gtf2gff3p - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gtf2gff3 - Chuyển đổi các tệp có định dạng GTF thành tệp GFF3 hợp lệ

PHIÊN BẢN

Tài liệu này mô tả phiên bản 0.1

SYNOPSIS

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

MÔ TẢ

Tập lệnh này sẽ chuyển đổi các tệp có định dạng GTF thành các tệp có định dạng GFF3 hợp lệ. Nó sẽ lập bản đồ
giá trị trong cột 3 (cột \"loại\") thành SO hợp lệ, nhưng vì có nhiều thuật ngữ không chuẩn
có thể xuất hiện trong cột đó trong tệp GTF, bạn có thể chỉnh sửa tệp cấu hình để cung cấp cho riêng mình
Tính năng GTF để ánh xạ SO. Kịch bản cũng sẽ xây dựng các mô hình gen từ exon, CDS và
các tính năng khác được đưa ra trong tệp GTF. Nó hiện đang được thử nghiệm trên Ensemble và Twinscan
GTF và nó sẽ hoạt động trên mọi tệp khác tuân theo cùng thông số kỹ thuật. Nó có
không hoạt động trên GTF từ trình duyệt bảng UCSC vì những tệp đó sử dụng cùng một ID cho gen
và bản phiên mã, do đó không thể nhóm nhiều bản phiên mã vào một gen. Xem
README đi kèm với tập lệnh để biết thêm thông tin.

TÙY CHỌN:

--cfg
Cung cấp tên tệp cho tệp cấu hình. Xem tập tin cấu hình được cung cấp kèm theo
tập lệnh để biết chi tiết định dạng. Sử dụng tập tin cấu hình này để sửa đổi hành vi của
kịch bản. Nếu không có tệp cấu hình nào được cung cấp, nó sẽ tìm ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg theo thứ tự đó.

--Cứu giúp
Cung cấp thông báo trợ giúp về kiểu trang man chi tiết và sau đó thoát.

CHẨN ĐOÁN

"LỖI: Thuộc tính bị thiếu hoặc không chuẩn: pars_attributes"
Một dòng trong tệp GTF không có bất kỳ thuộc tính nào hoặc cột thuộc tính của nó bị
không thể phân tích được.

"LỖI: Tính năng gen không phiên mã không được hỗ trợ. Vui lòng liên hệ tác giả để được hỗ trợ:
build_gene"
Cảnh báo này chỉ ra rằng một dòng đã bị bỏ qua vì nó chứa một bản ghi không được ghi lại
tính năng gen và mã hiện không được trang bị để xử lý loại tính năng này.
Điều này có lẽ không quá khó để thêm vào, vì vậy hãy liên hệ với tôi nếu bạn gặp lỗi này và sẽ
muốn được hỗ trợ những tính năng này.

"LỖI: Phải có ít nhất exon hoặc CDS để tạo bản phiên mã: build_trnsc"
Một số tính năng có một bản ghi_id nhưng không có exon hoặc CDS nào được liên kết với
Transcript_id đó nên tập lệnh không tạo được bản ghi.

"LỖI: xung đột seq_id: xác thực_and_finish_trnsc"
Đã tìm thấy hai tính năng trong cùng một bản ghi không có cùng seq_id.

"LỖI: xung đột nguồn: valid_and_finish_trnsc"
Đã tìm thấy hai đặc điểm trong cùng một bản ghi không có cùng nguồn.

"LỖI: xung đột loại: xác thực_and_finish_trnsc"
Đã tìm thấy hai tính năng trong cùng một bản ghi được mong đợi có cùng điểm chung
gõ nhưng họ đã không làm vậy.

"LỖI: xung đột sợi: valid_and_finish_trnsc"
Đã tìm thấy hai đặc điểm trong cùng một bản ghi không có cùng một chuỗi.

"LỖI: xung đột seq_id: xác thực_and_build_gene"
Đã tìm thấy hai đặc điểm trong cùng một gen không có cùng seq_id.

"LỖI: xung đột nguồn: valid_and_build_gene"
Tìm thấy hai đặc điểm trong cùng một gen nhưng không có cùng nguồn gốc.

"LỖI: xung đột sợi: valid_and_build_gene"
Tìm thấy hai đặc điểm trong cùng một gen nhưng không có chung một chuỗi.

"LỖI: xung đột gen_id: xác thực_and_build_gene"
Đã tìm thấy hai đặc điểm trong cùng một gen nhưng không có cùng gen_id.

"LỚN: Không thể mở tệp GTF: file_name để đọc."
Không thể mở tệp GTF để đọc.

"TUYỆT VỜI: Cần exon hoặc CDS để xây dựng bản ghi: process_start"
Tính năng start_codon đã được chú thích nhưng không có exon hoặc CDS nào được liên kết
với Transcript_id đó nên tập lệnh không thành công.

"TUYỆT VỜI: Mã chưa được kiểm tra trong quá trình_bắt đầu. Hãy liên hệ với tác giả để được hỗ trợ."
Tập lệnh được viết để suy ra codon khởi đầu dựa trên sự hiện diện của UTR 5', nhưng chúng tôi
không có GTF mẫu nào thuộc loại này khi chúng tôi viết mã, vì vậy thay vào đó chúng tôi đã giết chết tiến trình
hơn là chạy mã chưa được kiểm tra. Liên hệ với tác giả để được hỗ trợ.

