gmx-densmap - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-densmap - Tính toán bản đồ phẳng 2D hoặc mật độ xuyên tâm trục

SYNOPSIS

sơ đồ mật độ gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hiện nay] [-thùng rác ] [-bạn bảo vệ ]
[-xmin ] [-xmax ] [-n1 ] [-n2 ]
[-amax ] [-máy lạnh ] [- [không] gương] [- [không] tổng]
[-đơn vị ] [-dmin ] [-dmax ]

MÔ TẢ

GMX bản đồ mật độ tính toán các bản đồ mật độ số 2D. Nó có thể tạo ra mật độ phẳng và dọc trục - xuyên tâm
bản đồ. Đầu ra .xpm tệp có thể được hiển thị bằng xv chẳng hạn và có thể được chuyển đổi thành
tái bút với xpm2ps. Theo tùy chọn, đầu ra có thể ở dạng văn bản để .dat nộp hồ sơ với -od,
thay vì bình thường .xpm nộp hồ sơ với -o.

Phân tích mặc định là một bản đồ mật độ số 2-D cho một nhóm nguyên tử được chọn trong xy
chiếc máy bay. Hướng trung bình có thể được thay đổi với tùy chọn -bạn bảo vệ. Khi nào -xmin và / hoặc
-xmax được đặt chỉ những nguyên tử nằm trong (các) giới hạn theo hướng trung bình mới được lấy
vào tài khoản. Khoảng cách lưới được đặt với tùy chọn -thùng rác. Khi nào -n1 or -n2 khác XNUMX,
kích thước lưới được thiết lập bởi tùy chọn này. Các biến động về kích thước hộp được đưa vào một cách hợp lý
tài khoản.

Khi các tùy chọn -amax và -máy lạnh được thiết lập, một bản đồ mật độ số dọc trục-xuyên tâm được tạo ra. Số ba
các nhóm cần được cung cấp, các khối tâm của hai nhóm đầu tiên xác định trục,
thứ ba xác định nhóm phân tích. Hướng trục đi từ -amax đến + amax, trong đó
khối tâm được xác định là trung điểm giữa khối tâm và khối lượng dương.
hướng đi từ khối tâm thứ nhất đến khối tâm thứ hai. Hướng tâm đi
từ 0 đến rmax hoặc từ -rmax đến + rmax khi -gương tùy chọn đã được thiết lập.

Chuẩn hóa đầu ra được thiết lập với -đơn vị Lựa chọn. Mặc định tạo ra một true
mật độ số lượng. Đơn vị bước sóng 2 bỏ qua việc chuẩn hóa cho giá trị trung bình hoặc góc
phương hướng. Lựa chọn tính tạo ra số lượng cho mỗi ô lưới. Khi bạn không muốn
chia tỷ lệ trong đầu ra để đi từ XNUMX đến mật độ tối đa, bạn có thể đặt giá trị tối đa với
tùy chọn -dmax.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Tùy chọn)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-od [<.dat>] (densmap.dat) (Tùy chọn)
Tệp dữ liệu chung

-o [<.xpm>] (densmap.xpm)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-thùng rác (0.02)
Kích thước lưới (nm)

-bạn bảo vệ (z)
Hướng trung bình trên: z, y, x

-xmin (-1)
Tọa độ tối thiểu để tính trung bình

-xmax (-1)
Tọa độ tối đa để tính trung bình

-n1 (0)
Số ô lưới theo hướng đầu tiên

-n2 (0)
Số ô lưới ở hướng thứ hai

-amax (0)
Khoảng cách trục tối đa từ tâm

-máy lạnh (0)
Khoảng cách xuyên tâm tối đa

- [không] gương (không)
Thêm hình ảnh phản chiếu bên dưới trục trục

- [không] tổng (không)
Tổng mật độ in (bản đồ 1D) sang stdout

-đơn vị (nm-3)
Đơn vị cho đầu ra: nm-3, nm-2, số đếm

-dmin (0)
Mật độ tối thiểu trong đầu ra

-dmax (0)
Mật độ tối đa trong đầu ra (0 có nghĩa là tính toán nó)

Sử dụng gmx-densmap trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net