go-filter-subsetp - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

go-filter-subset.pl - trích xuất một đồ thị con từ một tệp bản thể học

SYNOPSIS

go-filter-subset.pl -id GO: 0003767 go.obo

go-filter-subset.pl -id GO: 0003767 -to png go.obo | xv -

go-filter-subset.pl -filter_code 'sub {shift-> name = ~ / transcr /}' go.obo

MÔ TẢ

Xuất một tập hợp con của bản thể luận từ một tệp. Tập hợp con có thể dựa trên một tập hợp cụ thể của
ID, bộ lọc "tập hợp con" đặt trước trong tệp ontology (ví dụ: GO "slim" hoặc tập hợp con) hoặc người dùng-
bộ lọc xác định.

Tập hợp con có thể được xuất ở bất kỳ định dạng nào, bao gồm cả hình ảnh đồ họa

TRANH LUẬN

-tôi đã làm
ID để sử dụng làm nút lá trong đồ thị con. Tất cả tổ tiên của ID này được bao gồm trong
đồ thị đã xuất (trừ khi -partial được đặt)

Nhiều ID có thể được thông qua

-id ID1 -id ID2 -id ID3 .... vv

-bộ phụ kiện SUBSET_ID
Trích xuất một tập hợp con được đặt tên từ tệp bản thể học. (chỉ hoạt động với các tệp định dạng obo).
Ví dụ, một GO slim cụ thể

CHỈ các thuật ngữ thuộc tập hợp con được xuất - tùy chọn -partial được tự động
định

-không gian tên NAMESPACE
chỉ các điều khoản trong không gian tên này

-filter_code TIỂU HỌC
tiên tiến tùy chọn

Một chương trình con mà đối tượng GO :: Model :: Term được kiểm tra để đưa vào
đồ thị con (tất cả tổ tiên được tự động đưa vào)

Bạn nên hiểu về mô hình đối tượng go-perl trước khi sử dụng tùy chọn này

Ví dụ:

go-filter-subset -filter_code 'sub {shift-> namespace eq'cular_ precision'} 'go.obo

(những điều tương tự có thể đạt được với tùy chọn -namespace)

-một phần
Nếu điều này được đặt, thì chỉ những thuật ngữ phù hợp với truy vấn của người dùng mới được đưa vào. Nguồn gốc là
đặt thành nút cha đệ quy tiếp theo trong bộ lọc

Ví dụ: với tùy chọn-tập hợp con: nếu X và Y thuộc tập hợp con và Z không thuộc tập hợp con,
và X is_a Z is_a Y, khi đó biểu đồ xuất vớih có X is_a Y

-use_cache
Nếu công tắc này được chỉ định, thì chế độ bộ nhớ đệm được bật.

Với chế độ bộ nhớ đệm, lần đầu tiên bạn phân tích cú pháp một tệp, sau đó một tệp bổ sung sẽ
được xuất ở định dạng đặc biệt để phân tích cú pháp nhanh. Tệp này sẽ có cùng một
tên tệp là tệp gốc, ngoại trừ nó sẽ có hậu tố ".cache".

Lần tới khi bạn phân tích cú pháp tệp, chương trình này sẽ tự động kiểm tra
sự tồn tại của tệp ".cache". Nếu nó tồn tại và gần đây hơn tệp bạn
được chỉ định, điều này được phân tích cú pháp thay thế. Nếu nó không tồn tại, nó được xây dựng lại.

TÀI LIỆU
<http://www.godatabase.org/dev>

Sử dụng go-filter-subsetp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net