gt-csa - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gt-csa - Chuyển đổi các căn chỉnh ghép từ tệp GFF3 thành các căn chỉnh ghép đồng thuận.

SYNOPSIS

gt CSA [tùy chọn ...] [GFF3_file]

MÔ TẢ

-join-length [giá trị]
đặt độ dài nối cho cụm căn chỉnh được ghép (mặc định: 300)

-v [có | không]
dài dòng (mặc định: không)

-o [tên tập tin]
chuyển hướng đầu ra đến tệp được chỉ định (mặc định: không xác định)

-gzip [có | không]
ghi tệp đầu ra nén gzip (mặc định: không)

-bzip2 [có | không]
ghi tệp đầu ra nén bzip2 (mặc định: không)

-lực lượng [có | không]
buộc ghi vào tệp đầu ra (mặc định: không)

-Cứu giúp
hiển thị trợ giúp và thoát

-phiên bản
thông tin phiên bản màn hình và thoát

THÍ DỤ:

Giả sử chúng ta có tệp GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 chứa
theo bốn sắp xếp nối chồng lên nhau (được biểu diễn dưới dạng gen với các exon là
những đứa trẻ):

## gff-phiên bản 3
##vùng tuần tự thứ 1 290
seq . gen 1 209 . + . ID=gen1
seq . exon 1 90 . + . Cha mẹ=gen1
seq . exon 110 190 . + . Cha mẹ=gen1
seq . exon 201 209 . + . Cha mẹ=gen1
# # #
seq . gen 1 290 . + . ID=gen2
seq . exon 1 90 . + . Cha mẹ=gen2
seq . exon 101 190 . + . Cha mẹ=gen2
seq . exon 201 290 . + . Cha mẹ=gen2
# # #
seq . gen 10 290 . + . ID=gen3
seq . exon 10 90 . + . Cha mẹ=gen3
seq . exon 110 190 . + . Cha mẹ=gen3
seq . exon 201 290 . + . Cha mẹ=gen3
# # #
seq . gen 181 290 . + . ID=gen4
seq . exon 181 190 . + . Cha mẹ=gen4
seq . exon 201 290 . + . Cha mẹ=gen4
# # #

Để tính toán sự sắp xếp ghép đồng thuận, chúng tôi gọi:

$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3

Trả về:

## gff-phiên bản 3
##vùng tuần tự thứ 1 290
gen seq gt csa 1 290 . + . ID=gen1
seq gt csa mRNA 1 290 . + . ID=mRNA1;Cha mẹ=gen1
seq gt csa exon 1 90 . + . Cha mẹ=mRNA1
seq gt csa exon 110 190 . + . Cha mẹ=mRNA1
seq gt csa exon 201 290 . + . Cha mẹ=mRNA1
seq gt csa mRNA 1 290 . + . ID=mRNA2;Cha mẹ=gen1
seq gt csa exon 1 90 . + . Cha mẹ=mRNA2
seq gt csa exon 101 190 . + . Cha mẹ=mRNA2
seq gt csa exon 201 290 . + . Cha mẹ=mRNA2
# # #

Như người ta có thể thấy, chúng đã được kết hợp thành một liên kết nối đồng thuận (được biểu thị dưới dạng
các gen có mRNA ở giai đoạn con và có các exon ở giai đoạn con) với hai gen thay thế
các hình thức ghép nối. Căn chỉnh nối thứ nhất và thứ ba đã được kết hợp thành căn chỉnh đầu tiên
dạng mối nối thay thế (mRNA1) và sự liên kết nối thứ hai và thứ tư thành
dạng mối nối thay thế thứ hai (mRNA2).

Như người ta có thể thấy, exon thứ hai từ dạng mối nối thay thế thứ nhất ngắn hơn exon
exon tương ứng từ dạng mối nối thay thế thứ hai.

BÁO CÁO GIỎI

Báo cáo lỗi cho[email được bảo vệ]>.

Sử dụng gt-csa trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net