gmx-anaeig - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-anaeig - Phân tích eigenvectors / chế độ bình thường

SYNOPSIS

gmx anaeig [-v [<.trr / .cpt / ...>]] [-V2 [<.trr / .cpt / ...>]]
[-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]]
[-n [<.ndx>]] [-eig [<.xvg>]] [-eig2 [<.xvg>]]
[-comp [<.xvg>]] [-rmsf [<.xvg>]] [-proj [<.xvg>]]
[-2d [<.xvg>]] [-3d [<.gro / .g96 / ...>]]
[-bộ lọc [<.xtc / .trr / ...>]] [-extr [<.xtc / .trr / ...>]]
[-kết thúc [<.xvg>]] [-Trong pr [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-bạn ] [-[hiện nay] [-xvg ]
[-Đầu tiên ] [-Cuối cùng ] [-nhảy ] [-tối đa ]
[-nframe ] [- [không] tách] [- [không] entropy]
[-nhân viên bán thời gian ] [-nevskip ]

MÔ TẢ

GMX anaeig phân tích eigenvectors. Các eigenvector có thể là một ma trận hiệp phương sai (GMX
đồng cỏ) hoặc phân tích Chế độ thông thường (GMX nmeig).

Khi một quỹ đạo được chiếu lên các thiết bị di chuyển, tất cả các kết cấu đều được lắp vào kết cấu
trong tệp eigenvector, nếu có, nếu không đối với cấu trúc trong tệp cấu trúc.
Khi không có tệp đầu vào chạy nào được cung cấp, tính chu kỳ sẽ không được tính đến. Phần lớn
phân tích được thực hiện trên eigenvectors -Đầu tiên đến -Cuối cùng, nhưng khi -Đầu tiên được đặt thành -1 bạn
sẽ được nhắc lựa chọn.

-comp: vẽ biểu đồ các thành phần vectơ trên mỗi nguyên tử của eigenvectors -Đầu tiên đến -Cuối cùng.

-rmsf: vẽ biểu đồ dao động RMS trên mỗi nguyên tử của eigenvector -Đầu tiên đến -Cuối cùng (Yêu cầu -eig).

-proj: tính toán các hình chiếu của quỹ đạo trên eigenvectors -Đầu tiên đến -Cuối cùng. Các
các phép chiếu của một quỹ đạo trên các ký hiệu riêng của ma trận hiệp phương sai của nó được gọi là
các thành phần chính (máy tính). Nó thường hữu ích để kiểm tra nội dung cosine của máy tính,
vì pc của khuếch tán ngẫu nhiên là cosin với số chu kỳ bằng một nửa
chỉ số pc. Hàm lượng cosine của máy tính có thể được tính toán bằng chương trình GMX
phân tích.

-2d: tính toán hình chiếu 2d của một quỹ đạo trên eigenvectors -Đầu tiên và -Cuối cùng.

-3d: tính toán hình chiếu 3d của một quỹ đạo trên ba thiết bị đầu tiên được chọn.

-bộ lọc: lọc quỹ đạo để chỉ hiển thị chuyển động dọc theo máy cắt -Đầu tiên đến -Cuối cùng.

-extr: tính toán hai hình chiếu cực hạn dọc theo một quỹ đạo trên cấu trúc trung bình
và nội suy -nframe khung giữa chúng hoặc thiết lập các thái cực của riêng bạn với -tối đa. Các
véc tơ riêng -Đầu tiên sẽ được viết trừ khi -Đầu tiên và -Cuối cùng đã được thiết lập rõ ràng, trong
trường hợp nào thì tất cả các eigenvectors sẽ được ghi vào các tệp riêng biệt. Số nhận dạng chuỗi sẽ là
được thêm vào khi viết một .pdb tệp có hai hoặc ba cấu trúc (bạn có thể sử dụng rasmol -nmrpdb đến
xem một .pdb nộp).

chồng chéo tính toán giữa hiệp phương sai phân tích
Lưu ý: phân tích nên sử dụng cùng một cấu trúc phù hợp

-kết thúc: tính toán chồng chéo không gian con của các eigenvectors trong tệp -V2 với eigenvectors
-Đầu tiên đến -Cuối cùng trong tập tin -v.

