kmer-mask - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

kmer-mask - bộ mặt nạ và bộ lọc của trình tự nucleotide theo hàm lượng kmer

SYNOPSIS

kmer-mặt nạ {-cuốn tiểu thuyết|-đã xác nhận} [-mdb cơ sở dữ liệu mer] [-bệnh đa xơ cứng cỡ lớn] [-edb cơ sở dữ liệu tồn tại] [-m
kích thước tối thiểu] [-e mở rộng kích thước] [-ngưỡng thấp l] [-ngưỡng cao h] [-t chủ đề] [-v] [-h
biểu đồ] [-khuyến khích|-hạ cấp|-đĩa giấy] -1 trong.1.fastq [-2 trong.2.fastq] -o tiền tố đầu ra

MÔ TẢ

Mặt nạ và bộ lọc tập hợp các chuỗi (được cho là được đọc) theo nội dung kmer. Mặt nạ có thể được
được thực hiện để giữ lại trình tự mới không có trong cơ sở dữ liệu hoặc để giữ lại trình tự đã xác nhận hiện diện
trong cơ sở dữ liệu. Lọc sẽ tách các trình tự một cách đầy đủ, một phần hoặc không bị che.

LỰA CHỌN

-mdb cơ sở dữ liệu mer
tải mặt nạ kmers từ thủy tinh(1) cơ sở dữ liệu mer

-bệnh đa xơ cứng cỡ lớn

-edb cơ sở dữ liệu tồn tại
lưu kmers mặt nạ vào một tồn tạiDB(1) tệp cơ sở dữ liệu tồn tại để khởi động lại nhanh hơn

-1 trong.1.fastq

-2 trong.2.fastq
đầu vào đọc các tệp ở định dạng fastq, fastq.gz, fastq.bz2 hoặc fastq.xz. Thứ hai là
tùy chọn, nhưng sẽ làm rối loạn phân loại đầu ra nếu không có.

-o ra
tiền tố cho số lần đọc đầu ra

ra.lymasked. [12] .fastq
đọc với các cơ sở dưới 'ngưỡng thấp' được giữ lại

ra.partiallymasked. [12] .fastq
đọc ở giữa

ra.retained. [12] .fastq
đọc với nhiều hơn các cơ sở 'hightreshold' được giữ lại

ra.discarded. [12] .fastq
đọc với trạng thái xung đột

-m kích thước tối thiểu
bỏ qua các lần truy cập cơ sở dữ liệu bên dưới nhiều kmers liên tiếp này (0)

-e mở rộng kích thước
mở rộng lượt truy cập cơ sở dữ liệu trên nhiều kmers bị thiếu này (0)

-cuốn tiểu thuyết RETAIN chuỗi tiểu thuyết không có trong cơ sở dữ liệu

-đã xác nhận
RETAIN trình tự đã xác nhận có trong cơ sở dữ liệu

-khuyến khích
quảng bá bài đọc RETAINED ít hơn lên trạng thái bài đọc RETAINED nhiều hơn
read1 = đầy đủ mặt nạ và read2 = một phần mặt nạ -> cả hai đều được che dấu một phần

-hạ cấp
giảm hạng bài đọc RETAINED nhiều hơn xuống trạng thái bài đọc RETAINED ít hơn
read1 = đầy đủ mặt nạ và read2 = một phần mặt nạ -> cả hai đều được hiển thị đầy đủ

-đĩa giấy
loại bỏ các cặp có trạng thái xung đột (DEFAULT) read1 = đầy đủ mặt nạ và
read2 = một phần mặt nạ -> cả hai đều bị loại bỏ

số liệu thống kê on tiêu chuẩn, con số of trình tự với số lượng GIỮ LẠI:
-ngưỡng thấp t
(0.3333)

-ngưỡng cao t
(0.6667)

-h biểu đồ
viết biểu đồ về số lượng trình tự ĐÃ ĐƯỢC XẾP LẠI

-t t sử dụng t tính toán các chủ đề

-v hiển thị sự tiến bộ

Sử dụng kmer-mask trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net