gmx-energy - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-energy - Ghi năng lượng vào tệp xvg và hiển thị mức trung bình

SYNOPSIS

năng lượng gmx [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-vi phạm [<.xvg>]] [-cặp [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-soda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-oten [<.xvg>]] [-sửa lỗi [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[hiện nay] [-xvg ] [-[miên phi]
[-fetemp ] [-số không ] [- [không] tổng] [- [không] dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [- [không] đột biến] [-nhảy ]
[- [không] aver] [-nmol ] [- [không] Flagship]
[- [không] trôi dạt] [- [không] fluc] [- [không] orinst] [- [không] ovec]
[-acflen ] [- [không] bình thường hóa] [-P ]
[-fitfn ] [-bắt đầu ] [-endfit ]

MÔ TẢ

GMX năng lượng trích xuất các thành phần năng lượng hoặc dữ liệu hạn chế khoảng cách từ một tệp năng lượng. Các
người dùng được nhắc chọn tương tác các điều kiện năng lượng mong muốn.

Trung bình, RMSD và độ trôi được tính toán với độ chính xác đầy đủ từ mô phỏng (xem
sách hướng dẫn in). Độ lệch được tính bằng cách thực hiện điều chỉnh dữ liệu theo bình phương nhỏ nhất với
đường thẳng. Tổng độ lệch được báo cáo là sự khác biệt của sự phù hợp ở lần đầu tiên và lần cuối cùng
chỉ trỏ. Ước tính sai số của mức trung bình được đưa ra dựa trên khối trung bình trên 5 khối
sử dụng các giá trị trung bình chính xác đầy đủ. Ước tính lỗi có thể được thực hiện trên nhiều khối
độ dài với các tùy chọn -nbmin và -nbmax. Chú thích rằng trong hầu hết các trường hợp, các tệp năng lượng
chứa trung bình trên tất cả các bước MD hoặc trên nhiều điểm hơn số khung hình trong
tập tin năng lượng. Điều này làm cho GMX năng lượng kết quả thống kê chính xác hơn .xvg
đầu ra. Khi số liệu trung bình chính xác không có trong tệp năng lượng, các số liệu thống kê được đề cập
ở trên chỉ đơn giản là các giá trị năng lượng cho mỗi khung hình.

Biến động thuật ngữ cung cấp cho RMSD xung quanh sự phù hợp với bình phương nhỏ nhất.

Một số thuộc tính phụ thuộc vào dao động có thể được tính toán với điều kiện năng lượng chính xác
được chọn và tùy chọn dòng lệnh -fluct_props được đưa ra. Sau
thuộc tính sẽ được tính:

┌─────────────────────────────────── ─────┐
│ Tài sản │ Điều khoản năng lượng cần thiết │
├─────────────────────────────────── ─────┤
│ Dung lượng nhiệt C_p (sim NPT): │ Enthalpy, Temp │
├─────────────────────────────────── ─────┤
│ Dung lượng nhiệt C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├─────────────────────────────────── ─────┤
│Hệ số khai triển nhiệt. (NPT): │ Entanpi, Vol, Temp │
├─────────────────────────────────── ─────┤
│Khả năng nén nhiệt: │ Vol, Temp │
├─────────────────────────────────── ─────┤
│ Mô đun số lượng lớn tự động: │ Vol, Temp │
└─────────────────────────────────── ─────┘

Bạn luôn cần đặt số lượng phân tử -nmol. Các phép tính C_p / C_v làm không
bao gồm bất kỳ hiệu chỉnh nào cho các hiệu ứng lượng tử. Sử dụng GMX dos chương trình nếu bạn cần (và
bạn làm).

Khi -vi phạm tùy chọn được đặt, thời gian trung bình vi phạm được lập biểu đồ và chạy
tính lại tổng số lần vi phạm trung bình theo thời gian và tức thời. Ngoài ra đang chạy
khoảng cách trung bình theo thời gian và khoảng cách tức thời giữa các cặp đã chọn có thể được vẽ bằng biểu đồ
-cặp tùy chọn.

Các lựa chọn -ora, -ort, -soda, -odr và -odt được sử dụng để phân tích dữ liệu hạn chế định hướng.
Hai tùy chọn đầu tiên vẽ định hướng, ba tùy chọn cuối cùng là độ lệch của
định hướng từ các giá trị thực nghiệm. Các tùy chọn kết thúc trên một 'a' vẽ
trung bình theo thời gian như một chức năng của sự kiềm chế. Các tùy chọn kết thúc bằng chữ 't' nhắc nhở
người dùng cho số nhãn hạn chế và vẽ dữ liệu dưới dạng một hàm của thời gian. Lựa chọn -odr
biểu đồ độ lệch RMS như một chức năng của sự kiềm chế. Khi chạy đã sử dụng thời gian hoặc tập hợp
hạn chế định hướng trung bình, tùy chọn -orinst có thể được sử dụng để phân tích tức thời,
không phải là các định hướng và độ lệch được tính trung bình theo tổng thể thay vì thời gian và tính tổng thể
trung bình.

