king-probe - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

king-probe - Đánh giá và hình dung sự đóng gói liên nguyên tử của protein

MÔ TẢ

Cú pháp: probe input.pdb >> out.kin

hoặc: probe [flags] "src pattern" ["target pattern"] pdbfiles ... >> out.kin

Cờ:
-Bản thân tự giao nhau: src -> src (mặc định)

-Cả hai giao nhau cả hai cách: src <=> targ

-Một lần ngã tư duy nhất: src -> targ

-Ngoài bề mặt van der Waals bên ngoài của src (bề mặt tiếp xúc với dung môi)

-AUTObondrot tên tập tin
đọc và xử lý một tệp autobondrot

các phím tắt:

< > giống như: -4H -mc -các -chính mình "altA ogt33"

-KHUYẾN NGHỊ
giống như: < >, nhưng cho phép một số cờ khác

-Bề mặt giống như: -rơi vãi -rad1.4 -ngoài "không phải nước"

-Để lộ ra
giống như: -rơi vãi -rad1.4 -ngoài (lưu ý: mẫu nguồn cung cấp của người dùng)

-Bề mặt
giống như: -rơi vãi -rad0.0 -thêm1.4 -ngoài "không phải nước"

-TRUY CẬP
giống như: -rơi vãi -rad0.0 -thêm1.4 -ngoài (lưu ý: mẫu nguồn cung cấp của người dùng)

-QUÉT0 giống như: -4H -mc -chính mình "alta blt40 ogt33"

-QUÉT1 giống như: -4H -Một lần "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65, (không phải nước ogt33)"

-DUMPAtomthông tin
đếm các nguyên tử trong lựa chọn: src

(lưu ý rằng CẢ HAI và MỘT LẦN yêu cầu hai mẫu trong khi

OUT, SELF và DUMPATOMINFO chỉ yêu cầu một mẫu)

-Gợi ý
hydrogens tiềm ẩn

-Rõ ràng
hydrogens rõ ràng (mặc định)

-Tỉ trọng#
đặt mật độ điểm (mặc định 16 điểm / sq A)

-Bán kính#. #
đặt bán kính đầu dò (mặc định 0.25 A)

-ADDvdw#. #
bù đắp được thêm vào bán kính Van der Waals (mặc định là 0.0)

-SCALEvdwHệ số tỷ lệ #. # cho bán kính Van der Waals (mặc định là 1.0)

-COSCale#. #
thang đo C = O bán kính Van der Waals (mặc định là 0.94)

-Mũi nhọn vẽ mũi nhọn thay vì dấu chấm (mặc định)

-Mũi nhọn#. #
đặt thang đo đột biến (mặc định = 0.5)

-NOSpike
chỉ vẽ các chấm

-HBThông thường#. # chồng chéo tối đa cho Hbonds thông thường (mặc định = 0.6)

-HBCharge#. # chồng chéo tối đa cho Hbonds bị tính phí (mặc định = 0.8)

-Giữ cho giữ nguyên tử không được chọn (mặc định)

-Rơi vãi thả các nguyên tử không được chọn

-Giới hạn giới hạn các chấm va chạm ở mức tối đa khi hôn (mặc định)

-Không giới hạn
không giới hạn các chấm va chạm

-LEN thêm từ khóa ống kính vào tệp kin

-NOLEN
không thêm từ khóa ống kính vào tệp kin (mặc định)

-MC bao gồm các tương tác chuỗi chính-> chuỗi chính

-HẾT bao gồm các dấu chấm vào các nhóm HET không chứa nước (mặc định)

-NOHET
loại trừ các dấu chấm đối với các nhóm HET không có nước

-Nhiều nước
bao gồm các dấu chấm vào nước (mặc định)

- NGƯỜI THAM GIA
loại trừ các chấm vào nước

-WAT2wat
hiển thị các dấu chấm giữa các vùng nước

-DUMPH2O
gồm nước H? danh sách vector ở đầu ra

-4H mở rộng loại bỏ dấu chấm chuỗi liên kết lên 4 cho H (mặc định)

