Đây là lệnh gt-chseqids có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gt-chseqids - Thay đổi id trình tự bằng ánh xạ được đưa ra trong tệp ánh xạ.
SYNOPSIS
gt chseqids [tùy chọn ...] mapping_file [GFF3_file]
MÔ TẢ
-loại [có | không]
sắp xếp các tính năng GFF3 sau khi thay đổi id trình tự (mức tiêu thụ bộ nhớ là
tỷ lệ với kích thước tệp đầu vào) (mặc định: không)
-v [có | không]
dài dòng (mặc định: không)
-o [tên tập tin]
chuyển hướng đầu ra đến tệp được chỉ định (mặc định: không xác định)
-gzip [có | không]
ghi tệp đầu ra nén gzip (mặc định: không)
-bzip2 [có | không]
ghi tệp đầu ra nén bzip2 (mặc định: không)
-lực lượng [có | không]
buộc ghi vào tệp đầu ra (mặc định: không)
-Cứu giúp
hiển thị trợ giúp và thoát
-phiên bản
thông tin phiên bản màn hình và thoát
Định dạng tệp cho mapping_file:
Tệp ánh xạ được cung cấp xác định một bảng ánh xạ có tên là “chseqids”. Nó lập bản đồ
các mục nhập vùng trình tự được cung cấp trong GFF3_file cho các tên khác. Nó có thể được định nghĩa là
sau:
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
Khi ví dụ này được sử dụng, tất cả id trình tự “chr1” sẽ được thay đổi thành “seq1” và tất cả
id chuỗi “chr2” thành “seq2”.
BÁO CÁO GIỎI
Báo cáo lỗi cho[email được bảo vệ]>.
Sử dụng gt-chseqids trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
