gmx-covar - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-covar - Tính toán và lập đường chéo của ma trận hiệp phương sai

SYNOPSIS

covar gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-của [<.gro / .g96 / ...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-bạn ] [-xvg ] [-[không phù hợp]
[- [không] giới thiệu] [- [không] mwa] [-Cuối cùng ] [- [không] pbc]

MÔ TẢ

GMX đồng cỏ tính toán và tính đường chéo của ma trận hiệp phương sai (có trọng số). Tất cả các
cấu trúc được lắp vào cấu trúc trong tệp cấu trúc. Khi đây không phải là một cuộc chạy
tính định kỳ của tệp đầu vào sẽ không được tính đến. Khi các nhóm phù hợp và phân tích
giống hệt nhau và phân tích không có trọng số, sự phù hợp cũng sẽ không
trọng số.

Các eigenvectors được ghi vào một tệp quỹ đạo (-v). Khi các nguyên tử giống nhau được sử dụng cho
sự phù hợp và phân tích hiệp phương sai, cấu trúc tham chiếu cho sự phù hợp được viết trước tiên
với t = -1. Giá trị trung bình (hoặc tham chiếu khi -ref được sử dụng) cấu trúc được viết với t = 0,
các eigenvector được viết dưới dạng khung với số eigenvector là dấu thời gian.

Các eigenvectors có thể được phân tích với GMX anaeig.

Tùy chọn -ascii ghi toàn bộ ma trận hiệp phương sai vào tệp ASCII. Thứ tự của
các phần tử là: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

Tùy chọn -xpm ghi toàn bộ ma trận hiệp phương sai thành một .xpm tập tin.

Tùy chọn -xpma viết ma trận hiệp phương sai nguyên tử thành một .xpm tệp, tức là cho mỗi cặp nguyên tử
tổng của các phương sai xx, yy và zz được viết.

Lưu ý rằng đường chéo của ma trận yêu cầu bộ nhớ và thời gian sẽ tăng lên lúc
nhanh nhất bằng bình phương của số nguyên tử tham gia. Nó rất dễ dàng để hết
bộ nhớ, trong trường hợp đó, công cụ này có thể sẽ thoát với 'Lỗi phân đoạn'. Bạn nên
xem xét cẩn thận xem liệu một tập hợp các nguyên tử được giảm bớt sẽ đáp ứng nhu cầu của bạn với chi phí thấp hơn.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng

-của [<.gro / .g96 / ...>] (trung bình.pdb)
Tệp cấu trúc: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt

-l [<.log>] (covar.log)
Tệp nhật ký

-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Tùy chọn)
Tệp dữ liệu chung

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-bạn (ps)
Đơn vị cho các giá trị thời gian: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-[không phù hợp (Đúng)
Phù hợp với cấu trúc tham chiếu

- [không] giới thiệu (không)
Sử dụng độ lệch từ cấu trúc trong tệp cấu trúc thay vì từ
Trung bình cộng

- [không] mwa (không)
Phân tích hiệp phương sai có trọng số

-Cuối cùng (-1)
Người viết thư cuối cùng để viết đi (-1 là cuối cùng)

- [không] pbc (Đúng)
Áp dụng các hiệu chỉnh cho các điều kiện biên định kỳ

Sử dụng gmx-covar trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net