gt-genomediff - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gt-genomediff - Tính Kr: khoảng cách theo cặp giữa các bộ gen.

SYNOPSIS

gt bộ gen [tùy chọn ...] (INDEX | -indexname TÊN SEQFILE SEQFILE...)

MÔ TẢ

-indextype [...]
chỉ định loại chỉ mục, một trong: esa|pck|encseq. Trong đó encseq là một chuỗi được mã hóa và
một mảng hậu tố nâng cao sẽ chỉ được xây dựng trong bộ nhớ. (mặc định: encseq)

-tên chỉ mục [chuỗi]
Tên cơ sở của encseq để xây dựng. (mặc định: không xác định)

-tập tin đơn vị [tên tập tin]
chỉ định các đơn vị gen, xem bên dưới để biết mô tả. (mặc định: không xác định)

-gương [có | không]
hầu như nối phần bổ sung ngược của mỗi chuỗi (mặc định: không)

-pl [giá trị]
chỉ định độ dài tiền tố cho đề xuất sắp xếp nhóm: sử dụng không có đối số; sau đó một
độ dài tiền tố hợp lý được xác định tự động. (mặc định: 0)

-dc [giá trị]
chỉ định giá trị che chênh lệch (mặc định: 0)

-memlimit [chuỗi]
chỉ định lượng bộ nhớ tối đa sẽ được sử dụng trong quá trình xây dựng chỉ mục (tính bằng byte,
từ khóa MB và GB được phép) (mặc định: không xác định)

-quét [có | không]
không tải chỉ mục esa mà quét tuần tự. (mặc định: có)

-thr [giá trị]
Ngưỡng chênh lệch (du, dl) trong tính toán phân kỳ. mặc định: 1e-9

-abs_err [giá trị]
lỗi tuyệt đối cho phép tính shulen dự kiến. mặc định: 1e-5

-rel_err [giá trị]
lỗi tương đối khi tính toán shulen dự kiến. mặc định: 1e-3

-M [giá trị]
ngưỡng logarit tối thiểu. mặc định: DBL_MIN

-v [có | không]
dài dòng (mặc định: không)

-Cứu giúp
hiển thị trợ giúp cho các tùy chọn cơ bản và thoát

-help +
hiển thị trợ giúp cho tất cả các tùy chọn và thoát

-phiên bản
thông tin phiên bản màn hình và thoát

Công cụ bộ gen chỉ chấp nhận đầu vào DNA.

Khi được sử dụng với các tệp trình tự hoặc encseq, một mảng hậu tố nâng cao sẽ được tích hợp trong bộ nhớ.
ESA sẽ không được tạo ra hoàn toàn nhưng việc xây dựng sẽ sử dụng -memlimit như một ngưỡng
và xây dựng từng phần, tính toán chiều dài Shu cho từng phần.

Định dạng tệp cho tùy chọn -tập tin đơn vị (theo cú pháp Lua):

đơn vị = {
gen1 = { "path/file1.fa", "file2.fa" },
gen2 = { "file3.fa", "path/file4.fa" }
}

Cung cấp đường dẫn đến các tệp như chúng được cung cấp cho công cụ encseq! Bạn có thể dùng

$ gt thông tin encseq INDEXNAME

để có được danh sách các tập tin theo trình tự được mã hóa.

Dòng chú thích trong Lua bắt đầu bằng -- và sẽ bị bỏ qua.

Xem GTDIR/testdata/genomediff/unitfile1.lua để biết ví dụ.

Các lựa chọn -pl, -dc và -memlimit là những lựa chọn để tác động đến việc xây dựng ESA.

BÁO CÁO GIỎI

Báo cáo lỗi cho[email được bảo vệ]>.

Sử dụng gt-genomediff trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net