hmmfetch - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hmmfetch - truy xuất (các) HMM hồ sơ từ một tệp

SYNOPSIS

hmmetch [tùy chọn]
(truy xuất HMM có tên )

hmmetch -f [tùy chọn]
(truy xuất tất cả các HMM được liệt kê trong )

hmmetch --mục lục [tùy chọn]
(chỉ mục để tìm nạp)

MÔ TẢ

Nhanh chóng truy xuất một hoặc nhiều HMM cấu hình từ một (một cơ sở dữ liệu Pfam lớn, dành cho
thí dụ).

Đối với tốc độ tối đa, nên được lập chỉ mục đầu tiên, sử dụng hmmetch --mục lục. Các
chỉ mục là một tệp nhị phân có tên .ssi. Tuy nhiên, đây là tùy chọn và truy xuất sẽ
vẫn hoạt động từ các tệp chưa lập chỉ mục, mặc dù chậm hơn nhiều.

Chế độ mặc định là truy xuất một cấu hình đơn lẻ theo tên hoặc quyền truy cập, được gọi là .
Ví dụ:

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

Với -f tùy chọn, một có chứa danh sách một hoặc nhiều khóa sẽ được đọc thay thế.
Trường được phân cách bằng khoảng trắng đầu tiên trên mỗi dòng không nhận xét không để trống của
được sử dụng như một và mọi dữ liệu còn lại trên dòng đều bị bỏ qua. Điều này cho phép nhiều loại
trong số các tệp dữ liệu được phân tách bằng khoảng trắng sẽ được sử dụng làm NS.

Khi đang sử dụng -f và , Nếu hmm tập tin đã được lập chỉ mục, các khóa được truy xuất trong
thứ tự chúng xảy ra trong tài liệu quan trọng, nhưng nếu hmm tập tin không được lập chỉ mục, các khóa được truy xuất trong
thứ tự chúng xảy ra trong hmm tập tin. Đây là một tác dụng phụ của việc triển khai cho phép
nhiều khóa được truy xuất ngay cả khi là một luồng không thể lập trình, giống như một
ống đầu vào tiêu chuẩn.

Trong sử dụng bình thường (không có --mục lục or -f tùy chọn), có thể là '-' (gạch ngang), có nghĩa là
đọc đầu vào từ tiêu chuẩn chứ không phải là một tệp. Với --mục lục Tùy chọn, có thể không
thì là ở '-'; không có ý nghĩa gì khi lập chỉ mục một luồng đầu vào tiêu chuẩn. Với -f Tùy chọn,
hay or (nhưng không phải cả hai) có thể là '-'. Nó thường đặc biệt hữu ích
đọc từ đầu vào tiêu chuẩn, vì điều này cho phép sử dụng để sử dụng lệnh tùy ý
lời gọi dòng để tạo danh sách tên hoặc quyền truy cập HMM, sau đó tìm nạp tất cả chúng vào một
tệp, chỉ với một lệnh.

Theo mặc định, các HMM đã tìm nạp được in ra đầu ra tiêu chuẩn ở định dạng HMMER3.

LỰA CHỌN

-h Cứu giúp; in lời nhắc ngắn gọn về việc sử dụng dòng lệnh và tất cả các tùy chọn có sẵn.

-f Đối số dòng lệnh thứ hai là thay vì một . Các
trường đầu tiên trên mỗi dòng của được sử dụng như một sự truy xuất (tên HMM
hoặc gia nhập). Dòng trống và dòng nhận xét (bắt đầu bằng ký tự #) là
mặc kệ.

-o Xuất (các) HMM ra tệp thay vì đến đầu ra tiêu chuẩn.

-O Xuất (các) HMM thành (các) tệp riêng lẻ có tên thay vì đầu ra tiêu chuẩn. Với
các -f , điều này có thể dẫn đến nhiều tệp được tạo.

--mục lục
Thay vì truy xuất một hoặc nhiều cấu hình từ , lập chỉ mục cho
truy xuất trong tương lai. Điều này tạo ra một .ssi tệp chỉ mục nhị phân.

Sử dụng hmmfetch trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net