hmmpgmd - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hmmpgmd - daemon để tìm kiếm truy vấn protein dựa trên cơ sở dữ liệu protein

SYNOPSIS

hmmpgmd [tùy chọn]

MÔ TẢ

Sản phẩm hmmpgmd chương trình là daemon mà chúng tôi sử dụng nội bộ cho máy chủ web hmmer.org và
về cơ bản đứng trước các chương trình tìm kiếm protein phmmer, hmmtìm kiếmvà hmmscan.

sử dụng hmmpgmd, một phiên bản đầu tiên phải được khởi động dưới dạng chủ máy chủ và được cung cấp với
ít nhất một trong một trình tự cơ sở dữ liệu (sử dụng --seqdb cờ) và / hoặc một HMM cơ sở dữ liệu (sử dụng
các --hmmdb lá cờ). Cơ sở dữ liệu trình tự phải ở định dạng hmmpgmd, có thể là
được sản xuất bằng cách sử dụng esl-format. Cơ sở dữ liệu HMM có dạng do hmmm xây dựng. Các
(các) cơ sở dữ liệu đầu vào sẽ được tải vào bộ nhớ bởi cái. Khi tổng thể đã hoàn thành
đang tải (các) cơ sở dữ liệu, nó in ra dòng: "Dữ liệu được tải vào bộ nhớ. Master đã sẵn sàng."

Chỉ sau khi bản gốc đã sẵn sàng, một hoặc nhiều bản sao của hmmpgmd mới có thể được bắt đầu dưới dạng công nhân.
Những công nhân này có thể (và thường là) trên các máy khác với chủ, nhưng phải
có quyền truy cập vào (các) tệp cơ sở dữ liệu giống nhau được cung cấp cho cái chính, với cùng một đường dẫn. Như
với master, mỗi worker sẽ tải (các) cơ sở dữ liệu vào bộ nhớ và cho biết đã hoàn thành
bằng cách in: "Dữ liệu được tải vào bộ nhớ. Nhân viên đã sẵn sàng."

Máy chủ chính và công nhân dự kiến ​​sẽ vẫn chạy. Một hoặc nhiều khách hàng sau đó
kết nối với tổng thể và gửi có thể nhiều truy vấn. Bậc thầy phân phối công việc của
một truy vấn giữa các nhân viên, thu thập kết quả và hợp nhất chúng trước khi trả lời
khách hàng. Hai chương trình khách mẫu được bao gồm trong thư mục src HMMER3.1 - C
chương trình hmmc2 và tập lệnh perl hmpgmd_client_example.pl. Chúng được dự định như
chỉ ví dụ và nên được mở rộng khi cần thiết để đáp ứng nhu cầu của bạn.

Một truy vấn được gửi đến cái chính từ máy khách dưới dạng một chuỗi ký tự. Các truy vấn có thể là
loại thường được xử lý bởi phmmer (trình tự protein so với cơ sở dữ liệu protein),
hmmtìm kiếm (truy vấn HMM protein so với cơ sở dữ liệu protein), hoặc hmmscan (truy vấn protein so với protein
Cơ sở dữ liệu HMM).

Dạng chung của một truy vấn khách là bắt đầu bằng một dòng duy nhất của biểu mẫu @[tùy chọn],
theo sau là nhiều dòng văn bản đại diện cho truy vấn HMM hoặc được định dạng fasta
sự nối tiếp. Dòng cuối cùng của mỗi truy vấn là dấu phân cách //.

Ví dụ, để thực hiện một phmmer gõ tìm kiếm của một trình tự so với cơ sở dữ liệu trình tự
tệp, dòng đầu tiên có dạng @ - seqdb 1, sau đó là chuỗi truy vấn được định dạng nhanh
bắt đầu với dòng tiêu đề > tên trình tự, theo sau là một hoặc nhiều dòng trình tự,
và cuối cùng là kết thúc //.

Để thực hiện một hmmtìm kiếm gõ tìm kiếm, chuỗi truy vấn được thay thế bằng văn bản đầy đủ của một
HMMER-định dạng truy vấn HMM.

Để thực hiện một hmmscan nhập tìm kiếm, văn bản khớp với văn bản của phmmer gõ tìm kiếm, ngoại trừ
dòng đầu tiên chuyển thành @ - hmmdb 1.

Trong tệp cơ sở dữ liệu trình tự được định dạng hmmpgmd, mỗi trình tự có thể được liên kết với một
hoặc nhiều cơ sở dữ liệu phụ. Các --seqdb cờ cho biết cơ sở dữ liệu phụ nào sẽ là
chất vấn. Định dạng cơ sở dữ liệu HMM không hỗ trợ cơ sở dữ liệu con.

Kết quả của mỗi truy vấn là một cấu trúc dữ liệu không có tài liệu ở định dạng nhị phân. Trong tương lai
dữ liệu sẽ được trả về theo cấu trúc tuần tự hóa thích hợp, nhưng hiện tại, nó yêu cầu
giải nén tỉ mỉ bên trong khách hàng. Các khách hàng ví dụ cho thấy điều này được thực hiện như thế nào.

LỰA CHỌN

-h Cứu giúp; in lời nhắc ngắn gọn về việc sử dụng dòng lệnh và tất cả các tùy chọn có sẵn.

EXPERT LỰA CHỌN

--bậc thầy
Chạy với tư cách là máy chủ chính.

--công nhân
Chạy với tư cách nhân viên, kết nối với máy chủ chính đang chạy trên địa chỉ IP .

--daemon
Chạy dưới dạng daemon bằng cách sử dụng tệp cấu hình: /etc/hmmpgmd.conf

--cport
Cổng để sử dụng cho giao tiếp giữa máy khách và máy chủ chính. Mặc định
là 51371.

--wport
Cổng để sử dụng cho giao tiếp giữa công nhân và máy chủ chính. Mặc định
là 51372.

--cnccts
Số lượng kết nối máy khách tối đa để chấp nhận. Giá trị mặc định là 16.

--wcncts
Số lượng kết nối công nhân tối đa để chấp nhận. Giá trị mặc định là 32.

- lipid
Tên của tệp mà id quy trình sẽ được ghi vào đó.

--seqdb
Tên của tệp (ở định dạng hmmpgmd) chứa trình tự protein. Nội dung của
tệp này sẽ được lưu vào bộ nhớ cache để tìm kiếm.

--hmmdb
Tên của tệp chứa protein HMM. Nội dung của tệp này sẽ được lưu vào bộ nhớ đệm
cho các tìm kiếm.

--CPU
Số lượng chủ đề song song để sử dụng (cho --công nhân ).

Sử dụng hmmpgmd trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net