hhconsensus - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hhconsensus - tính toán trình tự đồng thuận cho tệp đầu vào A3M/FASTA

SYNOPSIS

sự đồng thuận -i [lựa chọn]

MÔ TẢ

HHconsensus phiên bản 2.0.16 (Tháng 2013 năm XNUMX) Tính toán trình tự đồng thuận cho một
Tệp đầu vào A3M/FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A và Soding J. HHblit: Lặp lại nhanh như chớp
tìm kiếm chuỗi protein bằng cách căn chỉnh HMM-HMM. Nat. Phương pháp 9:173-175 (2011).

-i
căn chỉnh truy vấn (A2M, A3M hoặc FASTA) hoặc truy vấn HMM

Đầu ra lựa chọn:
-s
nối thêm chuỗi đồng thuận vào FASTA (mặc định= )

-o
viết căn chỉnh theo trình tự đồng thuận trong A3M

-oa3m
tương tự

-oa2m
viết căn chỉnh theo trình tự đồng thuận trong A2M

-như là
viết căn chỉnh theo trình tự đồng thuận trong FASTA

-v
chế độ tiết: 0: không có đầu ra màn hình 1: chỉ có các sóng 2: tiết

Lọc đầu vào liên kết (tùy chọn có thể be kết hợp):
-Tôi [0,100] nhận dạng trình tự theo cặp tối đa (%) (def = 100)

-khác biệt [0, inf [lọc tập hợp đa dạng nhất của các trình tự, giữ lại ít nhất là

nhiều chuỗi trong mỗi khối> 50 cột (def = 0)

-cov [0,100] mức độ phù hợp tối thiểu với truy vấn (%) (def = 0)

-qid [0,100] nhận dạng trình tự tối thiểu với truy vấn (%) (def = 0)

-qsc [0,100] điểm tối thiểu cho mỗi cột có truy vấn (def = -20.0)

Đầu vào liên kết định dạng:
-M a2m sử dụng A2M / A3M (mặc định): chữ hoa = Khớp; chữ thường = Chèn; '-' = Xóa; '.' =
khoảng trống được căn chỉnh để chèn (có thể bị bỏ qua)

-M Thành phố điện khí hóa phía tây dãy núi Rocky đầu tiên
sử dụng FASTA: các cột có phần dư trong trình tự đầu tiên là trạng thái khớp

-M [0,100]
sử dụng FASTA: các cột có khoảng trống ít hơn X% là trạng thái khớp

Nền tảng khác lựa chọn:
-adss thêm thông tin cấu trúc thứ cấp được dự đoán từ PSIPRED

Ví dụ: hhconsensus -i tiêu chuẩn -s tiêu chuẩn

Sử dụng hhconsensus trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net