Đây là lệnh gmx-confrms có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-confrms - Phù hợp với hai cấu trúc và tính toán RMSD
SYNOPSIS
gmx xác nhận [-f1 [<.tpr / .gro / ...>]] [-f2 [<.gro / .g96 / ...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]]
[-Không [<.ndx>]] [-[hiện nay] [-[không một ai] [- [không] mw] [- [không] pbc]
[-[không phù hợp] [- [không] tên] [-[không nhãn hiệu] [- [không] bfac]
MÔ TẢ
GMX sự hội họp tính toán độ lệch bình phương trung bình căn (RMSD) của hai cấu trúc sau
hình vuông nhỏ nhất phù hợp với cấu trúc thứ hai trên cấu trúc đầu tiên. Hai cấu trúc KHÔNG
cần có cùng số nguyên tử, chỉ có hai nhóm chỉ số được sử dụng cho phù hợp cần
giống hệt nhau. Với -Tên chỉ những tên nguyên tử phù hợp từ các nhóm đã chọn sẽ được sử dụng
để phù hợp và tính toán RMSD. Điều này có thể hữu ích khi so sánh các đột biến của protein.
Các cấu trúc chồng chéo được ghi vào tệp. Trong một .pdb tập tin hai cấu trúc sẽ được
được viết dưới dạng các mô hình riêng biệt (sử dụng rasmol -nmrpdb). Cũng trong một .pdb tệp, hệ số B được tính toán
từ các giá trị MSD nguyên tử có thể được viết bằng -bfac.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-f1 [<.tpr / .gro / ...>] (conf1.gro)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-f2 [<.gro / .g96 / ...>] (conf2.gro)
Tệp cấu trúc: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt Tpr
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.gro / .g96 / ...>] (fit.pdb)
Tệp cấu trúc: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt
-Không [<.ndx>] (trận đấu.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục
Các lựa chọn khác:
-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin
-[không một ai (không)
Chỉ ghi cấu trúc vừa vặn vào tệp
- [không] mw (Đúng)
Phụ kiện khối lượng lớn và RMSD
- [không] pbc (không)
Cố gắng làm cho các phân tử trở lại toàn bộ
-[không phù hợp (Đúng)
Xếp chồng bình phương nhỏ nhất của cấu trúc mục tiêu vào tham chiếu
- [không] tên (không)
Chỉ so sánh các tên nguyên tử phù hợp
-[không nhãn hiệu (không)
Đã thêm nhãn chuỗi A cho cấu trúc thứ nhất và B cho cấu trúc thứ hai
- [không] bfac (không)
Đầu ra hệ số B từ các giá trị MSD nguyên tử
Sử dụng gmx-confrms trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
