Đây là lệnh không thể xóa được và có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
không thể xóa nhòa - mô phỏng mạnh mẽ và linh hoạt của quá trình tiến hóa sinh học
SYNOPSIS
không thể xóa nhòa
Không có tùy chọn nào có thể được chuyển qua dòng lệnh.
MÔ TẢ
không thể xóa nhòa có thể mô phỏng sự tiến hóa của nucleotide, axit amin hoặc codon đa phân vùng
các tập dữ liệu thông qua các quá trình chèn, xóa và thay thế liên tục
thời gian. Tất cả các mô hình tiến hóa phổ biến đều được hỗ trợ.
Tài liệu đầy đủ cho không thể xóa nhòa có sẵn dưới
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.
CẤU HÌNH
không thể xóa nhòa đọc cài đặt cho lần chạy mô phỏng từ tệp có tên control.txt trong
thư mục hiện tại. Tệp được chia thành các khối, mỗi khối điều khiển một
khía cạnh cụ thể của mô phỏng. Các khối có thể chứa các khối con khác. Bình luận có thể
được đưa ra theo kiểu C hoặc C++. Nếu như không thể xóa nhòa được thực thi mà không có tập tin điều khiển,
tập tin ví dụ được tạo ra.
[KIỂU] kiểu
Mọi tập tin điều khiển phải bắt đầu bằng một LOẠI khối. Các loại có thể là NUCLEOTIDE,
Axit aminvà CODON.
[CÀI ĐẶT]
Khối này chỉ định các tùy chọn người dùng không cần thiết như loại tệp đầu ra và
định dạng, hạt giống cho trình tạo số ngẫu nhiên và liệu có xuất chi tiết hay không
báo cáo.
[NGƯỜI MẪU] tên mô hình
Khối này bắt đầu một mô hình tiến hóa mới được sử dụng để mô phỏng. Các
các tham số cụ thể bao gồm các mô hình thay thế, tốc độ indel và trang web codon
mô hình được điều khiển thông qua các mô hình con. tên mô hình có thể là bất kỳ tên nào bạn chọn.
[CÂY] tên cây newick
Khối này được sử dụng để chỉ định cây hướng dẫn có tên đã cho tên cây.
Khoảng cách tiến hóa được biểu diễn bằng chiều dài nhánh của cây trong NEWICK
định dạng.
[CHI NHÁNH]
Các khối này được sử dụng để mô phỏng các quá trình không cố định và không đồng nhất.
Các mô hình khác nhau có thể được chỉ định trên các nhánh khác nhau của cây hướng dẫn cho phép
các nhánh có các mô hình thay thế, phân bổ độ dài indel, tỷ lệ
tính không đồng nhất, thành phần bazơ, v.v.
[PHẦN THAM GIA] tên phân vùng
Trong mỗi lần chạy, nhiều phân vùng trình tự có thể được mô phỏng. Đối với mỗi phân vùng
cây hướng dẫn, mô hình tiến hóa và độ dài trình tự phải được chỉ định.
[TIẾN HÓA]
Trong khối này, nhiều bản sao của một phân vùng có thể được tạo ra.
BẢN QUYỀN
Bản quyền © 2010 William Fletcher License GPLv3+: GNU GPL phiên bản 3 trở lên.
Đây là phần mềm miễn phí: bạn có thể tự do thay đổi và phân phối lại nó. KHÔNG CÓ BẢO HÀNH,
theo như quyền hạn được quy định bởi luật pháp. Toàn bộ văn bản giấy phép có sẵn tại
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
LỜI CẢM ƠN
William Fletcher và Ziheng Yang (2009). INDELible: Mô phỏng sinh học linh hoạt
Trình tự tiến hóa, Phân tử Sinh học và Sự tiến hóa 26(8): 1879-1888.
Sử dụng trực tuyến không thể xóa bằng dịch vụ onworks.net