Tùy chọn -oten đồ thị các giá trị riêng của tensor thứ tự phân tử cho mỗi hướng
thí nghiệm kìm hãm. Với tùy chọn -ovec cũng là những người lập kế hoạch.

Tùy chọn -odh trích xuất và lập biểu đồ dữ liệu năng lượng miễn phí (sự khác biệt của Hamiltoian và / hoặc
Đạo hàm Hamilton dhdl) từ elor.edr tập tin.

Với -phí một ước tính được tính toán cho sự chênh lệch năng lượng tự do với một khí lý tưởng
tiểu bang:

Delta A = A (N, V, T) - A_idealgas (N, V, T) = kT ln ( )
Delta G = G (N, p, T) - G_idealgas (N, p, T) = kT ln ( )

trong đó k là hằng số Boltzmann, T được đặt bởi -fetemp và mức trung bình là trên tổng thể
(hoặc thời gian trong một quỹ đạo). Lưu ý rằng về nguyên tắc điều này chỉ đúng khi tính giá trị trung bình
trên tổng thể (Boltzmann) và sử dụng năng lượng tiềm tàng. Điều này cũng cho phép
ước tính entropy bằng cách sử dụng:

Delta S (N, V, T) = S (N, V, T) - S_idealgas (N, V, T) = ( - Delta A) / T
Delta S (N, p, T) = S (N, p, T) - S_idealgas (N, p, T) = ( + pV - Delta G) / T

Khi một tệp năng lượng thứ hai được chỉ định (-f2), chênh lệch năng lượng tự do được tính:

dF = -kT ln ( _MỘT) ,

trong đó E_A và E_B là năng lượng từ tệp năng lượng thứ nhất và thứ hai, và mức trung bình
là trên tổng thể A. Trung bình hoạt động của sự chênh lệch năng lượng tự do được in thành
tệp được chỉ định bởi -ravg. Chú thích rằng năng lượng cả hai phải được tính từ cùng một
quỹ đạo.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.edr>] (năng lượng.edr)
Tệp năng lượng

-f2 [<.edr>] (năng lượng.edr) (Tùy chọn)
Tệp năng lượng

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Tùy chọn)
Tệp đầu vào chạy xdr di động

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xvg>] (năng lượng.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-vi phạm [<.xvg>] (violaver.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-cặp [<.xvg>] (cặp.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-soda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-oten [<.xvg>] (oriten.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-sửa lỗi [<.xvg>] (thụt tháo .xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-[miên phi (không)
Thực hiện ước tính năng lượng miễn phí

-fetemp (300)
Nhiệt độ tham chiếu để tính toán năng lượng miễn phí

-số không (0)
Trừ năng lượng điểm XNUMX

- [không] tổng (không)
Tính tổng các thuật ngữ năng lượng đã chọn thay vì hiển thị tất cả chúng

- [không] dp (không)
In năng lượng với độ chính xác cao

-nbmin (5)
Số khối tối thiểu để ước tính lỗi

-nbmax (5)
Số khối tối đa để ước tính lỗi

- [không] đột biến (không)
Tính tổng mômen lưỡng cực từ các thành phần

-nhảy (0)
Bỏ qua số khung hình giữa các điểm dữ liệu

- [không] aver (không)
Đồng thời in giá trị trung bình và rmsd chính xác được lưu trữ trong các khung năng lượng (chỉ khi 1 số hạng
được yêu cầu)

-nmol (1)
Số phân tử trong mẫu của bạn: năng lượng được chia cho số này

- [không] Flagship (không)
Tính toán các thuộc tính dựa trên sự dao động năng lượng, như nhiệt dung

- [không] trôi dạt (không)
Chỉ hữu ích cho các tính toán về tính chất dao động. Sự trôi dạt trong
các giá trị quan sát sẽ được trừ đi trước khi tính toán các thuộc tính dao động.

- [không] fluc (không)
Tính toán tự tương quan của dao động năng lượng hơn là năng lượng của chính nó

- [không] orinst (không)
Phân tích dữ liệu định hướng tức thời

- [không] ovec (không)
Cũng vẽ các eigenvectors với -oten

-acflen (-1)
Độ dài của ACF, mặc định là một nửa số khung hình

- [không] bình thường hóa (Đúng)
Chuẩn hóa ACF

-P (0)
Thứ tự của đa thức Legendre cho ACF (0 cho biết không có): 0, 1, 2, 3

-fitfn (None)
Hàm Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-bắt đầu (0)
Thời gian bắt đầu sự phù hợp theo cấp số nhân của hàm tương quan

-endfit (-1)
Thời gian kết thúc sự phù hợp theo cấp số nhân của hàm tương quan, -1 là cho đến khi
cuối

Sử dụng gmx-energy trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net