Đây là lệnh gt-tirvish có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gt-tirvish - Xác định các phần tử lặp lại ngược đầu cuối (TIR), chẳng hạn như các chuyển vị DNA.
SYNOPSIS
gt có mùi hôi thối [tùy chọn ...] -chỉ mục INDEXNAME
MÔ TẢ
-mục lục [chuỗi]
chỉ định tên của chỉ mục mảng hậu tố nâng cao (bắt buộc) (mặc định: không xác định)
-hạt giống [giá trị]
chỉ định độ dài hạt giống tối thiểu cho các lần lặp lại chính xác (mặc định: 20)
-mintirlen [giá trị]
chỉ định độ dài tối thiểu cho mỗi TIR (mặc định: 100)
-maxtirlen [giá trị]
chỉ định độ dài tối đa cho mỗi TIR (mặc định: 1000)
- bác sĩ chăm sóc sức khỏe [giá trị]
chỉ định khoảng cách tối thiểu của các TIR (mặc định: 500)
-các bác sĩ tối đa [giá trị]
chỉ định khoảng cách tối đa của TIR (mặc định: 10000)
-chiếu [giá trị]
chỉ định tỷ số phù hợp để căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: 2)
-mi [giá trị]
chỉ định điểm không phù hợp cho căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: -2)
-in [giá trị]
chỉ định điểm chèn cho căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: -3)
-các [giá trị]
chỉ định điểm xóa cho căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: -3)
-xdrop [giá trị]
chỉ định xdropbelowscore để căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: 5)
-giống [giá trị]
chỉ định ngưỡng tương tự TIR trong phạm vi [1..100%] (mặc định: 85.000000)
-chồng chéo [...]
chỉ định không có | tốt nhất | dài nhất | tất cả (mặc định: tốt nhất)
-mintsd [giá trị]
chỉ định độ dài tối thiểu cho mỗi TSD (mặc định: 2)
-maxtsd [giá trị]
chỉ định độ dài tối đa cho mỗi TSD (mặc định: 11)
-vic [giá trị]
xác định số lượng nuclêôtit (bên trái và bên phải) sẽ được tìm kiếm
cho TSD xung quanh ranh giới 5 'và 3' của TIR dự đoán (mặc định: 60)
-hừm
cấu hình các mô hình HMM để phát hiện miền (phân tách bằng dấu cách, kết thúc bằng -) trong HMMER3
định dạng Bỏ qua tùy chọn này để tắt tìm kiếm pHMM.
-pdomevalcutoff [giá trị]
giới hạn giá trị E toàn cầu cho tìm kiếm pHMM mặc định 1E-6
-pdomcutoff [...]
điểm giới hạn dành cho mô hình cụ thể chọn từ TC (ngưỡng đáng tin cậy) | GA (giới hạn thu thập) |
KHÔNG (không có giới hạn) (mặc định: GA)
-maxgaplen [giá trị]
kích thước khoảng cách tối đa cho phép giữa các đoạn (trong axit amin) khi chuỗi chạm pHMM
cho miền protein (mặc định: 50)
-refseq [chuỗi]
chỉ định tên của trình tự gen để quét các ứng cử viên bên trong (mặc định:
không xác định)
-seqid [có | không]
sử dụng mô tả trình tự thay vì số thứ tự trong đầu ra GFF3 (mặc định: có)
-md5 [có | không]
thêm băm MD5 vào seqid trong đầu ra GFF3 (mặc định: không)
-Cứu giúp
hiển thị trợ giúp cho các tùy chọn cơ bản và thoát
-help +
hiển thị trợ giúp cho tất cả các tùy chọn và thoát
-phiên bản
thông tin phiên bản màn hình và thoát
BÁO CÁO GIỎI
Báo cáo lỗi cho[email được bảo vệ]>.
Sử dụng gt-tirvish trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
