GWAMA - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

GWAMA - Phân tích tổng thể Hiệp hội toàn bộ gen

SYNOPSIS

GWAMA [lựa chọn]

MÔ TẢ

Phần mềm GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) thực hiện phân tích tổng hợp
kết quả của các nghiên cứu GWA về kiểu hình nhị phân hoặc định lượng. Hiệu ứng cố định và ngẫu nhiên
phân tích tổng hợp được thực hiện cho cả SNP được định kiểu gen trực tiếp và được quy định bằng cách sử dụng các ước tính
của tỷ lệ chênh lệch alen và khoảng tin cậy 95% cho các tính trạng nhị phân và ước tính về
kích thước hiệu ứng alen và sai số tiêu chuẩn đối với các kiểu hình số lượng. GWAMA có thể được sử dụng
để phân tích kết quả của tất cả các mô hình di truyền khác nhau (nhân, cộng,
trội, lặn). Phần mềm kết hợp các phương tiện bẫy lỗi để xác định
lỗi liên kết sợi và đảo đoạn alen, và thực hiện các thử nghiệm về tính không đồng nhất của
ảnh hưởng giữa các nghiên cứu.

LỰA CHỌN

-i, - người viết phim=tên tập tin
Chỉ định các tệp kết quả của nghiên cứu. Mặc định = gwama.in

-o, - đầu ra=rễ tập tin
Chỉ định gốc tệp cho kết quả phân tích. Mặc định = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --ngẫu nhiên
Sử dụng hiệu chỉnh hiệu ứng ngẫu nhiên. Mặc định = bị vô hiệu hóa

-gc, --genomic_control
Sử dụng kiểm soát bộ gen để điều chỉnh các tệp kết quả của nghiên cứu. Mặc định = bị vô hiệu hóa

-gco, --genomic_control_output
Sử dụng kiểm soát bộ gen trên tóm tắt phân tích tổng hợp (nghĩa là kết quả của phân tích tổng hợp là
đã sửa cho gc). Mặc định = bị vô hiệu hóa

-qt, --định lượng
Chọn phiên bản tính trạng số lượng (cột BETA và SE). Mặc định = đặc điểm nhị phân

-m, --bản đồ=tên tập tin
Chọn tên tệp cho bản đồ đánh dấu.

-t, --ngưỡng=0-1
Ngưỡng giá trị p để hiển thị hướng trong các hướng hiệu ứng tóm tắt. Mặc định =
1

--no_allele
Không có thông tin alen đã được đưa ra. Mong đợi luôn luôn cùng một EA.

--indel_alleles
Các phòng thí nghiệm alen có thể chứa nhiều hơn các chữ cái đơn lẻ. Không có kiểm tra sợi.

- giới tính Chạy phân tích phân biệt giới tính và không đồng nhất giới tính (phương pháp được mô tả trong
giấy Magi, Lindgren & Morris 2010). Thông tin giới tính phải được cung cấp trong tệp danh sách.
(cột thứ hai sau tên tệp là M hoặc F).

--name_marker
Tiêu đề thay thế cho tên điểm đánh dấu col.

--name_strand
Tiêu đề thay thế cho cột sợi.

--name_n
Tiêu đề thay thế cho kích thước mẫu col.

--name_ea
Tiêu đề thay thế để ảnh hưởng đến cột alen.

--name_nea
Tiêu đề thay thế cho cột alen không có hiệu lực.

--name_eaf
Tiêu đề thay thế để ảnh hưởng đến cột tần số alen.

--name_beta
Tiêu đề thay thế cho cột beta.

--name_se
Tiêu đề thay thế cho std. lỗi lầm. col.

--name_or
Tiêu đề thay thế cho cột HOẶC.

--name_or_95l
Tiêu đề thay thế cho cột HOẶC 95L.

--name_or_95u
Tiêu đề thay thế cho cột OR 95U.

-h, --Cứu giúp
In phần trợ giúp này.

-v, --phiên bản
In số phiên bản GWAMA. Trang hướng dẫn sử dụng này phải không đủ. Vui lòng sử dụng
tùy chọn trợ giúp để có lời nhắc nhanh về các tùy chọn của gwama hoặc chuyển đến trang chủ của gwama
với tài liệu trực tuyến hoặc hướng dẫn có thể tải xuống.

Sử dụng GWAMA trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net