-3 giới hạn loại bỏ dấu chấm chuỗi liên kết thành 3

-2 giới hạn loại bỏ dấu chấm chuỗi liên kết thành 2

-1 giới hạn loại bỏ dấu chấm chuỗi liên kết thành 1

-PHỚT LỜ thả rõ ràng "mẫu": bỏ qua các nguyên tử được chọn theo mẫu

-DOCHO
nhận ra CH..O Hbonds

-CHO#. #
hệ số thang đo cho điểm CH..O Hbond (mặc định = 0.5)

-CựcH
sử dụng bán kính ngắn của hydrogens phân cực (mặc định)

-NOPolarH
không rút ngắn bán kính của các hydro phân cực

-NOFACEhbond không xác định HBonds đối với mặt thơm

-Tên "name" chỉ định tên nhóm ("dấu chấm" mặc định)

-DOTMASTER
tên nhóm được sử dụng làm tên chính phụ = {name} trên danh sách

-Nhóm
không tạo câu lệnh @group ở đầu ra định dạng .kin

-KINemage
thêm @kinemage 1 câu lệnh vào đầu đầu ra định dạng .kin

-Đếm
tạo ra một số lượng các dấu chấm-không phải là một danh sách chấm

-Không được thông tin
xuất thông tin chấm thô

tên: pat: type: srcAtom: targAtom: mingap: gap: spX:
spY: spZ: spikeLen: điểm: stype: ttype: x: y: z: sBval: tBval:

-ĐỊNH DẠNG
đầu ra thông tin dấu chấm được định dạng để hiển thị trong O

-XVFORMAT
thông tin chấm đầu ra được định dạng để hiển thị trong XtalView

-MỘT ĐƯỜNG THẲNG
xuất một dòng: danh bạ: theo: mức độ nghiêm trọng: loại:

-GAPcolor
chấm màu theo số lượng khoảng trống (mặc định)

-ATOMcolor
chấm màu theo loại nguyên tử

-Màu cơ bản
chấm màu theo loại gốc axit nucleic

-COLORCơ sở
chấm màu theo khoảng trống và loại gốc axit nucleic

-OUTCOLOR "name" chỉ định màu điểm cho -NGOÀI (mặc định "màu xám")

-GAPTrọng lượng#
đặt trọng số cho khoảng cách tính điểm (mặc định là 0.25)

-BUMPTrọng lượng# đặt thang điểm tương đối để ghi điểm va chạm (mặc định 10.0)

-HBTrọng lượng#
đặt thang điểm tương đối để cho điểm Hbonds (mặc định 4.0)

-DIVThấp#. #
Phân chia cho các danh mục Bump (mặc định -0.4)

-Cao#. #
Phân chia cho các danh mục Liên hệ (mặc định 0.25)

-MINOCCông suất#. #
Công suất dưới mức này giống như 0.02 (mặc định là XNUMX)

-Yếu tố
thêm các nút chính cho các phần tử khác nhau trong đầu ra kin

-KHÔNG GIỚI THIỆU
không xuất địa chỉ liên lạc trong HBonds

-KHÔNG ĐỐI CHỦ
không xuất địa chỉ liên lạc cho các cuộc đụng độ

-THÁNG XNUMXWOUT
không xuất địa chỉ liên lạc cho các tương tác van der Waals

-CHỈ BẤT CỨ
onlybadout xuất ra xung đột xấu (các địa chỉ liên hệ chồng chéo nghiêm trọng)

-TÓM LƯỢC
đầu ra danh sách tóm tắt của các liên hệ và các cuộc đụng độ

-MỘT ĐƯỜNG THẲNG
xuất danh sách tóm tắt trên một dòng

-OTICKs
không hiển thị mã đánh dấu tên cặn trong quá trình xử lý

-STDBOND
chỉ giả định các mẫu liên kết tiêu chuẩn trong dư lượng tiêu chuẩn

-KHÔNG CÓ CHA MẸ
không liên kết hydro dựa trên bảng nguyên tử nặng cơ bản

-SEGID sử dụng trường PDB SegID để phân biệt giữa các phần còn lại

-OLDU tạo kiểu cũ -u đầu ra: kissEdge2BullsEye, v.v.

