gmx-bar - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-bar - Tính toán ước tính chênh lệch năng lượng tự do thông qua tỷ lệ chấp nhận của Bennett

SYNOPSIS

thanh gmx [-f [<.xvg> […]]] [-g [<.edr> […]]] [-o [<.xvg>]]
[-Này [<.xvg>]] [-ồ [<.xvg>]] [-[hiện nay] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-nhân viên bán thời gian ] [-prec ]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-nbin ] [- [không] extp]

MÔ TẢ

GMX thanh tính toán ước tính chênh lệch năng lượng miễn phí thông qua tỷ lệ chấp nhận của Bennett
phương thức (BAR). Nó cũng tự động bổ sung hàng loạt năng lượng miễn phí riêng lẻ thu được bằng
BAR thành ước tính năng lượng miễn phí kết hợp.

Mọi chênh lệch năng lượng tự do BAR riêng lẻ dựa trên hai mô phỏng ở các trạng thái khác nhau:
nói trạng thái A và trạng thái B, được điều khiển bởi một tham số, lambda (xem .mdp tham số
init_lambda). Phương pháp BAR tính toán tỷ lệ trung bình có trọng số của Hamilton
hiệu của trạng thái B cho trước trạng thái A và ngược lại. Sự khác biệt về năng lượng so với năng lượng khác
trạng thái phải được tính toán rõ ràng trong quá trình mô phỏng. Điều này có thể được thực hiện với .mdp
tùy chọn Foreign_lambda.

Tùy chọn đầu vào -f mong đợi nhiều dhdl.xvg các tập tin. Hai loại tệp đầu vào được hỗ trợ:

· Các tệp có nhiều hơn một y-giá trị. Các tệp phải có các cột với dH / dlambda và
Deltalambda. Các giá trị lambda được suy ra từ truyền thuyết: lambda của
mô phỏng từ huyền thoại của dH / dlambda và các giá trị lambda nước ngoài từ
truyền thuyết của Delta H

· Các tập tin chỉ có một y-giá trị. Sử dụng -extp tùy chọn cho các tệp này, nó được giả định là
rằng y-value là dH / dlambda và Hamilton phụ thuộc tuyến tính vào lambda.
Giá trị lambda của mô phỏng được suy ra từ phụ đề (nếu có),
nếu không thì từ một số trong thư mục con trong tên tệp.

Lambda của mô phỏng được phân tích cú pháp từ dhdl.xvg chú giải của tệp chứa chuỗi
'dH', các giá trị lambda nước ngoài từ chú giải chứa các chữ cái viết hoa 'D' và
'NS'. Nhiệt độ được phân tích cú pháp từ dòng chú giải chứa 'T ='.

Tùy chọn đầu vào -g mong đợi nhiều .edr các tập tin. Chúng có thể chứa một trong hai danh sách năng lượng
sự khác biệt (xem .mdp tùy chọn riêng_dhdl_tệp), hoặc một loạt các biểu đồ (xem
.mdp lựa chọn dh_hist_size và dh_hist_spaces). Các giá trị nhiệt độ và lambda là
tự động suy ra từ elor.edr tập tin.

Ngoài các .mdp tùy chọn Foreign_lambda, sự khác biệt về năng lượng cũng có thể
ngoại suy từ các giá trị dH / dlambda. Điều này được thực hiện với tùy chọn ``-extp '',
giả định rằng Hamilton của hệ thống phụ thuộc tuyến tính vào lambda, điều này thường không
trường hợp.

Các ước tính năng lượng tự do được xác định bằng cách sử dụng BAR với đường phân giác, với độ chính xác là
đầu ra được thiết lập với -prec. Một ước tính sai số có tính đến tương quan thời gian là
được thực hiện bằng cách chia nhỏ dữ liệu thành các khối và xác định sự khác biệt về năng lượng tự do so với
các khối đó và giả sử các khối là độc lập. Ước tính lỗi cuối cùng là
được xác định từ phương sai trung bình trên 5 khối. Một loạt các số khối cho lỗi
ước tính có thể được cung cấp với các tùy chọn -nbmin và -nbmax.

GMX thanh cố gắng tổng hợp các mẫu có cùng giá trị lambda 'gốc' và 'nước ngoài', nhưng
luôn giả định các mẫu độc lập. Lưu ý điều đó khi tổng hợp năng lượng
sự khác biệt / dẫn xuất với các khoảng thời gian lấy mẫu khác nhau, điều này gần như chắc chắn không
Chính xác. Thông thường các năng lượng tiếp theo có tương quan và các khoảng thời gian khác nhau có nghĩa là
mức độ tương quan khác nhau giữa các mẫu.

Kết quả được chia thành hai phần: phần cuối cùng chứa kết quả cuối cùng tính bằng kJ / mol,
cùng với ước tính sai số cho từng phần và tổng số. Phần đầu tiên chứa
ước tính chi tiết chênh lệch năng lượng tự do và các phép đo chồng chéo không gian pha theo đơn vị kT
(cùng với ước tính sai số được tính toán của họ). Các giá trị được in là:

· Lam_A: các giá trị lambda cho điểm A.

· Lam_B: các giá trị lambda cho điểm B.

· DG: ước tính năng lượng tự do.

· S_A: ước lượng entropy tương đối của B trong A.

· S_B: ước lượng entropy tương đối của A trong B.

· Stdev: ước tính độ lệch chuẩn dự kiến ​​cho mỗi mẫu.

Entropy tương đối của cả hai trạng thái trong tổ hợp của nhau có thể được hiểu là
số đo chồng chéo không gian pha: entropy s_A tương đối của các mẫu làm việc của lambda_B
trong nhóm lambda_A (và ngược lại cho s_B), là thước đo 'khoảng cách'
giữa các phân phối Boltzmann của hai trạng thái, điều đó đi đến XNUMX đối với
các bản phân phối. Xem Wu & Kofke, J. Chem. Thể chất. 123 084109 (2005) để biết thêm thông tin.

Ước tính độ lệch chuẩn dự kiến ​​cho mỗi mẫu, như được đưa ra trong bản gốc của Bennett
Bài báo BAR: Bennett, J. Comp. Thể chất. 22, tr 245 (1976). Phương trình 10 trong đó đưa ra ước tính về
chất lượng của việc lấy mẫu (không phải trực tiếp của sai số thống kê thực tế, vì nó giả định
mẫu độc lập).

Để có được ước tính trực quan về sự chồng chéo không gian pha, hãy sử dụng -ồ tùy chọn để viết loạt
biểu đồ, cùng với -nbin tùy chọn.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xvg> […]] (dhdl.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-g [<.edr> […]] (năng lượng.edr) (Tùy chọn)
Tệp năng lượng

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xvg>] (thanh.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-Này [<.xvg>] (barint.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-ồ [<.xvg>] (biểu đồ.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

Các lựa chọn khác:

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-b (0)
Thời gian bắt đầu cho BAR

-e (-1)
Thời gian kết thúc cho BAR

-nhân viên bán thời gian (-1)
Nhiệt độ (K)

-prec (2)
Số chữ số sau dấu thập phân

-nbmin (5)
Số khối tối thiểu để ước tính lỗi

-nbmax (5)
Số khối tối đa để ước tính lỗi

-nbin (100)
Số lượng thùng cho đầu ra biểu đồ

- [không] extp (không)
Có ngoại suy tuyến tính các giá trị dH / dl để sử dụng làm năng lượng hay không

Sử dụng gmx-bar trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net