Đây là lệnh mô tả màu chàm có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
indigo-depict - tiện ích kết xuất phân tử và phản ứng
SYNOPSIS
màu chàm infile. {mol, rxn, cml, smi} outfile. {png, svg, pdf} [thông số]
màu chàm infile. {cml, rdf, rdf.gz, sdf, sdf.gz, smi} outfile_% s. {png, svg, pdf} [thông số]
màu chàm infile.smi outfile. {cml, mol, rdf, rxn, sdf} [thông số]
màu chàm - SMILES outfile. {cml, mol, pdf, png, rxn, svg} [thông số]
màu chàm -Cứu giúp
MÔ TẢ
màu chàm được sử dụng để mô tả các phân tử.
LỰA CHỌN
màu chàm có thể đọc các tệp đầu vào hoặc mã SMILES từ đầu vào tiêu chuẩn. Đây có thể là
theo sau bởi một hoặc nhiều tham số sau.
-w
Chiều rộng hình ảnh tính bằng pixel
-h
Chiều cao hình ảnh tính bằng pixel
-liên kết
Chiều dài trái phiếu trung bình tính bằng pixel
-lĩnh vực
Lề ngang và lề dọc, tính bằng pixel. Không có lề theo mặc định
-độ dày
Đặt hệ số độ dày tương đối. Mặc định là 1.0
-đường thông
Đặt hệ số độ rộng đường trái phiếu. Mặc định là 1.0
-nhãn mác
Đặt chế độ hiển thị nhãn nguyên tử. Mặc định là đầu cuối-dị
-thủy
Hiển thị các hydro tiềm ẩn. Mặc định là on
- [de] thơm
Buộc [de] thơm hóa
-âm thanh nổi
Chế độ hiển thị nhóm âm thanh nổi. Mặc định là xưa
-cdbwsa
Liên kết đôi ở giữa có liên kết âm thanh nổi liền kề (bị tắt theo mặc định)
-truy vấn Coi đầu vào là phân tử truy vấn hoặc phản ứng (bị tắt theo mặc định)
-martarts
Coi đầu vào là phân tử hoặc phản ứng truy vấn SMARTS (bị tắt theo mặc định)
-idfield
Trường SDF / RDF sẽ được đặt thay cho '% s' trong tên của các tệp đã lưu (mặc định là
số phân tử / phản ứng)
-các chất xúc tác
Vị trí xúc tác phản ứng theo mũi tên. Mặc định là trên và dưới
-bình luận
Nhận xét văn bản được đặt ở trên phân tử hoặc phản ứng. Không có giá trị mặc định
-commentoffset
Khoảng cách dọc (tính bằng pixel) giữa nhận xét và cấu trúc
-bình luận
Sử dụng trường SDF / RDF được chỉ định làm nhận xét
-tên bình luận
Sử dụng tên phân tử / phản ứng như một nhận xét
-kích thước
Hệ số kích thước phông chữ nhận xét văn bản liên quan đến độ dày liên kết. Mặc định là 6
-bình luận
Vị trí nhận xét văn bản (dưới cùng theo mặc định)
-bình luận căn chỉnh <0..1>
Căn chỉnh chú thích văn bản, một giá trị float: 0 = trái, 0.5 = trung tâm, 1 = đúng
-màu sắc
Bật / tắt màu. Mặc định là on
-hlthick
Bật tính năng đánh dấu bằng các đường dày và ký tự in đậm
-màu sắc
Bật tính năng đánh dấu bằng màu sắc. Giá trị thành phần phải nằm trong phạm vi [0 .. 255]
-bgcolor
Đặt màu nền. Giá trị thành phần phải nằm trong phạm vi [0 .. 255]
-Màu cơ bản
Đặt màu nền trước mặc định. Giá trị thành phần phải nằm trong phạm vi [0 .. 255]
-aamcolor
Đặt màu của các chỉ số AAM. Giá trị thành phần phải nằm trong phạm vi [0 .. 255]
-dsgcolor
Đặt màu của SGgroup dữ liệu. Giá trị thành phần phải nằm trong phạm vi [0 .. 255]
-màu sắc
Đặt màu của nhận xét. Giá trị thành phần phải nằm trong phạm vi [0 .. 255]
-mã số
Hiển thị số nguyên tử (chỉ dành cho mục đích gỡ lỗi)
-các con số
Hiển thị số trái phiếu (chỉ dành cho mục đích gỡ lỗi)
-dựa trên một
Bắt đầu các chỉ số nguyên tử và liên kết từ một. Mặc định là từ XNUMX
-Cứu giúp In thông báo trợ giúp này
VÍ DỤ
màu chàm infile.mol outfile.png -màu sắc off -từ
màu chàm cơ sở dữ liệu.sdf phân tử_% s.png -idfield cdbregno -độ dày 1.1
màu chàm cơ sở dữ liệu.smi cơ sở dữ liệu.sdf
màu chàm - CC. [O -] [* -] ([O -]) = O truy vấn.png -truy vấn
màu chàm - OCO >> CC (C) N phản ứng.rxn
Sử dụng mô tả màu chàm trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
