hmmemit - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hmmemit - trình tự mẫu từ một hồ sơ HMM

SYNOPSIS

hừm [tùy chọn] hmm tập tin

MÔ TẢ

Sản phẩm hừm các mẫu chương trình (phát ra) chuỗi từ (các) HMM cấu hình trong hmm tập tinvà
ghi chúng vào đầu ra. Trình tự lấy mẫu có thể hữu ích cho nhiều mục đích,
bao gồm cả việc tạo ra các kết quả tích cực thực sự tổng hợp cho các điểm chuẩn hoặc bài kiểm tra.

Mặc định là lấy mẫu một trình tự không liên kết từ mô hình xác suất cốt lõi,
có nghĩa là mỗi chuỗi bao gồm một miền có độ dài đầy đủ. Ngoài ra, với -c
tùy chọn, bạn có thể tạo ra một chuỗi đồng thuận quy tắc đa số đơn giản; hoặc với -a tùy chọn, bạn
có thể tạo ra một căn chỉnh (trong trường hợp đó, bạn có thể cũng muốn đặt -N đến một cái gì đó khác
so với mặc định của nó là 1 trình tự cho mỗi mô hình).

Là một tùy chọn khác, với -p bạn có thể lấy mẫu một trình tự từ một
Hồ sơ tìm kiếm HMMER. Điều này có nghĩa là lấy mẫu một `` trình tự tương đồng '' theo định nghĩa của HMMER,
bao gồm các trình tự bên sườn không nguyên tố, sự liên kết cục bộ và nhiều miền trên mỗi
trình tự, tùy thuộc vào mô hình chiều dài và chế độ căn chỉnh được chọn cho cấu hình.

Sản phẩm hmm tập tin có thể chứa một thư viện các HMM, trong trường hợp này, mỗi HMM sẽ được sử dụng lần lượt.

có thể là '-' (gạch ngang), có nghĩa là đọc đầu vào này từ tiêu chuẩn chứ không phải là một tệp.

CHUNG LỰA CHỌN

-h Cứu giúp; in lời nhắc ngắn gọn về việc sử dụng dòng lệnh và tất cả các tùy chọn có sẵn.

-o Hướng các trình tự đầu ra vào tệp , thay vì tiêu chuẩn.

-N Mâu trình tự cho mỗi mô hình, thay vì chỉ một.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT GÌ ĐẾN EMIT

Mặc định là lấy mẫu N trình tự từ mô hình cốt lõi. Ngoài ra, bạn có thể chọn
một (và chỉ một) trong các lựa chọn thay thế sau đây.

-a Phát ra một căn chỉnh cho mỗi HMM trong hmm tập tin chứ không phải lấy mẫu không liên quan
trình tự từng cái một.

-c Tạo ra một trình tự đồng thuận quy tắc số nhiều, thay vì lấy mẫu một trình tự từ
hồ sơ phân phối xác suất của HMM. Trình tự đồng thuận được hình thành bởi
chọn xác suất dư tối đa tại mỗi trạng thái khớp.

-C Tạo ra một trình tự đồng thuận quy tắc số nhiều đẹp hơn so với -c Lựa chọn. Nếu tối đa
xác suất dư có p phút hiển thị nó dưới dạng phần dư 'bất kỳ' viết thường (n hoặc x); nếu như
p> = phút và nhỏ hiển thị nó dưới dạng dư lượng chữ thường; và nếu p> = nhỏ hiển thị nó như
một dư lượng trường hợp trên. Cài đặt mặc định của nhỏ và phút đều là 0.0,
có nghĩa -C cung cấp đầu ra tương tự như -c trừ khi bạn cũng đặt nhỏ và phút với những gì bạn
muốn.

-p Mẫu trình tự không được căn chỉnh từ cấu hình tìm kiếm ngầm, không phải từ cốt lõi
người mẫu. Mô hình cốt lõi chỉ bao gồm các trạng thái tương đồng (giữa đầu
và các trạng thái kết thúc của mô hình HMMER Plan7). Hồ sơ bao gồm chữ N phi chất,
Các trạng thái C và J, cấu hình thuật toán cục bộ / glocal và uni / multihit, và
mô hình độ dài mục tiêu. Do đó, các trình tự được lấy mẫu từ một hồ sơ có thể bao gồm
các trình tự không giống nhau cũng như tương đồng, và có thể chứa nhiều hơn một
đoạn trình tự tương đồng. Theo mặc định, cấu hình ở chế độ multihit cục bộ và
độ dài trình tự mục tiêu được định cấu hình cho L = 400.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT KHÍ THẢI TỪ HỒ SƠ

Các tùy chọn này yêu cầu bạn phải đặt -p tùy chọn.

-L Định cấu hình mô hình độ dài trình tự mục tiêu của cấu hình để tạo độ dài trung bình là
khoảng thay vì mặc định là 400.

--địa phương
Định cấu hình cấu hình cho căn chỉnh cục bộ multihit.

--đơn vị
Định cấu hình hồ sơ cho liên kết cục bộ unihit (Smith / Waterman).

--glocal
Định cấu hình cấu hình cho sự liên kết toàn cầu nhiều điểm.

--uniglocal
Định cấu hình hồ sơ để liên kết toàn cục unihit.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT TÀI CHÍNH ĐOÀN KẾT KHÍ THẢI

Các tùy chọn này yêu cầu bạn phải đặt -C tùy chọn.

--minl
Đặt phút ngưỡng hiển thị dư lượng được bảo quản yếu như trường hợp thấp hơn. (0 <=
x <= 1)

--minu
Đặt nhỏ ngưỡng hiển thị dư lượng được bảo tồn mạnh như trường hợp trên. (0
<= x <= 1)

KHÁC LỰA CHỌN

--hạt giống
Giống như trình tạo số ngẫu nhiên với , một số nguyên> = 0. Nếu là nonzero, bất kỳ
mô phỏng ngẫu nhiên sẽ có thể tái tạo được; cùng một lệnh sẽ cung cấp cùng một
kết quả. Nếu như là 0, trình tạo số ngẫu nhiên được đưa vào tùy ý, và
mô phỏng ngẫu nhiên sẽ thay đổi tùy theo từng lần chạy của cùng một lệnh. Mặc định
là 0: sử dụng một hạt giống tùy ý, rất khác nhau hừm các lần chạy sẽ tạo ra khác nhau
mẫu.

Sử dụng hmmemit trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net