Đây là lệnh gmx-rotacf có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-rotacf - Tính hàm tương quan quay cho các phân tử
SYNOPSIS
gmx rotacf [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[hiện nay] [-xvg ] [- [không] d] [- [không] aver]
[-acflen ] [- [không] bình thường hóa] [-P ]
[-fitfn ] [-bắt đầu ] [-endfit ]
MÔ TẢ
GMX rotacf tính toán hàm tương quan quay cho các phân tử. Bộ ba nguyên tử
(i,j,k) phải được đưa ra trong tệp chỉ mục, xác định hai vectơ ij và jk. Việc quay
ACF được tính là hàm tự tương quan của vectơ n = ij x jk, tức là
tích chéo của hai vectơ. Vì ba nguyên tử nằm trên một mặt phẳng nên thứ tự của ba nguyên tử
nguyên tử không quan trọng. Tùy chọn, bằng cách gọi -d chuyển đổi, bạn có thể tính toán
hàm tương quan quay cho các phân tử tuyến tính bằng cách xác định cặp nguyên tử (i,j) trong
tệp chỉ mục.
VÍ DỤ
GMX rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n chỉ số -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -bắt đầu 2.5
-endfit 20.0
Điều này sẽ tính toán hàm tương quan quay bằng cách sử dụng Legendre bậc nhất
đa thức góc của vectơ được xác định bởi tệp chỉ mục. Hàm tương quan
sẽ được trang bị từ 2.5 ps cho đến 20.0 ps theo hàm mũ hai tham số.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Tệp chỉ mục
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
tệp xvgr / xmgr
Các lựa chọn khác:
-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo
-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo
-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)
-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin
-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có
- [không] d (không)
Sử dụng bộ đôi chỉ số (vectơ) cho hàm tương quan thay vì bộ ba (mặt phẳng)
- [không] aver (Đúng)
Trung bình trên phân tử
-acflen (-1)
Độ dài của ACF, mặc định là một nửa số khung hình
- [không] bình thường hóa (Đúng)
Chuẩn hóa ACF
-P (0)
Thứ tự của đa thức Legendre cho ACF (0 cho biết không có): 0, 1, 2, 3
-fitfn (None)
Hàm Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-bắt đầu (0)
Thời gian bắt đầu sự phù hợp theo cấp số nhân của hàm tương quan
-endfit (-1)
Thời gian kết thúc sự phù hợp theo cấp số nhân của hàm tương quan, -1 là cho đến khi
cuối
Sử dụng gmx-rotacf trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