"FATAL: Bộ tính năng không hợp lệ: process_start"
Chúng tôi đã cố gắng xem xét tất cả các cách có thể để suy ra codon khởi đầu hoặc suy ra một mã không phải
gen mã hóa, nhưng chúng tôi đã thất bại. Sự kết hợp các đặc điểm gen của bạn không tạo nên
có ý nghĩa với chúng tôi. Bạn sẽ không bao giờ gặp phải lỗi này và nếu bạn gặp phải, chúng tôi thực sự muốn thấy
tệp GTF đã tạo ra nó. Hãy liên hệ với tác giả để được hỗ trợ.

"TUYỆT VỜI: Cần exon hoặc CDS để xây dựng bản ghi: process_stop"
Tính năng stop_codon đã được chú thích nhưng không có exon hoặc CDS nào được liên kết với
Transcript_id đó nên tập lệnh không thành công.

"FATAL: Mã chưa được kiểm tra trong process_stop. Hãy liên hệ với tác giả để được hỗ trợ."
Tập lệnh được viết để suy ra codon dừng dựa trên sự hiện diện của UTR 3', nhưng chúng tôi
không có GTF mẫu nào thuộc loại này khi chúng tôi viết mã, vì vậy thay vào đó chúng tôi đã giết chết tiến trình
hơn là chạy mã chưa được kiểm tra. Liên hệ với tác giả để được hỗ trợ.

"FATAL: Bộ tính năng không hợp lệ: process_stop"
Chúng tôi đã cố gắng xem xét tất cả các cách có thể để suy ra codon dừng hoặc suy ra một mã không phải
gen mã hóa, nhưng chúng tôi đã thất bại. Sự kết hợp các đặc điểm gen của bạn không tạo nên
có ý nghĩa với chúng tôi. Bạn sẽ không bao giờ gặp phải lỗi này và nếu bạn gặp phải, chúng tôi thực sự muốn thấy
tệp GTF đã tạo ra nó. Hãy liên hệ với tác giả để được hỗ trợ.

"FATAL: Bộ tính năng không hợp lệ: process_exon_CDS_UTR"
Chúng tôi đã cố gắng xem xét tất cả các cách có thể để suy ra exon, CDS và UTR nhưng chúng tôi đã
thất bại. Sự kết hợp các đặc điểm gen của bạn không có ý nghĩa gì với chúng tôi. Bạn thực sự
sẽ gặp phải lỗi này và nếu bạn gặp phải, chúng tôi thực sự muốn xem tệp GTF
đã tạo ra nó. Hãy liên hệ với tác giả để được hỗ trợ.

"TUYỆT VỜI: Yêu cầu tham chiếu mảng: Sort_features."
Người dùng không thể kích hoạt lỗi này. Nó gần như chắc chắn chỉ ra một
lỗi phần mềm. Vui lòng liên hệ với tác giả.

"TUYỆT VỜI: Không thể xác định chuỗi trong: Sort_feature_types."
Điều này có thể chỉ ra rằng tệp GTF của bạn không chỉ ra chuỗi các tính năng
yêu cầu nó. Nó cũng có thể chỉ ra một lỗi phần mềm. Vui lòng liên hệ với tác giả.

"TUYỆT VỜI: Yêu cầu tham chiếu băm: Sort_feature_types."
Người dùng không thể kích hoạt lỗi này. Nó gần như chắc chắn chỉ ra một
lỗi phần mềm. Vui lòng liên hệ với tác giả.

"FATAL: Giá trị không hợp lệ được truyền cho chuỗi: chuỗi."
Điều này có thể chỉ ra rằng tệp GTF của bạn không chỉ ra chuỗi các tính năng
yêu cầu nó. Hãy cân nhắc sử dụng tham số DEFAULT_STRAND trong tệp cấu hình. Nó có thể
cũng báo lỗi phần mềm. Vui lòng liên hệ với tác giả.

CẤU HÌNH VÀ MÔI TRƯỜNG

Một tập tin cấu hình được cung cấp cùng với tập lệnh này. Kịch bản sẽ tìm kiếm điều đó
tệp cấu hình trong ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg hoặc /etc/gtf2gff3.cfg theo thứ tự đó.
Nếu không tìm thấy tệp cấu hình ở một trong những vị trí đó và tệp cấu hình không được cung cấp
thông qua cờ --cfg nó sẽ cố gắng chọn một số giá trị mặc định hợp lý, nhưng bạn thực sự nên cung cấp
tập tin cấu hình. Xem chính tệp cấu hình được cung cấp cũng như README
đi kèm với gói này để biết định dạng và thông tin chi tiết về tệp cấu hình.

PHỤ LỤC

Tập lệnh này yêu cầu các gói Perl sau có sẵn từ CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Dài; sử dụng Cấu hình::Std;

TIỀN LƯƠNG

Không có báo cáo.

Sử dụng gtf2gff3p trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net