hmm2align - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hmm2align - căn chỉnh các trình tự thành một cấu hình HMM

SYNOPSIS

hmm2align [tùy chọn] tập tin hmm2 tập tin tiếp theo

MÔ TẢ

hmm2align đọc một tệp HMM từ hmm tập tin và một tập hợp các chuỗi từ tập tin tiếp theo, sắp xếp
trình tự đến HMM cấu hình, và xuất ra một liên kết nhiều trình tự.

tập tin tiếp theo có thể ở bất kỳ định dạng tệp không căn chỉnh hoặc căn chỉnh nào được HMMER chấp nhận. Nếu nó ở trong một
nhiều định dạng căn chỉnh (ví dụ: Stockholm, MSF, SELEX, ClustalW), căn chỉnh hiện có
bị bỏ qua (tức là, các trình tự được đọc như thể chúng không được căn chỉnh - hmm2align sẽ căn chỉnh
chúng theo cách nó muốn).

LỰA CHỌN

-h In sự trợ giúp ngắn gọn; bao gồm số phiên bản và tóm tắt của tất cả các tùy chọn, bao gồm
các tùy chọn của chuyên gia.

-m Chỉ bao gồm trong căn chỉnh những biểu tượng được căn chỉnh để phù hợp với các trạng thái. Không hiển thị
các ký hiệu được chỉ định để chèn các trạng thái.

-o Lưu căn chỉnh vào tệp thay vì đến đầu ra tiêu chuẩn.

-q Yên lặng; ngăn chặn tất cả đầu ra ngoại trừ chính sự liên kết. Hữu ích cho đường ống hoặc
chuyển hướng đầu ra.

EXPERT LỰA CHỌN

--thông tin
Khẳng định rằng đầu vào tập tin tiếp theo có định dạng ; không chạy định dạng Babelfish
tự động dò tìm. Điều này làm tăng phần nào độ tin cậy của chương trình, bởi vì
Babelfish có thể mắc sai lầm; đặc biệt được khuyến nghị cho những người không cần giám sát,
thông lượng chạy của HMMER. Các chuỗi định dạng hợp lệ bao gồm FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL và PHYLIP. Xem Hướng dẫn sử dụng để biết
danh sách hoàn thành.

--mapali
Đọc căn chỉnh từ tệp và sắp xếp nó như một đối tượng duy nhất cho HMM; ví dụ
sự liên kết trong được giữ cố định. Điều này cho phép bạn căn chỉnh các trình tự thành một mô hình
với hmm2align và xem chúng trong ngữ cảnh của một bội số đáng tin cậy hiện có
sự liên kết. Sự liên kết đối với sự liên kết được xác định bởi một "bản đồ" được lưu giữ trong HMM,
và như vậy là nhanh chóng và được đảm bảo phù hợp với cách HMM được xây dựng
từ sự liên kết. Căn chỉnh trong tệp phải chính xác là sự liên kết
mà HMM được xây dựng từ đó. So sánh --withali tùy chọn.

--một đường thẳng
Đưa ra sự liên kết với một dòng trên mỗi trình tự, thay vì xen kẽ
các khối liên kết trình tự. Chỉ ảnh hưởng đến đầu ra định dạng Stockholm.

--định dạng
Xuất căn chỉnh theo định dạng . Mặc định là định dạng Stockholm. Các định dạng hợp lệ
bao gồm Stockholm, SELEX, MSF, Clustal, Phylip và A2M.

--withali
Đọc căn chỉnh từ tệp và sắp xếp nó như một đối tượng duy nhất cho HMM; ví dụ
sự liên kết trong được giữ cố định. Điều này cho phép bạn căn chỉnh các trình tự thành một mô hình
với hmm2align và xem chúng trong ngữ cảnh của một bội số đáng tin cậy hiện có
sự liên kết. Việc căn chỉnh cho căn chỉnh được thực hiện bằng phương pháp heuristic (không tối ưu)
quy trình lập trình động, có thể hơi chậm và không được đảm bảo
hoàn toàn phù hợp với cách HMM được xây dựng (mặc dù nó phải
khá gần). Tuy nhiên, có thể sử dụng bất kỳ căn chỉnh nào, không chỉ căn chỉnh mà
HMM được xây dựng từ. So sánh --mapali tùy chọn.

Sử dụng hmm2align trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net