hmm2emit - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hmm2emit - tạo chuỗi từ hồ sơ HMM

SYNOPSIS

hmm2 phát ra [tùy chọn] hmm tập tin

MÔ TẢ

hmm2 phát ra đọc một tệp HMM từ hmm tập tin chứa một hoặc nhiều HMM và tạo ra một
số lượng trình tự từ mỗi HMM; hoặc, nếu -c tùy chọn được chọn, tạo một
sự đồng thuận theo nguyên tắc đa số. Điều này có thể hữu ích cho các ứng dụng khác nhau mà người ta cần một
mô phỏng các trình tự phù hợp với sự đồng thuận của họ trình tự.

Theo mặc định, hmm2 phát ra tạo ra 10 chuỗi và xuất chúng ở định dạng FASTA (không được căn chỉnh).

LỰA CHỌN

-a Viết các chuỗi được tạo ở định dạng căn chỉnh (SELEX) thay vì FASTA.

-c Dự đoán một trình tự đồng thuận theo quy tắc đa số duy nhất thay vì trình tự lấy mẫu
từ phân bố xác suất của HMM. Dư lượng có tính bảo tồn cao (p >= 0.9 đối với
DNA, p >= 0.5 đối với protein) được viết hoa; những cái khác được hiển thị bằng chữ thường.
Một số trạng thái chèn có thể trở thành một phần của sự đồng thuận quy tắc đa số, bởi vì chúng
được sử dụng trong >= 50% chuỗi được tạo; khi điều này xảy ra, phần dư được tạo ra sẽ được chèn vào
được hiển thị đơn giản là "x".

-h In sự trợ giúp ngắn gọn; bao gồm số phiên bản và tóm tắt của tất cả các tùy chọn, bao gồm
các tùy chọn của chuyên gia.

-n Tạo ra trình tự. Mặc định là 10.

-o Lưu các chuỗi tổng hợp vào tệp hơn là viết chúng thành stdout.

-q Im lặng; ngăn chặn tất cả đầu ra ngoại trừ chính các chuỗi. Hữu ích cho đường ống
hoặc chỉ đạo đầu ra.

EXPERT LỰA CHỌN

--hạt giống
Đặt hạt giống ngẫu nhiên thành , Ở đâu là số nguyên dương. Mặc định là sử dụng
thời gian() để tạo một hạt giống khác nhau cho mỗi lần chạy, điều đó có nghĩa là hai hạt giống khác nhau
chạy của hmm2 phát ra trên cùng một HMM sẽ cho kết quả hơi khác nhau. Bạn có thể dùng
tùy chọn này để tạo ra kết quả có thể lặp lại.

Sử dụng hmm2emit trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net