Đây là lệnh gmx-nmtraj có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-nmtraj - Tạo quỹ đạo dao động ảo từ thiết bị định vị
SYNOPSIS
gmx nmtraj [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-người nước ngoài ]
[-giai đoạn ] [-nhân viên bán thời gian ] [-mặt bằng ]
[-nframe ]
MÔ TẢ
GMX nmtraj tạo ra một quỹ đạo ảo từ một eigenvector, tương ứng với một
dao động điều hòa Descartes xung quanh cấu trúc trung bình. Các eigenvectors nên
thường có trọng số theo khối lượng, nhưng bạn có thể sử dụng các thiết bị định vị không trọng số để tạo
chuyển động trực giao. Các khung đầu ra được viết dưới dạng tệp quỹ đạo bao gồm toàn bộ
và khung đầu tiên là cấu trúc trung bình. Nếu bạn viết quỹ đạo trong (hoặc
chuyển đổi sang) định dạng PDB bạn có thể xem trực tiếp trong PyMol và cũng hiển thị hình ảnh thực tế
bộ phim. Biên độ chuyển động được tính toán từ các giá trị riêng và nhiệt độ đặt trước,
giả sử phân vùng năng lượng trên tất cả các chế độ. Để hiển thị rõ ràng chuyển động trong
Bạn có thể muốn khuếch đại PyMol bằng cách đặt nhiệt độ cao không thực tế.
Tuy nhiên, hãy lưu ý rằng cả chuyển vị Descartes tuyến tính và trọng số khối lượng sẽ
dẫn đến biến dạng cấu trúc nghiêm trọng đối với biên độ cao - đây chỉ đơn giản là một hạn chế
của mô hình chế độ chuẩn Descartes. Theo mặc định, eigenvector đã chọn được đặt thành 7, vì
sáu chế độ thông thường đầu tiên là bậc tự do tịnh tiến và quay.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (nmtraj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr Gro g96 pdb tng
Các lựa chọn khác:
-người nước ngoài (7)
Chuỗi eigenvectors để sử dụng (đầu tiên là 1)
-giai đoạn (0.0)
Chuỗi các pha (mặc định là 0.0)
-nhân viên bán thời gian (300)
Nhiệt độ (K)
-mặt bằng (0.25)
Biên độ cho các chế độ có eigenvalue <= 0
-nframe (30)
Số lượng khung hình để tạo
Sử dụng gmx-nmtraj trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
