gmx-spatial - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-spatial - Tính hàm phân bố không gian

SYNOPSIS

không gian gmx [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[hiện nay] [- [không] pbc]
[-[không]div] [-ký hiệu ] [-thùng rác ] [-nab ]

MÔ TẢ

GMX Không gian tính toán hàm phân bố không gian và xuất nó dưới dạng có thể
được VMD đọc dưới dạng khối Gaussian98. Đối với hệ thống gồm 32,000 nguyên tử và 50 ns
quỹ đạo, SDF có thể được tạo ra trong khoảng 30 phút, với phần lớn thời gian dành riêng cho
để hai người chạy qua trjconv được yêu cầu để tập trung mọi thứ đúng cách. Cái này
cũng chiếm rất nhiều không gian (3 bản sao của tệp quỹ đạo). Tuy vậy, những hình ảnh
đều đẹp và rất nhiều thông tin khi việc lựa chọn phù hợp được thực hiện đúng cách. 3-4 nguyên tử trong
một nhóm di động rộng rãi (như axit amin tự do trong dung dịch) hoạt động tốt hoặc chọn
xương sống protein ở dạng cấu trúc gấp ổn định để thu được SDF của dung môi và xem xét
vỏ hòa tan trung bình theo thời gian. Cũng có thể sử dụng chương trình này để tạo SDF
dựa trên một số tọa độ Descartes tùy ý. Để làm điều đó, chỉ cần bỏ qua phần sơ bộ GMX
trjconv các bước.

Cách sử dụng:

1. Sử dụng GMX make_ndx để tạo một nhóm chứa các nguyên tử xung quanh mà bạn muốn SDF

2. GMX trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter tric -của chúng tôi nhỏ gọn -pbc không ai

3. GMX trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -Phù hợp thối+trans

4. chạy GMX Không gian trên c.tng đầu ra của bước # 3.

5. Tải lưới.cube vào VMD và xem như một bề mặt đẳng hướng.

Chú thích mà các hệ thống như mixen sẽ yêu cầu GMX trjconv -pbc cụm giữa bước 1
và 2.

Cảnh báo
SDF sẽ được tạo cho một khối chứa tất cả các thùng có một số giá trị khác 0
chiếm chỗ. Tuy nhiên, việc chuẩn bị -Phù hợp thối+trans tùy chọn để GMX trjconv ngụ ý rằng
hệ thống của bạn sẽ quay và dịch chuyển trong không gian (để nhóm được chọn
không làm). Do đó, các giá trị được trả về sẽ chỉ hợp lệ đối với một số vùng
xung quanh nhóm/tọa độ trung tâm của bạn có sự trùng lặp hoàn toàn với âm lượng hệ thống xuyên suốt
toàn bộ hệ thống được dịch chuyển/quay trong suốt quỹ đạo. Nó tùy thuộc vào
người dùng để đảm bảo rằng đây là trường hợp.

Rủi ro lựa chọn
Để giảm lượng không gian và thời gian cần thiết, bạn chỉ có thể xuất ra các dây
sẽ được sử dụng trong lần chạy đầu tiên và tiếp theo GMX trjconv. Tuy nhiên, hãy chắc chắn
thiết lập -nab tùy chọn có giá trị đủ cao do bộ nhớ được phân bổ cho các thùng hình khối
dựa vào tọa độ ban đầu và -nab giá trị tùy chọn.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

- [không] pbc (không)
Sử dụng các điều kiện biên tuần hoàn cho khoảng cách tính toán

-[không]div (Đúng)
Tính toán và áp dụng ước số cho sức chứa thùng dựa trên nguyên tử/khối tối thiểu
kích cỡ. Đặt là TRUE để hiển thị và là FALSE (-nodiv) để có được số đếm chính xác
mỗi khung hình

-ký hiệu (-1)
Không hiển thị số khối bên ngoài này (giá trị dương có thể làm giảm ranh giới
đốm; -1 đảm bảo có thể nhìn thấy bề mặt bên ngoài)

-thùng rác (0.05)
Chiều rộng của thùng (nm)

-nab (4)
Số lượng thùng bổ sung để đảm bảo phân bổ bộ nhớ thích hợp

Được biết đến CÁC VẤN ĐỀ

· Khi bộ nhớ được phân bổ không đủ lớn, có thể xảy ra lỗi phân đoạn. Đây là
thường được phát hiện và chương trình bị dừng trước khi xảy ra lỗi đồng thời hiển thị cảnh báo
thông báo gợi ý sử dụng -nab Tùy chọn (Số thùng bổ sung). Tuy nhiên,
chương trình không phát hiện tất cả các sự kiện như vậy. Nếu bạn gặp lỗi phân đoạn, hãy chạy nó
một lần nữa với sự gia tăng -nab giá trị.

Sử dụng gmx-spatial trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net