Đây là lệnh masai_mapper có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
masai_mapper - Người lập bản đồ Masai
SYNOPSIS
masai_mapper [TÙY CHỌN]
MÔ TẢ
Masai là công cụ lập bản đồ đọc nhanh và chính xác dựa trên các hạt và bội số gần đúng
quay lưng lại.
Xem http://www.seqan.de/projects/masai để biết thêm thông tin chi tiết.
(c) Bản quyền 2011-2012 của Enrico Siragusa.
-h, --Cứu giúp
Hiển thị thông báo trợ giúp này.
--phiên bản
Thông tin phiên bản màn hình hiển thị
Tùy chọn ánh xạ:
-ừm, - chế độ ánh xạ STR
Chọn chế độ ánh xạ. Một trong số tất cả, tất cả tốt nhất và bất kỳ tốt nhất nào. Mặc định: bất kỳ-tốt nhất.
-mb, --mapping-khối NUM
Số lần đọc tối đa được ánh xạ cùng một lúc. Trong phạm vi [10000..inf]. Vỡ nợ:
2147483647.
-e, --lỗi NUM
Số lỗi tối đa trên mỗi lần đọc. Trong phạm vi [0..32]. Mặc định: 5.
-sl, --seed-chiều dài NUM
Chiều dài hạt tối thiểu. Trong phạm vi [10..100]. Mặc định: 33.
-ng, --không gấp khúc
Không căn chỉnh các lần đọc với các khoảng trống.
Tùy chọn chỉ mục bộ gen:
-x, --mục lục STR
Chọn loại chỉ số bộ gen. Một trong esa, sa, qgram và fm. Mặc định: sa.
-xp, - tiền tố lập chỉ mục STR
Chỉ định tên tiền tố chỉ số bộ gen. Mặc định: sử dụng tiền tố tên tệp bộ gen.
Tùy chọn đầu ra:
-o, --output-tệp FILE
Chỉ định một tệp đầu ra. Mặc định: sử dụng tiền tố tên tệp đọc. Các loại tệp hợp lệ
là: nguyên và sam.
-nc, --không có điếu xì gà
Không xuất ra chuỗi CIGAR. Điều này chỉ ảnh hưởng đến đầu ra SAM.
Tùy chọn gỡ lỗi:
-nv, --không xác minh
Không xác minh lượt truy cập hạt giống.
-NS, --không đổ
Không đổ kết quả.
-nm, --không nhiều
Vô hiệu hóa nhiều backtracking.
PHIÊN BẢN
Phiên bản masai_mapper: 0.7.1 [14053] Cập nhật lần cuối 2013-05-16
Sử dụng masai_mapper trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