-Verbose
chế độ tiết (mặc định)

-Thẩm quyền giải quyết
hiển thị chuỗi tham chiếu

-CHANGE
hiển thị danh sách các thay đổi của chương trình

-Yên lặng chế độ yên lặng

-Cứu giúp hiển thị thông báo trợ giúp mở rộng (bao gồm các cờ khác)

-PHIÊN BẢN
phiên bản một dòng cho stdout

Phần tử mẫu: (nên được đặt trong dấu ngoặc kép trên dòng lệnh)

FILE # trong tệp #

MODEL # trong model #

CHAINaaa
trong chuỗi a

SEGAaaa
định danh phân đoạn aaaa (trong đó _ đại diện cho trống)

ALTa cấu hình thay thế a

ATOMaaaa
tên nguyên tử aaaa (trong đó _ đại diện cho khoảng trống) (cả 4 ký tự đều được sử dụng nên H sẽ là
ATOM_H__)

RESaaa cặn aaa

# phần còn lại #

#a cặn #, chèn một

# - # phạm vi dư # (chèn mã bị bỏ qua)

một loại dư lượng bởi một mã ký tự (ví dụ: y)

aaa loại dư bởi ba mã ký tự (ví dụ: tyr)

TẤT CẢ, PROTEIN, MC, SC, BASE, ALPHA, BETA, NITROGEN, CARBON,
OXYGEN, SULFUR, PHOSPHORUS, HYDROGEN, METAL, POLAR,
KHÔNG SẠC, SẠC, DONOR, ACCEPTOR, AROMATIC, METHYL, HET, WATER, DNA, RNA

tất cả hoặc một tập hợp con của các nguyên tử

OLT # Công suất ít hơn # (phần trăm số nguyên)

OGT # Công suất lớn hơn # (phần trăm số nguyên)

BLT # giá trị B nhỏ hơn # (số nguyên)

BGT # Giá trị B lớn hơn # (số nguyên)

INSa Chèn mã a (trong đó _ đại diện cho khoảng trống)

TRONG VÒNG #. # TRONG #. #, #. #, #. #
các nguyên tử trong khoảng cách từ điểm

Các mẫu có thể được kết hợp thành danh sách được phân tách bằng dấu phẩy, chẳng hạn như "trp, phe, tyr" nghĩa là
TRP hoặc PHE hoặc TYR.

Các mẫu được phân tách bởi các ô trống đều phải đúng, chẳng hạn như "chainb 1-5" nghĩa là
dư từ 1 đến 5 trong chuỗi B.

Bạn cũng có thể nhóm các mẫu bằng dấu ngoặc đơn, tách nhiều mẫu bằng |
nghĩa là 'hoặc' và chọn phần bổ sung với NOT như trong "not file1" nghĩa là không có trong
tệp 1.

Tệp autobondrot tương tự như các tệp đầu vào PDB khác nhưng nó bao gồm thông tin
xác định các nguyên tử chịu chuyển động quay và các phép biến đổi khác.

Ví dụ về đoạn tệp autobondrot hiển thị vòng quay của trái phiếu Calpha-Cbeta và một chu kỳ
chức năng phạt xoắn cho vòng quay này

NGUYÊN TẮC 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot: chi1: 78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos: -3: 60: 3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Các lệnh Autobondrot sử dụng dấu hai chấm để phân tách các giá trị Biến đổi:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # giả

Các chức năng thiên vị:
COS: thang đo: phaOffset: tần số POLY: scale: offset: polynomialDegree CONST: giá trị

Phân nhánh:
LƯU và KHÔI PHỤC hoặc "(" và ")"

(ví dụ: để xoay từng Chi và metyls cho isoleucine

trình tự là: rotChi1 / SAVE / rotChi2 / rotCD1 / RESTORE / rotCG2)

Đặt hướng: GO: angle1: angle2: ... Bao gồm các tệp: @filename Nhận xét:
# văn bản nhận xét

thăm dò: phiên bản 2.13.110909, Bản quyền 1996-2011, J. Michael Word

Sử dụng king-probe trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net