Đây là lệnh mcmc_analysis có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
mcmc_analysis - Phân tích MCMC
SYNOPSIS
mcmc_analysis [LỰA CHỌN] MCMC-dữ liệu hữu ích. Cảm ơn !
MÔ TẢ
Chương trình này đọc đầu ra MCMC, từ một hoặc một số tệp, từ các chương trình trong BEEP
Bưu kiện. Điều quan trọng là các cột giống nhau phải có trong mỗi tệp đầu vào.
Định dạng đầu vào:
Đầu ra từ các lần lặp lại MCMC trên định dạng
Ở đâu
là logarit của khả năng xảy ra ở định dạng float
tab là khoảng trắng ngăn cách các trường
là một số nguyên cho thứ tự của phép lặp
là danh sách các trường được phân tách bằng dấu chấm phẩy chứa
các tham số của MCMC.
Các tham số MCMC được nhập và đặt tên bằng dòng đầu tiên trong tệp,
đó là trên định dạng
# L n [ ( )] +
Các tên phải là duy nhất, nhưng không nhất thiết phải như vậy. Các là một
of
phao
logfloat
số nguyên
cây
các cặp chỉnh hình
và được sử dụng để suy ra cách phân tích cú pháp và phân tích phần còn lại của các dòng.
Định dạng đầu ra:
Một báo cáo về quá trình chạy MCMC, với các ước tính sau của các thông số.
LỰA CHỌN
-b [NỔI | INT]
Phần trăm (0 <= x <1) hoặc số (x là số nguyên> = 1) của đầu vào là
bị loại bỏ dưới dạng burnin. Mặc định: 0.1.
-p STRING
Vẽ đồ thị cho tham số có tên . Đầu ra là hai cột, số lần lặp và
giá trị của tham số trong lần lặp.
-i STRING
Bỏ qua tham số được đặt tên. Xem dòng tiêu đề trong đầu ra MCMC để biết tên cột. Bạn
có thể đặt tên cho một số cột cùng một lúc bằng cách sử dụng định dạng được phân tách bằng dấu phẩy, (ví dụ: -i
Độ dài, Tên). Không được phép có khoảng trắng giữa các tên cột.
-t Xuất ra LaTex để phân tích.
-l Đếm và báo cáo số lượng mẫu trong tệp đầu vào.
-mp NT Số điểm tối đa để vẽ.
-sp Chỉ ra rõ ràng các điểm trong các ô.
-coda Tệp đầu ra cho gói CODA trong R
-sân cá sấu
Tương tự như -coda, nhưng bao gồm các tham số cây. Mỗi cây được xuất dưới dạng ID số nguyên
(thứ tự thăm theo chuỗi, 1,2, ...). Đảm bảo sử dụng -i để ẩn bất kỳ cây nào
chứa độ dài / lần / tỷ lệ.
-P Chuỗi song song. Điều này ngụ ý rằng một số tệp mẫu (song song) được liệt kê.
URL
Trang chủ prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
Sử dụng mcmc_analysis trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
