locuspocus - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

locuspocus - tính toán tọa độ locus cho chú thích gen đã cho

SYNOPSIS

châu chấu [lựa chọn] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

MÔ TẢ

Các tùy chọn cơ bản:

-d| --debug
in thông báo gỡ lỗi chi tiết tới thiết bị đầu cuối (lỗi tiêu chuẩn)

-h| - trợ giúp
in thông báo trợ giúp này và thoát

-v| --version
in số phiên bản và thoát

iLocus phân tích cú pháp:

-l| --delta: INT
khi phân tích cú pháp các locus khoảng, hãy sử dụng delta sau để mở rộng các locus gen và bao gồm
các vùng điều tiết tiềm năng; mặc định là 500

-s| --skipends
khi liệt kê các locus khoảng, hãy loại trừ không có chú thích (và có lẽ là không đầy đủ)
iLoci ở một trong hai phần cuối của chuỗi

-e| --chỉ
chỉ báo cáo các đoạn iLocus không đầy đủ ở các đầu không có chú thích của chuỗi
(bổ sung của --bỏ qua)

-y| --skipiiloci
không báo cáo iLoci giữa các gen

Các tùy chọn sàng lọc:

-r| --refine
theo mặc định, các gen được nhóm trong cùng một iLocus nếu chúng có bất kỳ sự chồng chéo nào; 'lọc'
chế độ cho phép xử lý sắc thái hơn các gen chồng chéo

-c| --cds
sử dụng CDS thay vì UTRs để xác định sự chồng chéo gen; ngụ ý chế độ 'tinh chỉnh'

-m| --minoverlap: INT
số nuclêôtit tối thiểu mà hai gen phải xen phủ nhau để được nhóm trong cùng một nhóm
iLocus; mặc định là 1

Tùy chọn đầu ra:

-n| --namefmt: STR
cung cấp chuỗi định dạng kiểu printf để ghi đè lên định dạng ID mặc định cho mới
locus tạo; mặc định là 'locus% lu' (locus1, locus2, v.v.) cho loci và 'iLocus% lu'
(iLocus1, iLocus2, v.v.) cho các locus khoảng; lưu ý rằng chuỗi định dạng nên bao gồm một
chỉ định% lu đơn sẽ được điền bằng một giá trị số nguyên dài không dấu

-i| --ilens: FILE
tạo một tệp với độ dài của mỗi iLocus liên gen

-g| --genemap: FILE
in một ánh xạ từ mỗi chú thích gen đến vị trí tương ứng của nó với
hồ sơ

-o| --outfile: FILE
tên của tệp mà kết quả sẽ được ghi vào đó; mặc định là thiết bị đầu cuối (tiêu chuẩn
đầu ra)

-T| --retainids
giữ lại các ID tính năng gốc từ các tệp đầu vào; xung đột sẽ phát sinh nếu đầu vào
chứa các giá trị ID trùng lặp

-t| --transmap: FILE
in ánh xạ từ mỗi chú thích bảng điểm tới quỹ tích tương ứng của nó với
tập tin đã cho

-V| --verbose
bao gồm tất cả các đặc điểm phụ của locus (gen, RNA, v.v.) trong đầu ra GFF3; vỡ nợ
chỉ bao gồm các tính năng locus

Tùy chọn đầu vào:

-f| - bộ lọc: TYPE
danh sách các loại tính năng được phân tách bằng dấu phẩy để sử dụng trong việc xây dựng loci / iLoci; mặc định là
'gen'

-p| --parent: CT: PT
nếu đối tượng địa lý thuộc loại $ CT tồn tại mà không có phụ huynh, hãy tạo đối tượng địa lý cho đối tượng địa lý này
với kiểu $ PT; ví dụ, mRNA: gen sẽ tạo ra một đặc điểm gen làm cha mẹ cho
bất kỳ tính năng mRNA cấp cao nhất nào; tùy chọn này có thể được chỉ định nhiều lần

-u| --pseudo
sửa lỗi giả được dán nhãn sai

Sử dụng locuspocus trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net