-im lặng]
[--min-mut-gene-per-path =?] [--glm-model-file =?] [--processors =?] [--aa-range =?]
[--nuc-range =?] [--reference-build =?] [--show-known-hits] [--glm-Clinical-data-file =?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir =?] [--cosmic-dir =?] [--verbose]
[--clinical-tương quan-ma trận-tệp =?]

Công cụ này lấy làm tham số tất cả thông tin cần thiết để chạy các công cụ riêng lẻ. Một
cách sử dụng ví dụ là:

... chơi nhạc \
--bam-list input / bams_to_analyze.txt \
--numeric-Clinical-data-file input / numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input / myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input / pathway_db \
--reference-serial input / refseq / all_sequences.fa \
--roi-file input / all_coding_regions.bed \
- gen-dữ liệu kiểu gen

YÊU CẦU TRANH LUẬN

danh sách bam bản văn
Danh sách tệp BAM được phân tách bằng tab [sample_name normal_bam u_bam]

gói đầu ra bản văn
Vị trí mà Galaxy muốn lưu gói đầu ra Âm nhạc

tập tin roi bản văn
Danh sách ROI được phân tách bằng tab [chr start stop gene_name]

tham chiếu-trình tự bản văn
Đường dẫn đến chuỗi tham chiếu ở định dạng FASTA

tệp maf bản văn
Danh sách các đột biến sử dụng thông số kỹ thuật TCGA MAF v2.3

đường dẫn-tập tin bản văn
Tệp thông tin đường dẫn được phân cách bằng tab

CHỌN TRANH LUẬN

đầu ra-dir
Thư mục nơi các tệp đầu ra và thư mục con sẽ được ghi

Giá trị mặc định '' nếu không được chỉ định

số-lâm sàng-dữ liệu-tệp bản văn
Bảng mẫu (y) so với danh mục dữ liệu lâm sàng số (x)

phân loại-lâm sàng-dữ liệu-tệp bản văn
Bảng mẫu (y) so với danh mục dữ liệu lâm sàng phân loại (x)

đột biến-ma trận-tệp bản văn
Tùy chọn lưu trữ ma trận mẫu so với gen được sử dụng trong quá trình tính toán.

hoán vị Con số
Số hoán vị được sử dụng để xác định giá trị P

độ sâu bình thường tối thiểu Số nguyên
Độ sâu đọc tối thiểu để xem xét cơ sở BAM bình thường như được bảo hiểm

độ sâu tối thiểu của khối u Số nguyên
Độ sâu đọc tối thiểu để xem xét một cơ sở Tumor BAM là được bao phủ

bản đồ tối thiểu Số nguyên
Chất lượng ánh xạ tối thiểu của các lần đọc để xem xét đối với số lượng độ sâu đọc

bỏ qua Boolean
Báo cáo từng đột biến bị bỏ qua, không chỉ số lượng

Giá trị mặc định 'false' (--noshow-bỏ qua) nếu không được chỉ định

bỏ qua Boolean
Làm cho chương trình bị bỏ qua 'false'

gen-để-bỏ qua bản văn
Danh sách các gen được phân tách bằng dấu phẩy cần bỏ qua để biết tỷ lệ đột biến nền

bmr Con số
Tỷ lệ đột biến nền ở các vùng được nhắm mục tiêu

độ gần tối đa bản văn
Khoảng cách AA tối đa giữa 2 đột biến

tập tin sửa đổi bmr bản văn
Danh sách các giá trị được phân tách bằng tab trên mỗi gen sửa đổi BMR trước khi thử nghiệm [gene_name
bmr_modifier]

số-dữ liệu-phương pháp kiểm tra bản văn
Hoặc 'cor' cho Tương quan Pearson hoặc 'wilcox' cho Phép thử Xếp hạng-Tổng của Wilcoxon cho
số liệu lâm sàng.

Giá trị mặc định 'cor' nếu không được chỉ định

gen bỏ qua-thấp-mr Boolean
Bỏ qua thử nghiệm gen có MR thấp hơn MR nền

Giá trị mặc định 'true' nếu không được chỉ định

gen noskip-thấp-mr Boolean
Làm cho gen bỏ qua-thấp-mr trở thành 'sai'

max-fdr Con số
Tỷ lệ phát hiện sai tối đa cho phép đối với một gen được coi là một SMG

