gmx-rmsf - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-rmsf - Tính dao động nguyên tử

SYNOPSIS

gmx rmsf [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-con bò đực [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-dir [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[hiện nay] [-xvg ] [- [không] res]
[- [không] aniso] [-[không phù hợp]

MÔ TẢ

GMX rmsf tính toán dao động bình phương trung bình cơ bản (RMSF, tức là độ lệch chuẩn) của
vị trí nguyên tử trong quỹ đạo (được cung cấp với -f) sau khi (tùy chọn) phù hợp với
hệ quy chiếu (được cung cấp cùng với -s).

với tùy chọn -oq các giá trị RMSF được chuyển đổi thành các giá trị B-factor, được ghi vào
.pdb tệp có tọa độ, tệp cấu trúc hoặc của một .pdb nộp khi nào -q is
được chỉ định. Lựa chọn -con bò đực ghi các hệ số B vào một tệp có tọa độ trung bình.

Với tùy chọn -od độ lệch bình phương trung bình gốc đối với cấu trúc tham chiếu
được tính toán.

Với tùy chọn -aniso, GMX rmsf sẽ tính toán các yếu tố nhiệt độ dị hướng và sau đó nó
cũng sẽ xuất ra tọa độ trung bình và .pdb tệp với các bản ghi ANISOU (liên quan đến
các -oq or -con bò đực Lựa chọn). Xin lưu ý rằng các giá trị U phụ thuộc vào định hướng, vì vậy trước đây
so sánh với dữ liệu thử nghiệm, bạn nên xác minh rằng bạn phù hợp với thử nghiệm
tọa độ.

Khi một .pdb tệp đầu vào được chuyển đến chương trình và -aniso cờ được thiết lập một mối tương quan
đồ thị của Uij sẽ được tạo ra, nếu có bất kỳ yếu tố nhiệt độ dị hướng nào trong
.pdb tập tin.

với tùy chọn -dir ma trận MSF (3x3) trung bình được chéo hóa. Điều này cho thấy các chỉ đường
trong đó nguyên tử dao động mạnh nhất và ít nhất.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Tùy chọn)
Tệp ngân hàng dữ liệu protein

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Tùy chọn)
Tệp ngân hàng dữ liệu protein

-con bò đực [<.pdb>] (xaver.pdb) (Tùy chọn)
Tệp ngân hàng dữ liệu protein

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-oc [<.xvg>] (tương quan.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-dir [<.log>] (rmsf.log) (Tùy chọn)
Tệp nhật ký

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

- [không] res (không)
Tính giá trị trung bình cho mỗi phần dư

- [không] aniso (không)
Tính toán các hệ số nhiệt độ đất không đẳng hướng

-[không phù hợp (Đúng)
Thực hiện chồng chất bình phương nhỏ nhất trước khi tính toán RMSF. Nếu không có cái này, bạn phải làm
đảm bảo rằng cấu trúc tham chiếu và quỹ đạo khớp nhau.

Sử dụng gmx-rmsf trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net