Đây là lệnh mauveToXMFA có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
addUnalignedIntervals - một phần của gói màu hoa cà
alignmentProjector - một phần của gói màu hoa cà
backbone_global_to_local - một phần của gói màu hoa cà
bbAnalyze - một phần của gói màu hoa cà
createBackboneMFA - một phần của gói màu mauveAligner
getAlignmentWindows - một phần của gói màu hoa cà
getOrthologList - một phần của gói màu mauveAligner
makeBadgerMatrix - một phần của gói màu hoa cà
mauveToXMFA - một phần của gói màu mauveAligner
mfa2xmfa - một phần của gói màu hoa cà
projectAndStrip - một phần của gói màu mauveAligner
randomGeneSample - một phần của gói màu hoa cà
ScoreAlignment - một phần của gói màu hoa cà
stripGapColumns - một phần của gói màu hoa cà
dảiSubsetLCBs - một phần của gói màu hoa cà
toGrimmFormat - một phần của gói màu hoa cà
toMultiFastA - một phần của gói màu hoa cà
toRawSequence - một phần của gói màu hoa cà
uniqueMerCount - một phần của gói màu hoa cà
uniquifyTrees - một phần của gói màu hoa cà
xmfa2maf - một phần của gói màu hoa cà
MÔ TẢ
Các công cụ này thuộc gói mauveAligner. Chúng không được ghi lại một cách rõ ràng nhưng
đang in dòng tóm tắt được lặp lại ở đây.
thêmUnalignedIntervals <đầu vào khoảng thời gian tập tin> <đầu ra khoảng thời gian tập tin>
căn chỉnhMáy chiếu <đầu vào xmfa> <đầu ra xmfa> <mfa seq đầu vào> <mfa seq đầu ra> <danh sách of
tiếp theo đến bao gồm, bắt đầu từ at 0>
xương sống_global_to_local <xmfa tập tin> <xương sống tập tin> <đầu ra tập tin>
bbPhân tích <xmfa tập tin> <hướng dẫn cây> <xương sống tiếp theo tập tin> <xương sống col tập tin> < chú thích
seq chỉ mục> <đầu ra tập tin>
chỉ số seq được chú thích bắt đầu từ 0.
tạoBackboneMFA <đầu vào khoảng thời gian tập tin> <đầu ra MFA tên>
getAlignmentWindows <XMFA căn chỉnh> <cửa sổ chiều dài> <cửa sổ thay đổi số lượng> <cơ sở đầu ra
tên tệp>
lấy danh sách Ortholog lấy danh sách Ortholog <đầu vào xmfa> <xương sống seq tập tin> <tham khảo bộ gen> <CDS
chỉnh hình tên tệp> <CDS liên kết cơ sở tên>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix <đầu vào xmfa> <đầu ra lửng tập tin> <LCB phối hợp tập tin>
màu hoa càToXMFA màu hoa càToXMFA <Màu hoa cà Alignment đầu vào> <XMFA đầu ra>
mfa2xmfa <MFA liên kết đầu vào> <XMFA liên kết đầu ra> [Không căn chỉnh nhanhA đầu ra]
dự ánAndStrip <đầu vào xmfa> <đầu ra xmfa> ...
Các định danh dãy số bắt đầu từ 0.
mẫu gen ngẫu nhiên <đầu vào xmfa> <xương sống seq tập tin> <mẫu bộ gen> <số of gen>
<đầu ra cơ sở tên> [ngẫu nhiên hạt giống]
điểm số <đúng căn chỉnh> <đã tính toán căn chỉnh> [phát triển trình tự tập tin] [xỉ]
dảiGapCột <đầu vào XMFA> <đầu ra XMFA>
dảiSubsetLCBs <đầu vào xmfa> <đầu vào bbcols> <đầu ra xmfa> [phút AML cho bạn] [phút bộ gen]
[ngẫu nhiên mẫu phụ đến X kb]
toGrimmFormat <Màu hoa cà Căn chỉnh> <bộ gen 1 chr độ dài> ... N chr độ dài>
toMultiFastA <đầu vào khoảng thời gian tập tin> <đầu ra cơ sở tên>
toRawSequence <đầu vào trình tự> <đầu ra tập tin>
độc đáoMerCount <Đã sắp xếp Mer Danh sách>
uniquifyCây < mối quan hệ đầu vào tập tin> < mối quan hệ đầu ra tập tin>
Tất cả các cây trong tệp đầu vào phải có cùng một số đơn vị phân loại và cùng một đơn vị phân loại
nhãn
xmfa2maf <xmfa đầu vào> <maf đầu ra>
Sử dụng mauveToXMFA trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