Giá trị mặc định '0.2' nếu không được chỉ định

kiểu dữ liệu di truyền bản văn
Dữ liệu trong tệp ma trận phải là dữ liệu kiểu "gen" hoặc "biến thể"

wu-chú thích-tiêu đề Boolean
Sử dụng điều này để làm mặc định cho tiêu đề định dạng chú thích wustl

tiêu đề chú thích bây giờ Boolean
Đặt wu-annotation-headers 'false'

bmr-nhóm Số nguyên
Số lượng các cụm mẫu có BMR có thể so sánh được

Giá trị mặc định '1' nếu không được chỉ định

sự cắt ngắn riêng biệt Boolean
Nhóm các đột biến cắt cụt thành một danh mục riêng biệt

Giá trị mặc định 'false' (--noseparate-truncations) nếu không được chỉ định

cắt cụt mũi Boolean
Đặt các đoạn ngắn riêng biệt thành 'false'

hợp nhất-đồng thời-muts Boolean
Nhiều đột biến của một gen trong cùng một mẫu được coi là 1

Giá trị mặc định 'false' (--nomerge-concurrent-muts) nếu không được chỉ định

nomerge-đồng thời-muts Boolean
Đặt hợp nhất-đồng thời-muts 'false'

bỏ qua không mã hóa Boolean
Bỏ qua các đột biến không mã hóa khỏi tệp MAF được cung cấp

Giá trị mặc định 'true' nếu không được chỉ định

noskip-không mã hóa Boolean
Đặt bỏ qua không mã hóa 'false'

bỏ qua im lặng Boolean
Bỏ qua các đột biến im lặng khỏi tệp MAF được cung cấp

Giá trị mặc định 'true' nếu không được chỉ định

noskip-im lặng Boolean
Đặt chế độ im lặng bỏ qua 'false'

min-mut-gene-per-path Số nguyên
Những con đường có ít gen đột biến hơn sẽ bị bỏ qua

Giá trị mặc định '1' nếu không được chỉ định

tập tin mô hình glm bản văn
Tệp phác thảo loại mô hình, biến phản hồi, hiệp phương sai, v.v. cho GLM
phân tích. (Xem MÔ TẢ).

bộ vi xử lý Số nguyên
Số bộ xử lý sẽ sử dụng trong SMG (yêu cầu gói 'foreach' và 'doMC' R)

Giá trị mặc định '1' nếu không được chỉ định

phạm vi aa Số nguyên
Đặt mức độ gần của một kết quả phù hợp khi tìm kiếm axit amin gần các lần truy cập

Giá trị mặc định '2' nếu không được chỉ định

nuc-phạm vi Số nguyên
Đặt mức độ gần của một kết quả phù hợp khi tìm kiếm vị trí nucleotide gần các lần truy cập

Giá trị mặc định '5' nếu không được chỉ định

tham chiếu-xây dựng bản văn
Đặt "Build36" hoặc "Build37"

Giá trị mặc định 'Build37' nếu không được chỉ định

hiển thị nổi tiếng Boolean
Khi một phát hiện là mới, hãy chỉ ra AA đã biết trong gen đó

Giá trị mặc định 'true' nếu không được chỉ định

noshow-noi-hit Boolean
Làm cho các lượt truy cập được biết đến là 'sai'

glm-Clinical-data-file bản văn
Đặc điểm lâm sàng, cấu hình đột biến, dữ liệu lâm sàng hỗn hợp khác (Xem MÔ TẢ).

sử dụng-maf-in-glm Boolean
Đặt cờ này để sử dụng ma trận biến thể được tạo từ tệp MAF làm đầu vào biến thể cho
Phân tích GLM.

Giá trị mặc định 'false' (--nouse-maf-in-glm) nếu không được chỉ định

nouse-maf-in-glm Boolean
Đặt use-maf-in-glm thành 'false'

omimaa-dir Đường dẫn
thư mục cơ sở dữ liệu đột biến axit amin omim

vũ trụ-dir Đường dẫn
thư mục cơ sở dữ liệu đột biến axit amin vũ trụ

dài dòng Boolean
bật để hiển thị đầu ra làm việc lớn hơn

Giá trị mặc định 'true' nếu không được chỉ định

tiểu thuyết Boolean
Làm dài dòng thành 'false'

tệp ma trận-tương quan lâm sàng bản văn
Tùy chọn lưu trữ ma trận mẫu so với gen được sử dụng nội bộ trong quá trình tính toán.

MÔ TẢ

Lệnh này có thể được sử dụng để chạy tất cả các công cụ phân tích MuSiC trên một tập dữ liệu. Vui lòng
xem các công cụ riêng lẻ để mô tả thêm về các thông số.

TÁC GIẢ

Thomas B. Mooney, MS

TÍN

Vui lòng xem các khoản tín dụng cho bộ gen-âm nhạc(1).

Sử dụng genome-music-galaxyp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net