-Trong pr: tính toán ma trận các sản phẩm bên trong giữa các eigenvector trong tệp -v và -V2. Tất cả
eigenvectors của cả hai tệp sẽ được sử dụng trừ khi -Đầu tiên và -Cuối cùng đã được thiết lập rõ ràng.

Thời Gian -v, -eig, -V2 và -eig2 được đưa ra, một số duy nhất cho sự trùng lặp giữa
ma trận hiệp phương sai được tạo ra. Các công thức là:

chênh lệch = sqrt (tr ((sqrt (M1) - sqrt (M2)) ^ 2))
chồng chéo chuẩn hóa = 1 - chênh lệch / sqrt (tr (M1) + tr (M2))
chồng chéo hình dạng = 1 - sqrt (tr ((sqrt (M1 / tr (M1)) - sqrt (M2 / tr (M2))) ^ 2))

trong đó M1 và M2 là hai ma trận hiệp phương sai và tr là vết của ma trận. Các
các số tỷ lệ với sự trùng nhau của căn bậc hai của các dao động. Các
chồng chéo chuẩn hóa là số hữu ích nhất, nó là 1 cho các ma trận giống hệt nhau và 0 khi
các không gian con được lấy mẫu là trực giao.

Khi -Sự hỗn loạn cờ được đưa ra một ước tính entropy sẽ được tính toán dựa trên
Phương pháp tiếp cận bán tính và dựa trên công thức của Schlitter.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng

-V2 [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec2.trr) (Tùy chọn)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Tùy chọn)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Tùy chọn)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

-eig [<.xvg>] (eigenval.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-eig2 [<.xvg>] (eigenval2.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-comp [<.xvg>] (eigcomp.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-rmsf [<.xvg>] (eigmsf.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-proj [<.xvg>] (dự án.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-2d [<.xvg>] (2dproj.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-3d [<.gro / .g96 / ...>] (3dproj.pdb) (Tùy chọn)
Tệp cấu trúc: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt

-bộ lọc [<.xtc / .trr / ...>] (lọc.xtc) (Tùy chọn)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-extr [<.xtc / .trr / ...>] (cực.pdb) (Tùy chọn)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-kết thúc [<.xvg>] (trùng lặp.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-Trong pr [<.xpm>] (inprod.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-bạn (ps)
Đơn vị cho các giá trị thời gian: fs, ps, ns, us, ms, s

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-Đầu tiên (1)
Trình ký hiệu đầu tiên để phân tích (-1 được chọn)

-Cuối cùng (-1)
Trình ký hiệu cuối cùng để phân tích (-1 là cuối cùng)

-nhảy (1)
Chỉ phân tích mọi khung hình thứ n

-tối đa (0)
Tối đa cho phép chiếu của eigenvector trên cấu trúc trung bình, max = 0 cho
cực đoan

-nframe (2)
Số lượng khung hình cho đầu ra cực trị

- [không] tách (không)
Dự báo phân tách eigenvector trong đó thời gian là XNUMX

- [không] entropy (không)
Tính toán entropy theo công thức Quasiharmonic hoặc phương pháp Schlitter.

-nhân viên bán thời gian (298.15)
Nhiệt độ để tính toán entropy

-nevskip (6)
Số giá trị riêng cần bỏ qua khi tính toán entropy do gần như hài hòa
sự gần đúng. Khi bạn thực hiện khớp xoay và / hoặc tịnh tiến trước khi
phân tích hiệp phương sai, bạn nhận được 3 hoặc 6 giá trị riêng rất gần bằng XNUMX và
không nên tính đến khi tính toán entropy.

Sử dụng gmx-anaeig trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net